El Thunder nació como un equipo de expansión, después de que la franquicia London/England Monarchs cerrara sus operaciones, antes de la temporada de 1999. Los partidos en casa de 1999 a 2002 se jugaron en Friedrich-Ludwig-Jahn-Sportpark y un partido en 2006. Olympiastadion fue el estadio local de 2003 a 2007. Fueron el segundo equipo en la historia de la liga en usar el nombre Thunder, después de Orlando Thunder . de 1991 a 1992.
El Thunder ganó el World Bowl 3 veces: 2001 , 2002 y 2004 (un año en el que terminaron 9-1). También llegaron al World Bowl en 2005 , pero fueron derrotados por los Amsterdam Admirals 21-27.
Dos mariscales de campo de Berlín , Rohan Davey (2004) y Dave Ragone (2005), fueron nombrados jugadores ofensivos más valiosos de la NFL Europa . El linebacker Rich Scanlon (2005) fue nombrado MVP defensivo de la NFL Europa. En 2006, el Thunder hizo que tres jugadores obtuvieran los honores All-NFL Europe: el guardia Chad Beasley y el profundo Anthony Floyd obtuvieron los honores de todas las ligas en sus respectivas posiciones y el ala defensiva alemán Christian Mohr fue honrado como el jugador nacional en el equipo defensivo de todas las ligas. .
El 1 de abril de 2006, el Thunder registró su primer empate en la historia de la franquicia. Con una desventaja de 17-0 sobre los Hamburg Sea Devils en el medio tiempo, los Thunder borraron su déficit para empatar el partido y se fueron a la prórroga en la que ninguno de los equipos pudo sumar un punto. Este fue solo el segundo empate en la historia de la NFL Europa. El anterior empate llegó en la temporada de 1992 entre el Birmingham Fire y los London Monarchs , también por 17-17.
Un equipo no relacionado del mismo nombre jugará en la temporada inaugural 2021 de la nueva Liga Europea de Fútbol