Chronux es un paquete de software de código abierto desarrollado para la carga, visualización y análisis de una variedad de modalidades / formatos de datos de series de tiempo neurobiológicas . El uso de esta herramienta permite a los neurocientíficos realizar una variedad de análisis en datos electrofisiológicos multicanal como LFP (potenciales de campo local), EEG , MEG, tiempos de pico neuronal y también en datos espacio-temporales como FMRI y datos de imágenes ópticas dinámicas. El software consta de un conjunto de rutinas MATLAB interconectadas con bibliotecas C que se pueden utilizar para realizar las tareas que constituyen un estudio típico de datos neurobiológicos. Estos incluyen regresión local ysuavizado , clasificación de picos y análisis espectral , incluido el análisis espectral de múltiples cónicos , un poderoso método no paramétrico para estimar el espectro de potencia. El paquete también incluye algunas GUI para visualización y análisis de series de tiempo. Chronux tiene licencia GNU GPL v2 [1] (y MATLAB es propietario).
De 1996 a 2001, el Laboratorio de Biología Marina (MBL) en Woods Hole, Massachusetts, EE. UU. Organizó un taller sobre el análisis de datos neuronales. [ cita requerida ] Este taller luego se convirtió en el curso de temas especiales sobre neuroinformática que se lleva a cabo en la MBL en las últimas dos semanas de agosto de cada año. La popularidad de estos esfuerzos pedagógicos y la necesidad de una difusión más amplia de herramientas de análisis de series de tiempo sofisticadas en la comunidad de neurociencia en general llevó al Mitra Lab en Cold Spring Harbor Laboratory a iniciar un esfuerzo financiado por los NIH para desarrollar herramientas de software para el análisis de datos neuronales en la forma del paquete Chronux. [ cita requerida] Chronux es el resultado de los esfuerzos de varias personas, entre las que se encuentran Hemant Bokil, Peter Andrews, Samar Mehta, Ken Harris, Catherine Loader, Partha Mitra, Hiren Maniar, Ravi Shukla, Ramesh Yadav, Hariharan Nalatore y Sumanjit Kaur. . Murray Jarvis, Bijan Pesaran y S.Gopinath también hicieron importantes contribuciones. Chronux agradece las contribuciones de personas interesadas.
Chronux está organizado en varias cajas de herramientas distintas. Estos incluyen la caja de herramientas de análisis espectral , la caja de herramientas de regresión local y verosimilitud y la caja de herramientas de clasificación de picos. Además, varias GUI específicas de dominio forman parte del paquete Chronux y se prevén más. Gran parte de Chronux está escrito en MATLAB con ciertos cálculos intensivos codificados en C con una interfaz MEX para MATLAB. Los métodos empleados son de última generación [ cita requerida ] : por ejemplo, la caja de herramientas de análisis espectral implementa el multitaperEl método de estimación espectral y la caja de herramientas de regresión local y probabilidad (Locfit) implementa un conjunto de métodos altamente flexibles para ajustar funciones y distribuciones de probabilidad a los datos. Chronux proporciona estimaciones sólidas de los intervalos de confianza en cantidades calculadas. Por lo tanto, el cálculo de un espectro se puede aumentar mediante un cálculo de intervalos de confianza tanto asintóticos como basados en navaja , y lo mismo ocurre con la mayoría de las cantidades en la caja de herramientas de análisis espectral. De manera similar, la caja de herramientas de regresión y verosimilitud local es una interfaz MEX para el paquete Locfit que proporciona un conjunto completo de herramientas para la prueba y validación de modelos.