DNasa-seq ( DNasa I sitios hipersensibles secuenciación) es un método en biología molecular se utiliza para identificar la ubicación de las regiones reguladoras, en base a la secuenciación de todo el genoma de las regiones sensibles a la escisión por DNasa I . [1] [2] [3] FAIRE-Seq es un sucesor de DNase-seq para la identificación de todo el genoma de regiones de ADN accesibles en el genoma. Ambos protocolos para identificar regiones de cromatina abiertas tienen sesgos que dependen de la estructura del nucleosoma subyacente. Por ejemplo, FAIRE-seq proporciona recuentos de etiquetas más altos en regiones no promotoras. [4]Por otro lado, la señal de la secuencia de ADNasa es mayor en las regiones promotoras, y se ha demostrado que la secuencia de ADNasa tiene una mejor sensibilidad que la secuencia de FAIRE incluso en las regiones no promotoras. [4]
DNase-seq requiere algunos análisis bioinformáticos posteriores para proporcionar huellas de ADN en todo el genoma . Las herramientas computacionales propuestas se pueden clasificar en dos clases: enfoques basados en la segmentación y centrados en el sitio. Los métodos basados en la segmentación se basan en la aplicación de modelos ocultos de Markov o métodos de ventana deslizante para segmentar el genoma en una región de cromatina abierta / cerrada. Ejemplos de tales métodos son: SUGERENCIA, [5] método de Boyle [6] y método Neph. [7] Los métodos centrados en el sitio, por otro lado, encuentran huellas dado el perfil de cromatina abierto alrededor de los sitios de unión predichos por motivos, es decir, regiones reguladoras predichas usando información de secuencia de ADN-proteína (codificada en estructuras comoPosición de la matriz de peso ). Ejemplos de estos métodos son CENTIPEDE [8] y el método Cuellar-Partida. [9]