El Campeonato Japonés de Fórmula 3 de 2006 fue la 27ª edición del Campeonato Japonés de Fórmula 3 . Comenzó el 1 de abril en Fuji y finalizó el 22 de octubre en Motegi . [1] El piloto alemán Adrian Sutil se llevó el título del campeonato, ganando cinco de dieciocho carreras. [2]