La escuela abrió en 1859 como la Academia Bunker Hill (y en ese momento no era militar) pero cerró durante la Guerra Civil estadounidense . Desde 1862 hasta 1869, el edificio albergó la escuela pública de Bunker Hill. En 1883, la academia militar fue establecida en el edificio envejecido por el pastor congregacional Reverendo Samuel L. Stiver, ofreciendo instrucción estricta a los niños locales así como a los cadetes. El Reverendo Stiver permaneció como director de BHMA durante los siguientes 27 años. Entre 1883 y 1910, se inscribieron un total de 1.050 cadetes. Durante los años de funcionamiento de la Academia, recibió grandes elogios de muchas personas. Exalumnos, padres, ministros de la iglesia, editores, empresarios y ex funcionarios de BHMA se encuentran entre aquellos de quienes la Academia recibió tan aclamación.
Con la muerte de Stiver en noviembre de 1910, ningún sucesor pudo operar la Academia tan bien como lo había hecho Stiver, lo que provocó su cierre al final del año escolar de 1914. Fue vendido en una subasta a James Jencks. Una gran campana utilizada por BHMA se instaló en el campanario de la Iglesia Bautista de Berea dos años después.
Un extenso y severo código de regulaciones regía la vida en la Academia Militar de Bunker Hill. Con respecto a las reglas que seguían los cadetes, Carolyn Scroggins, autora del ensayo "Bunker Hill Military Academy", escribió:
"La lista de regulaciones importantes para que los cadetes vivieran era larga y muy rígida. Algunas de estas, en resumen, eran; los juegos de azar o las apuestas no estaban permitidos; los cadetes debían permanecer dentro de los límites de la Academia a menos que se les concediera permiso para salir; prohibido tener armas de fuego, excepto con el consentimiento del Superintendente; todos los cadetes debían abstenerse de toda forma de conducta inmoral; uso de bebidas alcohólicas, tabaco y narcóticos estrictamente prohibido (no había salones en Bunker Hill); lenguaje profano, obsceno, vulgar o violento prohibido ; todos los cadetes deben mostrar cortesía y respeto hacia todos; obedecer las órdenes con prontitud; ningún cadete debe molestar o molestar en su habitación y hubo más. El último párrafo del reglamento dice: Todas las diversiones y deportes inocentes y estimulantes son alentados y provistos .Todos los niños que se respetan a sí mismos están felices y en casa en la Academia ".[1]
El costo anual de la pensión alimenticia y la matrícula fue de $ 350 en 1908 ($ 10,075.81 en 2021) y $ 450 en 1910 ($ 12,954.61 en 2021). La Academia sugirió una suma de 25 centavos por semana ($ 7.20 en 2021) como dinero para gastar en cadetes.
"Dos trajes militares, de West Point Cut y una gorra, cuestan $ 30.00 ($ 863.64 en 2021). Los cadetes fueron medidos y el sastre de la escuela confeccionó los trajes. Además, un traje de uso común, zapatos de goma, paraguas, ropa de cama, mantas , se esperaban artículos de tocador y ropa interior. Además, debían proporcionar seis servilletas y un servilletero ". [1]