Modeller , a menudo estilizado como MODELLER , es un programa de computadora utilizado para el modelado de homología para producir modelos de estructuras terciarias de proteínas y estructuras cuaternarias (más raro). [2] [3] Implementa un método inspirado en la espectroscopia de resonancia magnética nuclear de proteínas (proteína RMN), denominado satisfacción de restricciones espaciales , mediante el cual se utiliza un conjunto de criterios geométricos para crear una función de densidad de probabilidad para la ubicación de cada átomo. en la proteína. El método se basa en una alineación de secuencia de entradaentre la secuencia de aminoácidos diana a modelar y una proteína molde cuya estructura se ha resuelto.
Autor (es) original (es) | Andrej Sali |
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Desarrollador (es) | Universidad de California, San Francisco , Accelrys |
Versión inicial | 1989 |
Lanzamiento estable | 10.1 / 18 de marzo de 2021 [1] |
Sistema operativo | Unix , Linux , macOS , Windows |
Plataforma | x86 , x86-64 |
Disponible en | inglés |
Tipo | modelado de homología de proteínas |
Licencia | Propietario : software gratuito académico sin fines de lucro , software comercial |
Sitio web | www |
El programa también incorpora funciones limitadas para la predicción de la estructura ab initio de regiones de bucle de proteínas, que a menudo son muy variables incluso entre proteínas homólogas y, por lo tanto, difíciles de predecir mediante modelos de homología.
Modeller fue escrito originalmente y actualmente es mantenido por Andrej Sali en la Universidad de California, San Francisco . [4] Se ejecuta en los sistemas operativos Unix , Linux , macOS y Windows . Es un programa gratuito para uso académico. Las interfaces gráficas de usuario (GUI) y las versiones comerciales son distribuidas por Accelrys . El servidor web de modelado de estructuras de proteínas comparativas ModWeb se basa en Modeller y otras herramientas para el modelado automático de estructuras de proteínas, con una opción para depositar los modelos resultantes en ModBase . Debido a la popularidad de Modeller, se encuentran disponibles varias GUI de terceros para MODELLER:
- EasyModeller es un programa gratuito y es una de las primeras GUI de terceros para Modeller. [5] La versión reciente (EasyModeller 4.0) es compatible con los sistemas operativos Linux y Windows .
- UCSF Chimera tiene una interfaz simple para Modeller.
- PyMod es un complemento gratuito y de código abierto para PyMOL y tiene una interfaz completa para Modeller. [6] [7] Es compatible con Linux , Windows y macOS .
- MaxMod es una GUI independiente para MODELLER en Windows . [8]
Ver también
- Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
Referencias
- ^ "Noticias de MODELER" . salilab . o . Consultado el 16 de abril de 2021 .
- ^ Fiser A, Sali A (2003). "Modelizador: generación y perfeccionamiento de modelos de estructura de proteínas basados en homología". Macromolecular Crystallography, parte D . Meth. Enzymol . Métodos en enzimología. 374 . págs. 461–91. doi : 10.1016 / S0076-6879 (03) 74020-8 . ISBN 9780121827779. PMID 14696385 .
- ^ Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). "Modelado comparativo de la estructura de proteínas de genes y genomas". Annu Rev Biophys Biomol Struct . 29 : 291-325. doi : 10.1146 / annurev.biophys.29.1.291 . PMID 10940251 .
- ^ Sali A, Blundell TL (diciembre de 1993). "Modelado comparativo de proteínas por satisfacción de restricciones espaciales". J. Mol. Biol . 234 (3): 779–815. doi : 10.1006 / jmbi.1993.1626 . PMID 8254673 .
- ^ Kuntal, BK, Aparoy, P. y Reddanna, P. (2010). EasyModeller: una interfaz gráfica para MODELLER. Notas de investigación de BMC, 3 (1), 1.
- ^ Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). "PyMod 2.0: mejoras en el análisis de la estructura de la secuencia de proteínas y el modelado de homología dentro de PyMOL" . Bioinformática . 33 (3): 444–446. doi : 10.1093 / bioinformatics / btw638 . PMID 28158668 .
- ^ Bramucci E, Paiardini A, Bossa F, Pascarella S (2012). "PyMod: búsquedas de similitud de secuencia, alineamientos de estructura de secuencia múltiple y modelado de homología dentro de PyMOL" . BMC Bioinformática . 13 Suppl 4: S2. doi : 10.1186 / 1471-2105-13-S4-S2 . PMC 3303726 . PMID 22536966 .
- ^ Parida BK, Panda PK, Misra N, Mishra BK (2015). "MaxMod: una interfaz novedosa basada en el modelo de Markov oculto para MODELLER para una mejor predicción de modelos de proteínas en 3D". Revista de modelado molecular . 21 (2): 1–10. doi : 10.1007 / s00894-014-2563-3 . PMID 25636267 . S2CID 30626573 .
enlaces externos
- Página web oficial
- ModWeb
- EasyModeller : una GUI para Modeller.
- Interfaz UCSF Chimera para Modeller
- PyMod : un complemento de PyMOL para Modeller
- MINT - GUI para Modeller
- MaxMod : una GUI independiente para Modeller en Windows.