La biblioteca de software FMRIB , abreviada FSL , es una biblioteca de software que contiene análisis de imágenes y herramientas estadísticas para datos de imágenes cerebrales de resonancia magnética funcional , estructural y de difusión .
Desarrollador (es) | Grupo de análisis FMRIB |
---|---|
Lanzamiento estable | 6.0.1 / 11 de marzo de 2019 |
Escrito en | C ++, TCL |
Sistema operativo | Linux , macOS |
Disponible en | inglés |
Tipo | Visualización científica y computación de imágenes |
Licencia | Personalizado, no comercial |
Sitio web | fsl |
FSL está disponible como binarios precompilados y código fuente para computadoras Apple y PC ( Linux ). Está disponible gratuitamente para uso no comercial.
Funcionalidad FSL
Resonancia magnética funcional | |
---|---|
CON | Análisis FMRI basado en modelos con GUI sencillo pero potente: preprocesamiento de datos (incluida la corrección de tiempo de corte, corrección de movimiento MCFLIRT y desarmado EPI PRELUDE + FUGUE); Análisis de series de tiempo FILM GLM con preblanqueamiento; registro de imágenes espaciales estructurales y / o estándar; y análisis grupal de efectos mixtos completamente generalizado utilizando técnicas bayesianas avanzadas . |
MELÓDICO | Análisis FMRI sin modelo mediante el análisis probabilístico de componentes independientes (PICA). MELODIC estima automáticamente el número de fuentes de señales y ruido interesantes en los datos y, debido al "modelo de ruido" asociado, puede asignar significados ("valores p") a los mapas espaciales de salida. |
FLOBS | Generación de funciones de base de HRF óptimas y estimación de activación bayesiana. |
SMM | Modelado de mezcla espacial: prueba de hipótesis alternativas utilizando el modelado de mezcla de histograma con regularización espacial de la clasificación de vóxeles en activación y no activación. |
Resonancia magnética estructural | |
APUESTA / APUESTA2 | Herramienta de extracción de cerebro: segmenta el cerebro de lo que no es el cerebro en datos estructurales y funcionales, y modela las superficies del cráneo y el cuero cabelludo. [1] |
SUSAN | Reducción de ruido no lineal. |
RÁPIDO | Herramienta de segmentación automatizada de FMRIB: segmentación del cerebro (en diferentes tipos de tejido) y corrección del campo de sesgo. |
FLIRTEAR | Herramienta de registro de imagen lineal de FMRIB: registro lineal inter e intramodal. [2] |
FUGA | Desarma la distorsión geométrica en imágenes EPI utilizando mapas de campo B 0 . |
SIENA | Análisis de cambios estructurales del cerebro, para estimar la atrofia cerebral. |
Resonancia magnética de difusión | |
FDT | Caja de herramientas de difusión de FMRIB: herramientas para la reconstrucción de parámetros de difusión de bajo nivel y la tractografía probabilística. |
TBSS | Estadísticas espaciales basadas en tractos (parte de la caja de herramientas de difusión de FMRIB): análisis por vóxeles de datos de difusión de múltiples sujetos. [3] |
Otras herramientas | |
Inferencia | Varias herramientas de inferencia / umbralización, que incluyen: Aleatorización (herramienta de inferencia basada en permutación para umbrales estadísticos no paramétricos), clúster (umbral basado en clústeres utilizando la teoría GRF para inferencia), FDR (inferencia de tasa de descubrimiento falso) y Glm (una GUI para crear diseños de modelos). matrices). |
FSLeyes | Herramienta de visualización interactiva para datos 3D y 4D. |
AVWUTILS | Utilidades varias para convertir y procesar imágenes. |
Historia y desarrollo
FSL está escrito principalmente por miembros del FMRIB (Functional Magnetic Resonance Imaging of the Brain) Analysis Group, Universidad de Oxford, Reino Unido. El primer lanzamiento de FSL fue en 2000; ha habido aproximadamente un lanzamiento nuevo importante cada año hasta la fecha. El Grupo de Análisis FMRIB está financiado principalmente por Wellcome Trust y los Consejos de Investigación EPSRC y MRC del Reino Unido .
Ver también
enlaces externos
Referencias
- ^ SM Smith. Extracción de cerebro automatizada, rápida y robusta . Mapeo del cerebro humano, 17 (3): 143-155, noviembre de 2002.
- ^ Jenkinson, M., Bannister, P., Brady, JM y Smith, SM Optimización mejorada para el registro lineal robusto y preciso y la corrección de movimiento de imágenes cerebrales . NeuroImage, 17 (2), 825-841, 2002.
- ^ SM Smith, M. Jenkinson, H. Johansen-Berg, D. Rueckert, TE Nichols, CE Mackay, KE Watkins, O. Ciccarelli, MZ Cader, PM Matthews y TEJ Behrens. Estadísticas espaciales basadas en el tracto: análisis de voxelwise de datos de difusión de múltiples sujetos . NeuroImage, 31: 1487-1505, 2006.