Nacido en Ferrara , era hijo ilegítimo de Alfonso I d'Este, duque de Ferrara y de su amante Laura Dianti . En 1523 su padre le regaló Montecchio Emilia y lo convirtió en una herencia feudal para los miembros cadetes de su familia [1] – en 1569 fue ascendido a marquesado por Maximiliano II, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico . [1]
Alfonso fue legitimado en 1532 por el cardenal Innocenzo Cybo y en 1533 por su padre Alfonso I. [2] Su primer matrimonio siguió el 3 de enero de 1549, con Giulia della Rovere , hija de Francesco Maria I della Rovere, duque de Urbino y Eleonora Gonzaga . En 1584 se casó con Violante Signa (1546-1609), aunque ese matrimonio no tuvo hijos. [3]