Bowtie es un paquete de software comúnmente utilizado para la alineación de secuencias y el análisis de secuencias en bioinformática . [3] El código fuente del paquete se distribuye libremente y los binarios compilados están disponibles para las plataformas Linux , macOS y Windows . A partir de 2017, el artículo de Genome Biology que describe el método Bowtie original se ha citado más de 11.000 veces. [3] Bowtie es un software de código abierto y actualmente lo mantiene la Universidad Johns Hopkins .
Autor (es) original (es) | Ben Langmead Cole Trapnell Mihai Pop Steven Salzberg |
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Desarrollador (es) | Ben Langmead y col., |
Lanzamiento estable | |
Repositorio | Bowtie : github Bowtie 2 : github |
Escrito en | C ++ |
Sistema operativo | Linux macOS Windows |
Tipo | Bioinformática |
Sitio web | www |
Historia
El alineador de secuencias Bowtie fue desarrollado originalmente por Ben Langmead et al. en la Universidad de Maryland en 2009. [3] El alineador se usa típicamente con lecturas cortas y un genoma de referencia grande , o para el análisis del genoma completo . Bowtie se promociona como "un alineador corto ultrarrápido y eficiente para la memoria para secuencias cortas de ADN ". El aumento de velocidad de Bowtie se debe en parte a la implementación de la transformada de Burrows-Wheeler para alinear, que reduce la huella de memoria (típicamente a alrededor de 2,2 GB para el genoma humano); [4] Los métodos de alineación BWA [5] y SOAP2 [6] utilizan un método similar . [4]
Bowtie realiza una búsqueda en profundidad , codiciosa, aleatoria y consciente de la calidad a través del espacio de posibles alineaciones. Debido a que la búsqueda es codiciosa, la primera alineación válida que encuentre Bowtie no será necesariamente la "mejor" en términos de número de desajustes o en términos de calidad.
Bowtie se utiliza como alineador de secuencia por una serie de otros algoritmos bioinformáticos relacionados, incluidos TopHat , [7] Cufflinks [8] y el paquete CummeRbund Bioconductor . [9]
Pajarita 2
El 16 de octubre de 2011, los desarrolladores lanzaron una bifurcación beta del proyecto llamado Bowtie 2 . [10] Además de la transformada de Burrows-Wheeler, Bowtie 2 también usa un índice FM (similar a una matriz de sufijos ) para mantener pequeña su huella de memoria. Debido a su implementación, Bowtie 2 es más adecuado para encontrar alineaciones con espacios más largos en comparación con el método Bowtie original. No hay límite superior en la longitud de lectura en Bowtie 2 y permite que las alineaciones se superpongan a caracteres ambiguos en la referencia.
Referencias
- ^ "Bowtie: un alineador de lectura corta ultrarrápido y eficiente en memoria" . bowtie-bio.sourceforge.net . Consultado el 28 de marzo de 2021 .
- ^ "Bowtie 2: alineación de lectura rápida y sensible" . bowtie-bio.sourceforge.net . Consultado el 28 de marzo de 2021 .
- ^ a b c Langmead, Ben; Cole Trapnell; Mihai Pop; Steven L Salzberg (4 de marzo de 2009). "Alineación ultrarrápida y eficiente para la memoria de secuencias cortas de ADN con el genoma humano" (PDF) . Biología del genoma . 10 (3): 10: R25. doi : 10.1186 / gb-2009-10-3-r25 . PMC 2690996 . PMID 19261174 . Consultado el 29 de noviembre de 2013 .
- ^ a b "Bowtie: un alineador de lectura corta ultrarrápido y eficiente en memoria - SourceForge" . Consultado el 29 de noviembre de 2013 .
- ^ Li, H .; Durbin, R. (18 de mayo de 2009). "Alineación de lectura corta rápida y precisa con la transformación de Burrows-Wheeler" . Bioinformática . 25 (14): 1754-1760. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp324 . PMC 2705234 . PMID 19451168 .
- ^ Li, R .; Yu, C .; Li, Y .; Lam, T.-W .; Yiu, S.-M .; Kristiansen, K .; Wang, J. (3 de junio de 2009). "SOAP2: una herramienta ultrarrápida mejorada para alineación de lectura corta" . Bioinformática . 25 (15): 1966–1967. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp336 . PMID 19497933 .
- ^ Trapnell, C .; Pachter, L .; Salzberg, SL (16 de marzo de 2009). "TopHat: descubrimiento de uniones de empalme con RNA-Seq" . Bioinformática . 25 (9): 1105-1111. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp120 . PMC 2672628 . PMID 19289445 .
- ^ Trapnell, Cole; Roberts, Adam ; Goff, leal; Pertea, Geo; Kim, Daehwan; Kelley, David R; Pimentel, Harold; Salzberg, Steven L; Rinn, John L; Pachter, Lior (1 de marzo de 2012). "Análisis de expresión diferencial de genes y transcripciones de experimentos de RNA-seq con TopHat y Gemelos" . Protocolos de la naturaleza . 7 (3): 562–578. doi : 10.1038 / nprot.2012.016 . PMC 3334321 . PMID 22383036 .
- ^ "CummeRbund - un paquete R para almacenamiento persistente, análisis y visualización de RNA-Seq de salida de gemelos" . Consultado el 11 de agosto de 2015 .
- ^ Langmead, Ben; Salzberg, Steven L (4 de marzo de 2012). "Alineación rápida de lectura con espacios vacíos con Bowtie 2" . Métodos de la naturaleza . 9 (4): 357–359. doi : 10.1038 / nmeth.1923 . PMC 3322381 . PMID 22388286 .
enlaces externos
- Página de Bowtie en SourceForge
- Página de Bowtie 2 en SourceForge