ESyPred3D es un programa de modelado de homología automatizado . Las alineaciones se obtienen combinando, ponderando y seleccionando los resultados de varios programas de alineación múltiple. La estructura tridimensional final se construye utilizando el paquete de modelado MODELLER . [1]
Para realizar el modelado de homología, el programa ESyPred3D primero busca una plantilla (una secuencia similar de estructura conocida), antes de alinear las secuencias de consulta y plantilla. Luego, EsyPred3D crea los modelos 3D utilizando la alineación y la estructura de la plantilla, antes de evaluar el modelo 3D final.
Las secuencias de consulta y plantilla se alinean utilizando un método de alineación de consenso. [2] Se construyen diferentes alineamientos de secuencias múltiples utilizando diferentes programas de alineamiento en dos conjuntos de secuencias que incluyen la consulta y la secuencia de plantilla. El método de consenso utiliza una red neuronal para encontrar los residuos mejor alineados y analiza todas las combinaciones posibles mediante un algoritmo de eliminación sin salida.
El modelo 3D final se construye a partir de la alineación de la plantilla de destino y la estructura 3D de la plantilla utilizando MODELLER . MODELLER también se utiliza para construir los bucles que faltan.