La temporada de fútbol americano de la NAIA de 2006 fue el componente de la temporada de fútbol americano universitario de 2006 organizada por la Asociación Nacional de Atletismo Intercolegial (NAIA) en los Estados Unidos. Los playoffs de la temporada, conocidos como el Campeonato Nacional de Fútbol NAIA , culminaron con el juego de campeonato el 16 de diciembre en el Estadio Jim Carroll en Savannah, Tennessee . Los Sioux Falls Cougars derrotaron a los Saint Francis Cougars , 23–19 en el juego por el título para ganar el segundo campeonato NAIA del programa.