La fase de grupos de la Liga de Campeones CAF 2009 se jugó del 18 de julio al 20 de septiembre de 2009. Un total de ocho equipos compitieron en la fase de grupos, los ganadores y subcampeones de grupo avanzan a la fase eliminatoria jugando rondas semifinales antes de la final. [1] [2]
En la fase de grupos, cada grupo se jugó en un round-robin de ida y vuelta . Los ganadores y subcampeones de cada grupo avanzaron a la Fase Eliminatoria.