La iglesia está construida en parte del sitio de la ciudad romana Melite , que incluía todo Mdina y una gran parte de la actual Rabat. Hubo numerosas iglesias construidas en el sitio de la iglesia actual que data del siglo XVII. En 1336 el obispo Hilarius se refiere a la iglesia como ecclesia Sancti Pauli de crypta, y también menciona el cementerio y la fosa romana. La iglesia actual fue construida para reemplazar una iglesia que se completó en 1578. La nueva iglesia fue construida con fondos proporcionados por la noble mujer Guzmana Navarra sobre planos preparados por Francesco Buonamici . La construcción de la iglesia iniciada en 1653 fue completada por Lorenzo Gafàen 1683. Anexada a la iglesia de San Pablo hay una iglesia más pequeña dedicada a San Publio que fue reconstruida en 1692 y nuevamente en 1726 por Salvu Borg. [1] La iglesia fue elevada a Basílica Menor en 2020. [2]
La entrada a la gruta es a través de la iglesia de San Publio. La gruta es el lugar donde según la tradición San Pablo vivió y predicó durante su estancia de tres meses en Malta en el año 60 dC En 1748 el Gran Maestre Pinto donó una estatua de San Pablo para la gruta. La gruta fue visitada por dos Papas, el Papa Juan Pablo II en 1990 y 2001 y el Papa Benedicto XVI en 2010. [3]