Una base de datos química es una base de datos diseñada específicamente para almacenar información química . Esta información es sobre estructuras químicas y cristalinas , espectros, reacciones y síntesis, y datos termofísicos.
Las bases de datos de bioactividad correlacionan estructuras u otra información química con resultados de bioactividad tomados de bioensayos en literatura, patentes y programas de detección.
Las estructuras químicas se representan tradicionalmente mediante líneas que indican enlaces químicos entre átomos y se dibujan en papel ( fórmulas estructurales 2D ). Si bien estas son representaciones visuales ideales para el químico , no son adecuadas para uso computacional y especialmente para búsqueda y almacenamiento . Moléculas pequeñas (también llamadas ligandos )en aplicaciones de diseño de fármacos), se representan generalmente mediante listas de átomos y sus conexiones. Sin embargo, las moléculas grandes, como las proteínas, se representan de manera más compacta utilizando las secuencias de sus bloques de construcción de aminoácidos. Se espera que grandes bases de datos químicas para estructuras manejen el almacenamiento y la búsqueda de información en millones de moléculas que ocupan terabytes de memoria física.
Las bases de datos de literatura química correlacionan estructuras u otra información química con referencias relevantes, como artículos académicos o patentes. Este tipo de base de datos incluye STN , Scifinder y Reaxys . Los enlaces a la literatura también se incluyen en muchas bases de datos que se centran en la caracterización química.
Las bases de datos cristalográficas almacenan datos de estructuras cristalinas de rayos X. Los ejemplos comunes incluyen Protein Data Bank y Cambridge Structural Database .
Las bases de datos de espectros de RMN correlacionan la estructura química con los datos de RMN. Estas bases de datos suelen incluir otros datos de caracterización, como FTIR y espectrometría de masas .