Steven Salzberg Lloyd (nacido en 1960) es un americano computacional biólogo y científico de la computación que es un Bloomberg Distinguido Profesor de Ingeniería Biomédica, Ingeniería Informática y Bioestadística de la Universidad Johns Hopkins . Es miembro del Instituto de Medicina Genética de la Facultad de Medicina de Johns Hopkins , donde también es Director del Centro de Biología Computacional.
Steven Salzberg | |
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![]() Steven Salzberg en la conferencia de Sistemas Inteligentes de Biología Molecular (ISMB) en 2018 | |
Nació | Steven Lloyd Salzberg 1960 (60 a 61 años) |
alma mater | Universidad de Yale Universidad de Harvard |
Conocido por | GLIMMER [1] MUMmer [2] Ensamblador AMOS [3] Bowtie [4] TopHat [5] |
Esposos) | Claudia Pasche [6] |
Premios | Premio Ben Franklin (2013) |
Carrera científica | |
Instituciones | Universidad de Maryland, College Park Instituto de Investigación Genómica Universidad Johns Hopkins |
Tesis | Aprendizaje con ejemplos generalizados anidados (1989) |
Asesor de doctorado | William Aaron Woods [7] |
Estudiantes de doctorado |
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Otros estudiantes notables | Olga Troyanskaya [8] |
Sitio web | salzberg-lab |
Temprana edad y educación
Salzberg nació en 1960 como uno de los cuatro hijos de Herman Salzberg, un distinguido profesor emérito de psicología, y Adele Salzberg, una maestra de escuela jubilada. [9] Salzberg hizo sus estudios universitarios en la Universidad de Yale , donde recibió su Licenciatura en Artes Licenciatura en Inglés en 1980. En 1981 regresó a la Universidad de Yale, y recibió su Maestría en Ciencias y Maestría en Filosofía grados en Ciencias de la Computación en 1982 y 1984 , respectivamente. Después de varios años en una empresa emergente, se matriculó en la Universidad de Harvard , donde obtuvo un doctorado. en Ciencias de la Computación en 1989. [10]
Carrera profesional
Después de obtener su doctorado, Salzberg se unió a la Universidad Johns Hopkins como profesor asociado en el Departamento de Ciencias de la Computación y fue ascendido a profesor asistente en 1989. De 1998 a 2005, fue director del departamento de Bioinformática en el Instituto de Ciencias de la Computación. Genomic Research , uno de los centros de secuenciación del genoma más grandes del mundo. Luego, Salzberg se unió al Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Maryland, College Park , donde fue profesor de Ciencias de la Computación en Horvitz y director del Centro de Bioinformática y Biología Computacional. En 2011, Salzberg regresó a la Universidad Johns Hopkins como profesor en el Departamento de Medicina. Desde 2014, fue profesor en el Departamento de Ingeniería Biomédica de la Facultad de Medicina; el Departamento de Ciencias de la Computación de la Escuela de Ingeniería Whiting; y en el Departamento de Bioestadística de la Escuela de Salud Pública Bloomberg. [6] [11] [12]
En 2013, Salzberg ganó el premio Benjamin Franklin [13] en bioinformática .
En marzo de 2015, fue nombrado profesor distinguido de Bloomberg en la Universidad Johns Hopkins por sus logros como investigador interdisciplinario y su excelencia en la enseñanza de la próxima generación de académicos. [14] Las Cátedras Distinguidas de Bloomberg se establecieron en 2013 gracias a un obsequio de Michael Bloomberg . [15] Salzberg tiene nombramientos conjuntos en la Escuela de Ingeniería Johns Hopkins Whiting , la Escuela de Medicina Johns Hopkins y la Escuela de Salud Pública Johns Hopkins Bloomberg .
Investigar
Salzberg ha sido un científico destacado en el campo de la bioinformática y la biología computacional desde la década de 1990. Ha realizado muchas contribuciones a los algoritmos de búsqueda de genes , en particular el programa GLIMMER [16] para la búsqueda de genes bacterianos, así como varios programas relacionados para encontrar genes en animales, plantas y otros organismos. También ha sido un líder en la investigación del ensamblaje del genoma y es uno de los iniciadores del proyecto AMOS de código abierto. Participó en el proyecto del genoma humano [17] , así como en muchos otros proyectos del genoma, incluido el genoma de la malaria ( Plasmodium falciparum ) y el genoma de la planta modelo Arabidopsis thaliana . En 2001-2002, él y sus colegas secuenciaron el ántrax que se utilizó en los ataques de ántrax de 2001 . Publicaron sus resultados en la revista Science en 2002. [18] Estos hallazgos ayudaron al FBI a rastrear la fuente de los ataques a un solo frasco en Ft. Detrick en Frederick, Maryland.
Salzberg, junto con David Lipman, iniciaron el Proyecto de secuenciación del genoma de la influenza en 2003, un proyecto para secuenciar y poner a disposición los genomas de miles de aislamientos del virus de la influenza. [19] [20]
Poco después del advenimiento de la secuenciación de próxima generación (NGS) a mediados de la década de 2000, el laboratorio de investigación de Salzberg y sus colaboradores desarrollaron un conjunto de programas precisos y altamente eficientes para la alineación de secuencias NGS con genomas grandes y para el ensamblaje de secuencias de RNA-Seq experimentos. Estos incluyen la suite "Tuxedo", que comprende los programas Bowtie , TopHat y Cufflinks , que han sido citados decenas de miles de veces en los años desde su publicación.
Salzberg también ha sido un firme defensor de la pseudociencia y a favor de la enseñanza de la evolución en las escuelas, y ha sido autor de editoriales y ha aparecido en los medios impresos sobre este tema. Escribe una columna muy leída en la revista Forbes [21] sobre ciencia, medicina y pseudociencia. Su trabajo en Forbes ganó el premio Robert P. Balles de Pensamiento Crítico en 2012 . [22]
El sujeto fue miembro fundador del Grupo de Trabajo de Cambridge en 2014 que señaló la alarma en la comunidad científica sobre la creación de virus altamente transmisibles y contagiosos y la probabilidad de una liberación accidental en el laboratorio. [23] Sus estudiantes de doctorado e investigadores postdoctorales incluyen a Cole Trapnell , Ben Langmead , [7] y Olga Troyanskaya .
Publicaciones
Salzberg es autor o coautor de más de 250 publicaciones científicas. [24] Tiene más de 244.000 citas en Google Scholar y un índice h de 147. [25] En 2014, 2015, 2016 y 2017, Salzberg fue seleccionado para su inclusión en HighlyCited.com, una clasificación compilada por el Instituto de Información científica de científicos que se encuentran entre el 1% más citado por su campo temático durante los diez años anteriores. También fue elegido para esta lista cuando se creó por primera vez en 2001. Esta lista de investigadores altamente citados continúa bajo Clarivate , y Salzberg también se incluyó en la lista en 2018, 2019 y 2020. [26]
Artículos muy citados ( más de 10,000 citas)
- 2012 con B Langmead, alineación rápida de lectura con espacios vacíos con Bowtie 2 , en: Nature Methods . Vol. 9, nº 4; 357.
- 2009 Con B Langmead, C Trapnell, M Pop, alineación ultrarrápida y eficiente para la memoria de secuencias cortas de ADN con el genoma humano , en: Genome Biology . Vol. 10, nº 3; 1-10.
- 2001 con JC Venter, EW Adams, MD MYers, PW Li, RJ Mural, et al, La secuencia del genoma humano , en: Science . Vol. 291, nº 5507; 1304-1351.
- 2010 con C Trapnell, BA Williams, G Pertea, A Mortazavi, G Kwan, MJ Van Baren, BJ Wold, L Pachter, El ensamblaje y cuantificación de transcripciones por RNA-Seq revela transcripciones no anotadas y cambio de isoformas durante la diferenciación celular , en: Nature Biotechnology . Vol. 28, nº 5; 511-515.
- 2009 con C Trapnell, L Pachter, TopHat: descubriendo uniones de empalme con RNA-Seq , en: Bioinformatics . Vol. 25, nº 9; 1105-1111.
- 2013 con D Kim, G Pertea, C Trapnell, H Pimentel, R Kelley, TopHat2: alineación precisa de transcriptomas en presencia de inserciones, deleciones y fusiones de genes , en: Genome Biology . Vol. 14, nº 4; 1-13.
Premios
- 2014-2019 Investigador altamente citado, Thomson Reuters / Clarivate
- Miembro electo 2018 de la Academia Estadounidense de Artes y Ciencias
- 2013 Miembro nombrado, Sociedad Internacional de Biología Computacional
- Premio Robert G. Balles de Pensamiento Crítico 2013
- Premio de Biología del Genoma 2009
- 2007 Hot 100 Autores, BioMed Central
- Miembro electo, Academia Estadounidense de Artes y Ciencias
- 2004 Miembro de la Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia
- Premio a la carrera de los NIH de 1996 [27]
Referencias
- ^ Salzberg, SL; Delcher, AL; Kasif, S .; White, O. (1998). "Identificación de genes microbianos utilizando modelos de Markov interpolados" . Investigación de ácidos nucleicos . 26 (2): 544–548. doi : 10.1093 / nar / 26.2.544 . PMC 147303 . PMID 9421513 .
- ^ Delcher, AL; Kasif, S .; Fleischmann, RD; Peterson, J .; White, O .; Salzberg, SL (1999). "Alineación de genomas completos" . Investigación de ácidos nucleicos . 27 (11): 2369–2376. doi : 10.1093 / nar / 27.11.2369 . PMC 148804 . PMID 10325427 .
- ^ Sommer, DD; Delcher, AL; Salzberg, SL; Pop, M. (2007). "Minimus: un ensamblador de genoma rápido y ligero" . BMC Bioinformática . 8 : 64. doi : 10.1186 / 1471-2105-8-64 . PMC 1821043 . PMID 17324286 .
- ^ Langmead, B .; Trapnell, C .; Pop, M .; Salzberg, SL (2009). "Alineación ultrarrápida y eficiente para la memoria de secuencias cortas de ADN con el genoma humano" . Biología del genoma . 10 (3): R25. doi : 10.1186 / gb-2009-10-3-r25 . PMC 2690996 . PMID 19261174 .
- ^ Trapnell, C .; Pachter, L .; Salzberg, SL (2009). "TopHat: descubrimiento de uniones de empalme con RNA-Seq" . Bioinformática . 25 (9): 1105-1111. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp120 . PMC 2672628 . PMID 19289445 .
- ^ a b ccb.jhu.edu Breve biosketch
- ^ a b c Steven Salzberg en el Proyecto de genealogía matemática
- ^ Mullins, J .; Morrison Mckay, B. (2011). "La Sociedad Internacional de Biología Computacional honra a Michael Ashburner y Olga Troyanskaya con los mejores premios de Bioinformática / Biología Computacional para 2011" . PLOS Biología Computacional . 7 (6): e1002081. Código Bibliográfico : 2011PLSCB ... 7E2081M . doi : 10.1371 / journal.pcbi.1002081 . PMC 3107244 .
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- ^ Salzberg, Steven Lloyd (1989). Aprendizaje con ejemplos generalizados anidados (tesis doctoral). Universidad Harvard. ProQuest 303755625 .
- ^ Editorial sobre la evolución y la gripe, Philadelphia Inquirer
- ^ "Cátedras Distinguidas Bloomberg | Steven Salzberg" . Oficina de Investigación de Johns Hopkins .
- ^ "Steven Salzberg sobre genomas microbianos, acceso abierto, vacunas contra la gripe y patentes genéticas" .
- ^ "Con las Cátedras Distinguidas de Bloomberg, Johns Hopkins tiene como objetivo fomentar la colaboración entre especialidades 2014" . 2014-02-17.
- ^ "Michael R. Bloomberg compromete $ 350 millones a Johns Hopkins para la iniciativa académica transformacional 2013" .
- ^ Delcher, A .; Harmon, D .; Kasif, S .; White, O .; Salzberg, S. (1999). "Identificación mejorada de genes microbianos con GLIMMER" . Investigación de ácidos nucleicos . 27 (23): 4636–4641. doi : 10.1093 / nar / 27.23.4636 . PMC 148753 . PMID 10556321 .
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- ^ Columna de Salzberg en Forbes
- ^ "Los autores escépticos Steven Salzberg y Joe Nickell recibirán el premio Balles en pensamiento crítico" .
- ^ Baker, Nicholson. (4 de enero de 2021). "La hipótesis de la fuga de laboratorio Durante décadas, los científicos han estado conectando virus con la esperanza de prevenir una pandemia, no de causarla. Pero, ¿y si…?". Revista de Nueva York Consultado el 18 de enero de 2021.
- ^ "Steven Salzberg, Ph.D., profesor de ingeniería biomédica" . Medicina de Johns Hopkins . Consultado el 3 de junio de 2021 .
- ^ "Steven Salzberg" . scholar.google.com . Consultado el 3 de junio de 2021 .
- ^ "Investigadores altamente citados" . publons.com . Consultado el 3 de junio de 2021 .
- ^ "Steven Salzberg, Ph.D., profesor de ingeniería biomédica" . Medicina de Johns Hopkins . Consultado el 4 de mayo de 2021 .
enlaces externos
- genome.fieldofscience.com Blog de ciencia de Salzberg
- La columna de Salzberg en la revista Forbes
- cs.duke.edu Duke Computer Science Colloquia Steven Salzberg - incluye biografía
- Software de código abierto del laboratorio de Salzberg y otros grupos en el Centro Hopkins de Biología Computacional