La Primera Liga 1998-1999 de Yugoslavia FR fue la séptima temporada de la liga de fútbol de alto nivel de Yugoslavia FR desde su creación. Fue disputado por 18 equipos, y Partizan ganó el campeonato (declarado el 12 de junio de 1999).
El campeonato se detuvo el 14 de mayo de 1999, debido al bombardeo de Yugoslavia por la OTAN , después de 24 rondas.