El Torneo de Béisbol de la Conferencia Big 12 2006 se llevó a cabo en AT&T Bricktown Ballpark en Oklahoma City, OK, del 24 al 28 de mayo. Kansas ganó su primer torneo y ganó la candidatura automática de la Conferencia Big 12 al Torneo de Béisbol División I de la NCAA 2006 . Este fue el primer año que el torneo adoptó un round-robin formato, con los ganadores de dos conjuntos de 4 equipos frente a frente en un juego de campeonato.