FlyBase es una base de datos bioinformática en línea y el depósito principal de datos genéticos y moleculares de la familia de insectos Drosophilidae . [1] Para la especie y el organismo modelo más estudiados , Drosophila melanogaster , se presenta una amplia gama de datos en diferentes formatos.
La información en FlyBase proviene de una variedad de fuentes que van desde proyectos genómicos a gran escala hasta la literatura de investigación primaria. Estos tipos de datos incluyen fenotipos mutantes ; caracterización molecular de alelos mutantes ; y otras desviaciones, mapas citológicos, patrones de expresión de tipo salvaje , imágenes anatómicas, construcciones e inserciones transgénicas, modelos de genes a nivel de secuencia y clasificación molecular de funciones de productos génicos. [2]Las herramientas de consulta permiten la navegación de FlyBase a través de secuencias de ADN o proteínas, por nombre de gen o mutante, o mediante términos de las diversas ontologías utilizadas para capturar datos funcionales, fenotípicos y anatómicos. La base de datos ofrece varias herramientas de consulta diferentes para proporcionar un acceso eficiente a los datos disponibles y facilitar el descubrimiento de relaciones significativas dentro de la base de datos. [3] Los vínculos entre FlyBase y bases de datos externas, como BDGP [4] o modENCODE, [5] brindan oportunidades para una mayor exploración en otras bases de datos de organismos modelo y otros recursos de información biológica y molecular. [6] El proyecto FlyBase lo lleva a cabo un consorcio de Drosophila.investigadores e informáticos de la Universidad de Harvard y la Universidad de Indiana en los Estados Unidos, y la Universidad de Cambridge en el Reino Unido.
Drosophila melanogaster ha sido un organismo experimental desde principios de la década de 1900 y desde entonces se ha colocado a la vanguardia de muchas áreas de investigación. [8] A medida que este campo de investigación se expandió y se volvió global, los investigadores que trabajaban en los mismos problemas necesitaban una forma de comunicarse y monitorear el progreso en el campo. Este nicho se llenó inicialmente con boletines comunitarios como el Servicio de Información de Drosophila (DIS), que se remonta a 1934 cuando el campo comenzaba a extenderse desde Thomas Hunt Morgan.laboratorio de. El material de estas páginas presentaba "catálogos" regulares de mutaciones y bibliografías de la literatura sobre Drosophila. A medida que la infraestructura informática se desarrolló en los años 80 y 90, estos boletines cedieron y se fusionaron con las listas de correo de Internet, y finalmente se convirtieron en recursos y datos en línea. En 1992, los datos sobre la genética y genómica de D. melanogaster y especies relacionadas estaban disponibles electrónicamente a través de Internet a través de FlyBase, BDGP , financiado con fondos(Berkeley Drosophila Genome Project) y los grupos informáticos EDGP (European Drosophila Genome Project). Estos grupos reconocieron que la mayoría de los proyectos genómicos y los tipos de datos comunitarios se superponían. Decidieron que sería valioso presentar a la comunidad científica una visión integrada de los datos. En octubre de 1992, el Centro Nacional de Investigación del Genoma Humano de los NIH financió el proyecto FlyBase con el objetivo de diseñar, construir y publicar una base de datos de información genética y molecular sobre Drosophila melanogaster . FlyBase también recibe el apoyo del Medical Research Council de Londres. [9]En 1998, el consorcio FlyBase integró la información en un único servidor de genómica de Drosophila. Actualmente, el proyecto FlyBase lo lleva a cabo un consorcio de investigadores e informáticos de Drosophila en: la Universidad de Harvard, la Universidad de Cambridge (Reino Unido), la Universidad de Indiana y la Universidad de Nuevo México. [10]