EMBOSS es un paquete de análisis de software de código abierto gratuito desarrollado para las necesidades de la comunidad de usuarios de biología molecular y bioinformática . [1] El software maneja automáticamente datos en una variedad de formatos e incluso permite la recuperación transparente de datos de secuencia de la web. Además, dado que el paquete incluye bibliotecas extensas, es una plataforma que permite a otros científicos desarrollar y lanzar software con un verdadero espíritu de código abierto. EMBOSS también integra una gama de paquetes y herramientas disponibles actualmente para el análisis de secuencias en un todo sin fisuras.
EMBOSS es un acrónimo de E uropea M MOLECULAR B iología O pluma S oftware S uite. La parte europea del nombre sugiere un alcance más amplio. Los grupos centrales de EMBOSS están colaborando con muchos otros grupos para desarrollar las nuevas aplicaciones que necesitan los usuarios. Esto se hizo desde el principio con EMBnet , la Red Europea de Biología Molecular. EMBnet tiene muchos nodos en todo el mundo, la mayoría de los cuales son servicios de bioinformática nacionales. EMBnet tiene la experiencia en programación. En septiembre de 1998, se llevó a cabo el primer taller, cuando 30 personas de EMBnet fueron a Hinxton para aprender sobre EMBOSS y discutir el camino a seguir.[2]
El paquete EMBOSS contiene una variedad de aplicaciones para alineación de secuencias , búsqueda rápida en bases de datos con patrones de secuencia, identificación de motivos de proteínas (incluido el análisis de dominios) y mucho más.
Las bibliotecas AJAX y NUCLEUS se publican bajo la Licencia pública general de biblioteca GNU . Las aplicaciones EMBOSS se publican bajo la Licencia Pública General GNU . [3]
Grupos de aplicaciones EMBOSS
Grupo | Descripción |
---|---|
Acd | Utilidades de archivo acd |
Consenso de alineación | Fusionar secuencias para llegar a un consenso |
Diferencias de alineación | Encontrar diferencias entre secuencias |
Gráficos de puntos de alineación | Comparaciones de secuencias de gráficos de puntos |
Alineación global | Alineación de secuencia global |
Alineación local | Alineación de secuencia local |
Alineación múltiple | Alineación de múltiples secuencias |
Monitor | Visualización con calidad de publicación |
Editar | Edición de secuencia |
La cinética de enzimas | Cálculos de cinética enzimática |
Tablas de funciones | Manipulación y visualización de anotación de secuencia. |
MMM | Análisis del modelo de markov oculto |
Información | Información y ayuda general para usuarios |
Menús | Interfaz (s) de menú |
Estructura 2d nucleica | Estructura secundaria de ácido nucleico |
Uso de codones nucleicos | Análisis de uso de codones |
Composición nucleica | Composición de secuencias de nucleótidos |
Islas CpG nucleicas | Detección y análisis de islas CpG |
Hallazgo de genes nucleicos | Predicciones de genes y otras características genómicas. |
Motivos nucleicos | Búsquedas de motivos de ácido nucleico |
Mutación nucleica | Mutación de la secuencia de ácido nucleico |
Cebadores nucleicos | Predicción de la cartilla |
Perfiles nucleicos | Generación y búsqueda de perfiles de ácidos nucleicos |
Repeticiones nucleicas | Detección de repetición de ácido nucleico |
Restricción nucleica | Sitios de enzimas de restricción en secuencias de nucleótidos |
Plegamiento de ARN nucleico | Métodos y análisis de plegamiento de ARN |
Transcripción nucleica | Factores de transcripción, promotores y predicción de terminadores |
Traducción nucleica | Traducción de secuencia de nucleótidos a secuencia de proteína |
Consenso de filogenia | Métodos de consenso filogenético |
Caracteres continuos de filogenia | Métodos filogenéticos de carácter continuo |
Personajes discretos de filogenia | Métodos filogenéticos de caracteres discretos |
Matriz de distancia de filogenia | Métodos de matriz de distancia filogenética |
Frecuencias de genes de filogenia | Métodos filogenéticos de frecuencia de genes |
Secuencia molecular de filogenia | Métodos de secuencia molecular filogenética |
Dibujo de árbol de filogenia | Métodos de dibujo de árboles filogenéticos |
Estructura 2d de proteínas | Estructura secundaria proteica |
Estructura de proteína 3d | Estructura terciaria de proteínas |
Composición proteica | Composición de secuencias de proteínas |
Motivos proteicos | Búsquedas de motivos de proteínas |
Mutación de proteínas | Mutación de la secuencia de proteínas |
Perfiles proteicos | Generación y búsqueda de perfiles de proteínas |
Prueba | Herramientas de prueba, no para uso general |
Creación de la base de datos de utils | Instalación de la base de datos |
Indexación de la base de datos de utils | Indexación de bases de datos |
Misceláneos de utilidades | Herramientas de utilidad |
Ver también
- Fundación Abierta de Bioinformática
- Soaplab: una interfaz de servicio web SOAP que incluye EMBOSS
- Genostar : integración de algunas de las herramientas EMBOSS en una aplicación gráfica
Referencias
- ^ Rice P, Longden I, Bleasby A (2000). "EMBOSS: la suite de software abierta europea de biología molecular". Tendencias en Genética . 16 (6): 276–277. doi : 10.1016 / S0168-9525 (00) 02024-2 . PMID 10827456 .
- ^ Rice P, Bleasby A (1999). "EMBOSS: la suite de software abierta europea de biología molecular" . Bioquímico E-volución . 16 (6): 276–7. doi : 10.1016 / s0168-9525 (00) 02024-2 . PMID 10827456 .
- ^ "1.1. Información de licencia" .