Benedykt Dybowski nació en Adamaryni , dentro de la Gobernación de Minsk del Imperio Ruso de la nobleza polaca. Era hermano del naturalista Władysław Dybowski y primo del explorador francés Jean Dybowski .
Estudió en la escuela secundaria de Minsk y luego en medicina en la Universidad de Tartu (antes Dorpat) en la actual Estonia . Más tarde estudió en la Universidad de Wroclaw y realizó expediciones para buscar y estudiar peces y crustáceos oceánicos . Se convirtió en profesor de zoología en la escuela principal de Varsovia.
En 1864 fue arrestado y condenado a muerte por participar en el Levantamiento de Enero de Polonia . Su sentencia fue luego reducida a 12 años en Siberia .
Empezó a estudiar la historia natural de Siberia y en 1866 un gobernador Muraviov despidió a Dybowski de trabajos forzados ( katorga ), renovó sus derechos civiles y le propuso trabajar como médico en un hospital.
Más tarde se instaló en el pequeño pueblo de Kultuk y comenzó un estudio detallado del lago Baikal con el apoyo técnico de la Sociedad Geográfica Rusa . Se desempeñó como médico para la población indígena de Kamchatka , las Islas Aleutianas , las Islas del Comandante , la Isla de Bering , realizando cuatro viajes al año por las zonas pobladas allí.
Después de regresar de Asia, continuó el trabajo de investigación en la Universidad de Lwów (Lemberg). Fue presidente de la Sociedad Polaca de Naturalistas Copérnico (1886-1887).