El equipo de fútbol de 2009 Saint Francis Cougars representó a la Universidad de Saint Francis , ubicada en Fort Wayne, Indiana , en la temporada de fútbol de 2009 NAIA . Fueron dirigidos por el entrenador en jefe Kevin Donley , quien sirvió su año 12 como el primer y único entrenador en jefe en la historia del fútbol de Saint Francis. Los Cougars jugaron sus partidos de local en el Bishop John D'Arcy Stadium y fueron miembros de la Mid-States Football Association (MSFA) Mideast League (MEL). Los Cougars terminaron empatados en el segundo lugar en la división MSFA MEL; se perdieron los playoffs de la NAIA de postemporada por segunda vez en la historia del equipo.
La temporada 2009 vio la primera derrota en casa desde el último juego de 2001 en la derrota del 7 de noviembre ante St. Xavier. Durante ese período de tiempo, los Cougars ganaron 56 partidos consecutivos en casa. [2] También marcó la primera vez que los Cougars no estaban en los playoffs de postemporada de la NAIA desde su temporada inaugural de 1998.