Las raíces del club se remontan a la fundación del Fußball-Club Einigkeit Gotha el 7 de julio de 1907. Ese mismo año, tomaron el nombre de FC Wacker Gotha antes de convertirse en Sportverein Wacker Gotha . En 1915, el club participó en las rondas finales del Mitteldeutsche Meisterschaft (Campeonato de Alemania Central) venciendo al SpVgg Erfurt (3:0) antes de caer ante el Borussia Halle (0:1). No volvieron a aparecer en las rondas finales hasta 1933 cuando fueron eliminados en los cuartos de final por Wacker Gera (1: 3). [2]
El club desapareció después de la Segunda Guerra Mundial , pero se restableció en 1945 como SG Gotha , que se convirtió en parte de la competencia de fútbol separada que surgió en la Alemania Oriental ocupada por los soviéticos . El equipo pasó a llamarse SG Vorwärts Gotha en 1948 y luego BSG Motor Gotha en 1950. [3] Motor jugó una sola temporada en la 2. DDR-Liga (II) y participó en la FDGB-Pokal en 1954, 1969, y 1982, saliendo en primera ronda en cada una de sus apariciones.
Después de la reunificación alemana , el equipo tomó el nombre de SV Motor Gotha en 1990 antes de reclamar su identidad histórica como SV Wacker Gotha en 1993. Wacker se abrió paso en la Oberliga Nordost-Süd (IV) en 2001, convirtiéndose en el primer equipo de Turingia en avanzar a la Oberliga desde el regreso de los antiguos clubes de Alemania Oriental a la competencia nacional restaurada. Fueron relegados después de solo dos temporadas de juego allí.
En 2003, el departamento de fútbol se independizó como FSV Wacker 03 Gotha y pasó las siguientes 7 temporadas en la Thüringenliga. Terminaron la temporada 2009-10 allí detrás del Eintracht Sondershausen , pero avanzaron a la NOFV-Oberliga Süd después de que ese club rechazara el ascenso por razones financieras. En 2013, fueron relegados a Thüringenliga y en 2014 a Landesklasse, pero se recuperaron con un campeonato de Landesklasse en 2016. [4]