Cytoscape

Cytoscape

Página de inicio de Cytoscape
Autor (es) original (es)	Instituto de Biología de Sistemas
Desarrollador (es)	Equipo Cytoscape
Versión inicial	Julio de 2002
Lanzamiento estable	3.8.2 / 29 de octubre de 2020 ; Hace 10 meses [1] ( 2020-10-29 )
Escrito en	Java
Sistema operativo	Cualquiera ( basado en Java )
Escribe	Procesamiento de imágenes
Licencia	LGPL
Sitio web	www .cytoscape .org

Cytoscape es una plataforma de software de bioinformática de código abierto para visualizar redes de interacción molecular e integrarse con perfiles de expresión génica y otros datos estatales. Las funciones adicionales están disponibles como complementos . Los complementos están disponibles para análisis de perfiles moleculares y de red, nuevos diseños, compatibilidad con formatos de archivo adicionales y conexión con bases de datos y búsqueda en redes grandes. Cualquier persona puede desarrollar complementos utilizando la arquitectura de software Java abierta de Cytoscape y se recomienda el desarrollo de la comunidad de complementos. ^{[2] [3]} Cytoscape también tiene un proyecto hermano centrado en JavaScript llamado Cytoscape.js que se puede utilizar para analizar y visualizar gráficos en entornos JavaScript, como un navegador.

Historia

Cytoscape fue creado originalmente en el Instituto de Biología de Sistemas en Seattle en 2002. Ahora, es desarrollado por un consorcio internacional de desarrolladores de código abierto. Cytoscape se hizo público inicialmente en julio de 2002 (v0.8); la segunda versión (v0.9) fue en noviembre de 2002 y la v1.0 se lanzó en marzo de 2003. La versión 1.1.1 es la última versión estable de la serie 1.0. La versión 2.0 se lanzó inicialmente en 2004; Cytoscape 2.83, la versión final 2.xx, se lanzó en mayo de 2012. La versión 3.0 se lanzó el 1 de febrero de 2013 y la última versión, 3.4.0, se lanzó en mayo de 2016.

Desarrollo

El equipo principal de desarrolladores de Cytoscape continúa trabajando en este proyecto y lanzó Cytoscape 3.0 en 2013. Esto representó un cambio importante en la arquitectura de Cytoscape; es una versión más modular, ampliable y mantenible del software. ^[4]

Uso

Red de interacción proteína de levadura-proteína / proteína-ADN visualizada por Cytoscape. El grado del nodo se asigna al tamaño del nodo

Si bien Cytoscape se usa más comúnmente para aplicaciones de investigación biológica, es agnóstico en términos de uso. Cytoscape se puede utilizar para visualizar y analizar gráficos de red de cualquier tipo que involucren nodos y bordes (por ejemplo, redes sociales). Un aspecto clave de la arquitectura de software de Cytoscape es el uso de complementos para funciones especializadas. Los complementos son desarrollados por desarrolladores principales y la gran comunidad de usuarios.

Características

Aporte

• Ingrese y construya redes de interacción molecular a partir de archivos de interacción sin procesar (formato SIF) que contengan listas de pares de interacción proteína-proteína y / o proteína-ADN. Para la levadura y otros organismos modelo, se encuentran disponibles grandes fuentes de interacciones por pares a través de las bases de datos BIND y TRANSFAC . También se admiten los tipos de interacción definidos por el usuario.
• Cargue y guarde redes de interacción construidas previamente en formato GML (Graph Modeling Language).
• Cargue y guarde redes y atributos de nodo / borde en un formato de documento XML llamado XGMML (Lenguaje de modelado y marcado de gráficos extensible).
• Ingrese perfiles de expresión de ARNm desde archivos de texto delimitados por tabulaciones o espacios.
• Cargue y guarde atributos arbitrarios en nodos y bordes. Por ejemplo, ingrese un conjunto de términos de anotación personalizados para sus proteínas, cree un conjunto de valores de confianza para sus interacciones proteína-proteína.
• Importe anotaciones funcionales de genes de las bases de datos de Gene Ontology (GO) y KEGG .
• Importe directamente términos y anotaciones de GO desde archivos de OBO y Gene Association.
• Cargue y guarde el estado de la sesión de cytoscape en un archivo de sesión de cytoscape (.cys). El archivo de sesión de Cytoscape incluye redes, atributos (para nodo / borde / red), estados del escritorio (nodos y bordes seleccionados / ocultos, tamaños de ventana), propiedades y estilos visuales.

Visualización

• Personalice la visualización de datos de la red con potentes estilos visuales.
• Vea una superposición de relaciones de expresión génica y valores p en la red. Los datos de expresión se pueden asignar al color del nodo, la etiqueta, el grosor del borde o el color del borde, etc. de acuerdo con los colores y esquemas de visualización configurables por el usuario.
• Layout de redes en dos dimensiones. Hay una variedad de algoritmos de diseño disponibles, incluidos diseños cíclicos e integrados en resortes .
• Acercar / alejar y desplazarse para navegar por la red.
• Utilice el administrador de red para organizar fácilmente varias redes. Y esta estructura se puede guardar en un archivo de sesión.
• Utilice la vista de pájaro para navegar fácilmente por redes grandes.
• Navegue fácilmente por redes grandes (más de 100.000 nodos y bordes) mediante un motor de renderizado eficiente.

Análisis

• Hay complementos disponibles para análisis de perfiles moleculares y de redes. Por ejemplo:
  • Filtre la red para seleccionar subconjuntos de nodos y / o interacciones basadas en los datos actuales. Por ejemplo, los usuarios pueden seleccionar nodos involucrados en un número umbral de interacciones, nodos que comparten una anotación de GO particular, o nodos cuyos niveles de expresión génica cambian significativamente en una o más condiciones según los valores p cargados con los datos de expresión génica.
  • Busque módulos de rutas / subredes activas. La red se analiza con datos de expresión génica para identificar conjuntos de interacciones conectados, es decir, subredes de interacción, cuyos genes muestran niveles particularmente altos de expresión diferencial. Las interacciones contenidas en cada subred proporcionan hipótesis para las interacciones reguladoras y de señalización en el control de los cambios de expresión observados.
  • Encuentre clústeres (regiones altamente interconectadas) en cualquier red cargada en Cytoscape. Según el tipo de red, los clústeres pueden tener diferentes significados. Por ejemplo, se ha demostrado que los grupos en una red de interacción proteína-proteína son complejos de proteínas y partes de vías. Los grupos en una red de similitud de proteínas representan familias de proteínas.

Ver también

• Genómica computacional
• Modelado de redes metabólicas
• Predicción de la interacción proteína-proteína
• Dibujo gráfico

Referencias

1. "¡Lanzamiento de Cytoscape 3.8.2!" . groups.google.com . Consultado el 11 de marzo de 2021 .
2. Shannon P, Markiel A, Ozier O, et al. (2003). "Cytoscape: un entorno de software para modelos integrados de redes de interacción biomolecular" . Genome Res . 13 (11): 2498–504. doi : 10.1101 / gr.1239303 . PMC 403769 . PMID 14597658 .  
3. Bell GW, Lewitter F (2006). "Visualización de redes". Meth. Enzymol . 411 : 408-21. doi : 10.1016 / S0076-6879 (06) 11022-8 . PMID 16939803 . 
4. Hoja de ruta del producto Cytoscape

enlaces externos

• Página web oficial
• Wiki de Cytoscape
• Página web de Cytoscape omictools