La morfología de Andalucía se parece en gran medida a la de otros jakobids . Los datos moleculares no siempre han sido concluyentes, pero análisis filogenómicos recientes indican que Andalucía es un grupo hermano de los otros jakobids, es decir, más relacionado con ellos que con Heterolobosea o Euglenozoa (los otros dos grupos de Discoba ). [2] El gen de la α- tubulina de Andalucía se parece más al de los opistocontes y diplomonads que a sus parientes más cercanos, el resultado aparente de la transferencia horizontal de genes . [3]
El análisis de las secuencias de ADN del medio ambiente sugiere al menos dos especies adicionales que no han sido aisladas o descritas formalmente. [3]