Las operaciones en el este de Afganistán fueron cuando Uzbek Khan y Muhammad Shaybani rodearon Kandahar , Babur encontró su reino en desarrollo de Kabul en peligro. Temía que Kabul fuera el próximo objetivo de los uzbekos. Habiendo consultado con sus hombres, decidió que la única salida era irse a la India . La segunda expedición india de Babur (como la consideran muchos historiadores musulmanes, incluido Abu'l-Fazl ibn Mubarak), se convirtió en una operación de monitoreo de Kabul, viajando por las provincias orientales de Afganistán para someter a los afganos rebeldes y saquear pueblos y aldeas en busca de suministros para la supervivencia de su ejército.
En septiembre de 1507, mientras marchaba de Kabul a la India , Babur pasó por Little Kabul. Al llegar a Robat-i-Surkh, pasó por Kuruk Sai por el paso de Hilliard. Los afganos que vivían entre Kabul y Laghman sabían que Babur estaba tratando de escapar, por lo que decidieron atacarlo. Cuando Babur salió de Jegdalek, los afganos de Khizrkhel , Shimukhel , Ghilzai o Khalji y Khogyani formaron planes para obstruir su marcha a través del paso de Lataband y en la colina que se encuentra al norte del paso de Lataband. Tocaban sus tambores y blandían sus espadas lanzando gritos terroríficos. Baburordenó a las tropas que subieran la colina y atacaran al enemigo cada uno en la dirección más cercana a él. Sus tropas avanzaron y se abrieron paso por diferentes valles y por cualquier vía de acceso posible. Se acercaron a ellos, y los afganos inmediatamente tomaron vuelo sin siquiera disparar una flecha. Después de ahuyentar a los afganos, llegó a la cima de la subida. Se detuvo en Nangarhar ante el fuerte de Jalalabad . Aquí, separó al ejército en cuatro divisiones que iban a moverse, algunas hacia el interior del país y otras hacia abajo hasta que recibió información tanto de los afganos como de los uzbekos .
Luego decidió saquear Alishang donde los Kafirs habían sembrado grandes cantidades de arroz y pensó que probablemente las tropas podrían confiscar su maíz de invierno. Dejando Nangarhar, avanzó rápidamente hacia Saigal y avanzó hasta el valle de Birain. Kafirs había apostado a algunos hombres en un parapeto en una eminencia dominante en el valle de Birain y descendieron rápidamente de la colina y comenzaron a disparar flechas. Habiendo herido a Puran, yerno de Qasim Bayg , estaban a punto de acercarse a él y tomarlo prisionero cuando el resto de su grupo hizo un esfuerzo para expulsar al enemigo y lo rescató. Babur se quedó una noche en los campos de arroz de Kafirs donde tomó una gran cantidad de grano y luego regresó al campamento.
En ese momento , la hija de Mukim Beg Arghun , Mah Chuchak, estaba casada con Qasim Kokaltash (más tarde esposa de Shah Hassan) en Mendraur. Fue en este momento que a Babur le pareció inconveniente continuar con su expedición a la India y envió de regreso a Mullah Baba Beshagheri con algunas tropas hacia Kabul. Marchando a través de Mendraur, siguió por Ater Ghar (NE Jalalabad) y Shiweh y continuó durante algunos días hasta que llegó a la provincia de Kunar y al distrito de Nurgul a lo largo del río Kunar y examinó el país en una balsa.
Las noticias llegaron de Nasir Mirza a través de Mullah Mirak Ferketi sobre el sitio uzbeko de Kandahar . Muhammad Shaybani había abandonado el asedio incluso después de haber tomado la ciudad amurallada de Kandahar pero sin haber tomado la ciudadela. Aún así, Nasir Mirza había abandonado Kandahar por varios motivos y se había retirado a Ghazni . La razón de la retirada uzbeka fue que cuando Muhammad Shaybani atacó Kandahar, había enviado su harén a Nirehtu , un fuerte al este de Herat . Algunas personas que se habían rebelado en Nirehtu se habían apoderado del fuerte. Muhammad Shaybani se apresuró a arreglar una especie de paz y se retiró.
Aliviado, Babur regresó a Kabul a través de Badij . Reasignó gobiernos, dando Ghazni a Nasir Mirza, Mendraur y los valles de Darrah Nur a Nanagarh, y Kunar y Nurgul a Abdal Razak Mirza . Babur mismo abandonó el título de Mirza y adoptó el título de Padishah o Rey.