Fernando de la Mora descendió automáticamente a segunda división tras terminar último en la tabla de puntos acumulados.
Sol de América y Sportivo Trinidense ascendieron a primera división al terminar primero y segundo respectivamente en el torneo de segunda división.
Calificación para competiciones internacionales
Libertad se clasificó a la Copa Libertadores 2007 al ganar el Torneo Apertura y la Copa Sudamericana 2007 al ganar el campeonato nacional.
Cerro Porteño se clasificó a la Copa Libertadores 2007 al ganar el Torneo Clausura
Tacuary se clasificó para la Copa Libertadores 2007 como el mejor finalista en la tabla de puntos totales y la Copa Sudamericana 2007 al ganar los Clasificatorios de la Copa Sudamericana (ver más abajo).
Clasificatorios de la Copa Sudamericana
Semifinales
Equipo # 1
Puntaje
Equipo # 2
Fecha
2 de Mayo
1-1
Tacuary
diciembre 13
Cerro Porteño
2-0
Sportivo Luqueño
diciembre 13
Nota: Tacuary avanzó a la final debido a una mejor posición en la tabla de puntos agregados.
Final
Equipo # 1
Puntaje
Equipo # 2
Fecha
Tacuary
3-2
Cerro Porteño
17 de diciembre
Referencias
Paraguay 2006 por Eli Schmerler y Juan Pablo Andrés en RSSSF