El club ingresó a las ligas profesionales en 2001. Inicialmente, el club logró terminar en tercer lugar en el Grupo "A" de Druha Liha . La siguiente temporada se coronaron campeones y ascendieron a Persha Liha para la temporada 2002-03.
El club, procedente de una pequeña ciudad de provincias, se encontraba bajo presión financiera y en 2003-04 forjaron una unión con Obolon y se convirtió en su club agrícola con el nombre de Krasyliv-Obolon .
Antes de que comenzara la próxima temporada, el FC Podillya Khmelnytskyi, que terminó segundo en la Segunda Liga de Ucrania en la temporada 2003-04 , se fusiona con Krasyliv-Obolon y traslada las operaciones del equipo de Khmelnytskyi a Krasyliv antes del comienzo de la temporada.