FreeSurfer es un paquete de software de imágenes cerebrales desarrollado originalmente por Bruce Fischl, Anders Dale , Martin Sereno y Doug Greve. [2] El desarrollo y mantenimiento de FreeSurfer es ahora la responsabilidad principal del Laboratorio de Neuroimagen Computacional [3] en el Centro de Imágenes Biomédicas Athinoula A. Martinos . FreeSurfer contiene un conjunto de programas con un enfoque común de análisis de imágenes por resonancia magnética (MRI) del tejido cerebral. Es una herramienta importante en el mapeo funcional del cerebro y contiene herramientas para realizar análisis basados en volumen y en superficie. [4]FreeSurfer incluye herramientas para la reconstrucción de modelos topológicamente correctos y geométricamente precisos de las superficies gris / blanca y pial , para medir el grosor cortical, el área de superficie y el plegado, y para calcular el registro intersujeto basado en el patrón de pliegues corticales.
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Desarrollador (es) | Centro Martinos de Imágenes Biomédicas |
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Lanzamiento estable | 7.1 |
Repositorio | ![]() |
Sistema operativo | Linux o Mac OS X |
Tipo | Análisis de datos de neuroimagen |
Licencia | Licencia del software FreeSurfer [1] |
Sitio web | FreeSurfer |
![](http://wikiimg.tojsiabtv.com/wikipedia/commons/thumb/4/47/FreeviewScreenshot.png/220px-FreeviewScreenshot.png)
Se han registrado 40.965 copias del paquete de software FreeSurfer para su uso a partir de julio de 2019 [5] y es una herramienta central en las líneas de procesamiento del Proyecto Human Connectome , [6] el Biobanco del Reino Unido , [7] el Desarrollo Cognitivo del Cerebro Adolescente Estudio, [8] y la Iniciativa de neuroimagen de la enfermedad de Alzheimer . [9]
![](http://wikiimg.tojsiabtv.com/wikipedia/commons/thumb/9/94/Spherical_Registration.png/220px-Spherical_Registration.png)
Uso
El flujo de procesamiento de FreeSurfer está controlado por un script de shell llamado recon-all . [10] El script llama a programas componentes que organizan imágenes de resonancia magnética sin procesar en formatos fácilmente utilizables para análisis morfométrico y estadístico. FreeSurfer segmenta automáticamente el volumen y agrupa la superficie en regiones de interés estandarizadas (ROI). Freesurfer utiliza un método esférico transformado para promediar entre sujetos para el análisis estadístico ( modelo lineal general ) con la herramienta mri_glmfit [11] . FreeSurfer contiene una gama de paquetes que permiten un amplio espectro de usos, que incluyen:
- FreeView, una herramienta para visualizar la salida de FreeSurfer, también puede mostrar formatos de imágenes de resonancia magnética comunes. [12]
- TRACULA, una herramienta para construir datos del tracto de materia blanca a partir de imágenes de difusión [13]
- FSFAST, una herramienta para el análisis de datos de resonancia magnética funcional [14]
- XHemi, para el registro interhemisférico [15]
- LGI, para calcular el grado de plegado o GI local. [dieciséis]
- una caja de herramientas de Matlab para modelos lineales de efectos mixtos [17]
Interoperación
FreeSurfer interactúa fácilmente con la biblioteca de software FMRIB (FSL), que es una biblioteca completa para el análisis de imágenes, escrita por el grupo de RM funcional del cerebro (FMRIB) en Oxford, Reino Unido. Los resultados de la activación funcional obtenidos utilizando FreeSurfer Functional Analysis Stream (FS-FAST) o las herramientas FSL se pueden superponer sobre superficies corticales infladas, esféricas o aplanadas utilizando FreeSurfer. Los datos de la cartografía paramétrica estadística (SPM) se pueden integrar en los conjuntos de datos de FreeSurfer a través de las herramientas incluidas en el paquete FreeSurfer. [18] FreeSurfer también usa kits de herramientas de MNI MINC , VXL , Tcl / Tk / Tix / BLT, VTK ., KWWidgets y Qt, [19] que están todos disponibles con la distribución. Otros programas de neuroimagen como Caret , AFNI / SUMA , MNE y 3D Slicer también pueden importar datos procesados por FreeSurfer.
Descargar
FreeSurfer se ejecuta en Mac OS y Linux. El registro gratuito y la instalación binaria están disponibles sin costo, pero se necesita una clave de licencia (archivo de texto) para ejecutar los binarios de FreeSurfer. [20] La documentación se puede encontrar en FreeSurfer Wiki [21] y los desarrolladores y la comunidad disponen de soporte limitado a través de la lista de correo de FreeSurfer.
Referencias seleccionadas
La siguiente es una muestra de referencias que el equipo de FreeSurfer recomienda que los investigadores citen al publicar los hallazgos obtenidos a través de FreeSurfer. [22] Se han obtenido recuentos de citas a través de Google Scholar a partir de agosto de 2019.
Título | Año | Citas |
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Análisis basado en la superficie cortical. I. Segmentación y reconstrucción superficial. [23] | 1999 | 6469 |
Análisis basado en la superficie cortical. II: Inflado, aplanamiento y un sistema de coordenadas basado en superficie. [24] | 1999 | 4507 |
Promedio intersujetos de alta resolución y un sistema de coordenadas para la superficie cortical. [25] | 1999 | 2339 |
Medición del grosor de la corteza cerebral humana a partir de imágenes de resonancia magnética. [26] | 2000 | 3863 |
Cirugía múltiple automatizada: construcción de modelos geométricamente precisos y topológicamente correctos de la corteza cerebral humana. [27] | 2001 | 1258 |
Segmentación total del cerebro: etiquetado automatizado de estructuras neuroanatómicas en el cerebro humano. [28] | 2002 | 5066 |
Un enfoque híbrido del problema de la extracción del cráneo en la resonancia magnética. [29] | 2004 | 1584 |
Parcelar automáticamente la corteza cerebral humana. [30] | 2004 | 2731 |
Un sistema de etiquetado automatizado para subdividir la corteza cerebral humana en exploraciones de resonancia magnética en regiones de interés basadas en giros. [31] | 2006 | 4932 |
Ver también
- Análisis de neuroimágenes funcionales
- Laboratorio Caret Van Essen, Universidad de Washington en St. Louis
- Laboratorio de neuroimagen , UCLA
- Mapeo estadístico paramétrico (SPM)
Referencias
- ^ [1] Página de licencia del software FreeSurfer
- ^ Fischl, Bruce (15 de agosto de 2012). "FreeSurfer" . NeuroImage . 62 (2): 774–781. doi : 10.1016 / j.neuroimage.2012.01.021 . ISSN 1053-8119 . PMC 3685476 . PMID 22248573 .
- ^ https://www.nmr.mgh.harvard.edu/lab/lcn
- ^ Dale, Anders M .; Fischl, Bruce; Serenob, Martin I. (febrero de 1999). "Análisis basado en la superficie cortical: I. Segmentación y reconstrucción de superficies" (PDF) . NeuroImage . 9 (2): 179-194. doi : 10.1006 / nimg.1998.0395 . PMID 9931268 . S2CID 2807360 . Consultado el 29 de agosto de 2018 .
- ^ [2] Estadísticas de FreeSurfer del wiki oficial de FreeSurfer
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- ^ Dale, Anders M .; Jernigan, Terry L .; Brown, Sandra A .; Dowling, Gayathri J .; Grant, Steven J .; Constable, R. Todd; Baskin-Sommers, Arielle; Madden, Pamela A .; Heath, Andrew C .; Glaser, Paul; Anokhin, Andrey P .; Steinberg, Joel; Hettema, John M .; Fuemmeler, Bernard; Charness, Michael E .; Lisdahl, Krista; Larson, Christine; Florsheim, Paul; Potter, Alexandra; Ivanova, Masha; Dumas, Julie A .; Allgaier, Nicholas A .; Yurgelun-Todd, Deborah A .; Renshaw, Perry F .; Prescot, Andrew; McGlade, Erin; Huber, Rebekah; Mason, Michael J .; Mruzek, Daniel W .; et al. (4 de noviembre de 2018). "Métodos de procesamiento y análisis de imágenes para el estudio del desarrollo cognitivo del cerebro adolescente" . bioRxiv . 202 : 457739. doi : 10.1101 / 457739 . PMC 6981278 . PMID 31415884 .
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- ^ [4] Guía del desarrollador
- ^ [5] Descargar notas
- ^ [6] FreeSurfer Wiki
- ^ [7]
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enlaces externos
- Página web oficial