A pesar de la preferencia de los asuncionistas por Juan Ortiz de Zárate para reemplazar a Francisco Ortiz de Vergara como gobernador del Río de la Plata , la Real Audiencia de Charcas nombró en el cargo al contador Felipe de Cáceres.
Anteriormente había ayudado a Domingo Martínez de Irala a destituir del poder a Alvar Núñez Cabeza de Vaca , y durante su administración se peleó con Fray Pedro de la Torre , el primer obispo de Paraguay . Al regresar de un viaje a la desembocadura del Paraná , fue abordado a su regreso a Asunción y detenido bajo la autoridad del obispo. El virrey Martín Suárez de Toledo aprobó el encarcelamiento y ordenó el traslado de Cáceres a España.
Aunque rompió la cárcel en el camino con la ayuda de los portugueses, el capitán Ruy Díaz Melgarejo pudo recapturarlo.