El club ingresó a las ligas profesionales en 2001. El club inicialmente tuvo éxito y terminó en tercer lugar en el Grupo "A" de Druha Liha . La temporada siguiente se coronaron campeones y ascendieron a Persha Liha para la temporada 2002-03.
El club, proveniente de una pequeña ciudad de provincia, estaba bajo presión financiera y en 2003-04 forjó una unión con Obolon y se convirtió en su club de granja bajo el nombre de Krasyliv-Obolon .
Antes de que comenzara la próxima temporada, el FC Podillya Khmelnytskyi , que terminó segundo en la temporada 2003-04 de la Segunda Liga de Ucrania , se fusiona con Krasyliv-Obolon y traslada las operaciones del equipo de Khmelnytskyi a Krasyliv antes del comienzo de la temporada.