Gary Siuzdak es un químico estadounidense mejor conocido por su trabajo en el campo de la metabolómica , [1] [2] metabolómica de la actividad, [3] [4] [5] y espectrometría de masas. [6] [7] [8] [9] [10] Actualmente es profesor y director del Centro de Metabolómica y Espectrometría de Masas en Scripps Research en La Jolla, California. [11] Siuzdak también ha hecho contribuciones al análisis de virus, [12] [13] dinámica estructural viral, [14] [15] [16]así como el desarrollo de tecnología de imágenes por espectrometría de masas utilizando superficies nanoestructuradas. [8] [17] El laboratorio de Siuzdak también es responsable de crear las herramientas de investigación XCMS , [6] METLIN [10] y EISA. [18] En enero de 2021, [19] la plataforma XCMS / METLIN tiene más de 44.000 usuarios registrados.
Siuzdak estudió química (BS) y matemáticas aplicadas (BA) en Rhode Island College. Luego fue al Dartmouth College para su trabajo de posgrado, donde construyó su primer espectrómetro de masas [20] para realizar experimentos de espectrometría de masas de ionización multifotónica y ocasionalmente competir en levantamiento de pesas. [21] En Dartmouth recibió su doctorado en Química Física (29 de marzo de 1990) y el 1 de abril de 1990 comenzó en Scripps Research. [11] En 2017, Siuzdak recibió un doctorado honorario (con Emmanuelle Charpentier ) de la Universidad de Umeå [22] por su trabajo en metabolómica . Siuzdak tiene cientos de artículos y es autor de dos libros: Mass Spectrometry for Biotechnology (1996) y The Expanding Role of Mass Spectrometry in Biotechnology (2003), así como The Expanding Role of Mass Spectrometry in Biotechnology 2nd Ed. (2006). [23]
Investigación notable
Desde 1994 hasta la actualidad, el laboratorio de Siuzdak ha estado trabajando en la metabolómica de la actividad . [1] [3] [4] [5] [6] [9] [24] [25] [26] [27] mediante el uso de la metabolómica basada en la espectrometría de masas de cromatografía líquida para identificar metabolitos que alteran el fenotipo. [1] [3] [4] [5] [24] [25] [26] [27] [9] Sus esfuerzos iniciales con Richard Lerner , [4] utilizaron espectrometría de masas de cromatografía líquida para realizar experimentos metabolómicos en la médula espinal fluido de animales privados de sueño. Se observó cis-9,10-octadecenoamida , una nueva hormona lipídica (también conocida como oleamida ), [4] y se demostró que tiene propiedades para inducir el sueño. Este trabajo es uno de los primeros experimentos de este tipo que combinan la espectrometría de masas de cromatografía líquida y la metabolómica para identificar metabolitos activos. [4] [1] [3] Otro esfuerzo de metabolómica de actividad notable con Oscar Yanes (España) identificó [5] la neuroprotectina D1 como un metabolito que promueve la diferenciación de células madre.
En 1996 se realizó un análisis de virus completo con un espectrómetro de masas de ionización por electropulverización en el que se recogió el virus y se probó con éxito su viabilidad. [12] Más tarde, él y sus colaboradores proporcionaron el primer ejemplo de un virus entero intacto (virus del mosaico del tabaco) medido en masa usando un espectrómetro de masas de detección de carga, un instrumento diseñado por Henry Benner y Stephen Fuerstenau en Lawrence Berkeley National Labs. [13]
En 1999, el laboratorio de Siuzdak describió el uso de nanoestructuras para mejorar la desorción / ionización en silicio poroso de moléculas pequeñas ( DIOS ), [7] esto también se conoce como el primer ejemplo basado en la superficie de espectrometría de masas de desorción / ionización láser asistida por superficie. (SALDI-MS). Esta tecnología se expandió utilizando moléculas iniciadoras fluoradas utilizadas dentro del silicio poroso y se describió como espectrometría de masas iniciadora de nost ructura de Na (NIMS) , [8] también se conoce como espectrometría de masas de imágenes de nanoestructura (NIMS) debido a su aplicación ampliada a la imagen. [8] [17]
En 2005, el laboratorio de Siuzdak se dedicó a identificar picos metabólicos desregulados a partir de conjuntos de datos de espectrometría de masas de cromatografía líquida , para abordar el problema de la alineación del tiempo de retención, desarrollaron el primer algoritmo que permitió la alineación no lineal de los datos metabolómicos llamado XCMS . [6] [28]
Desde principios de la década de 2000 [29] [9] hasta el presente, el laboratorio de Siuzdak creó y ha estado ampliando la base de datos de espectrometría de masas en tándem conocida como METLIN . METLIN se compone únicamente de datos experimentales generados a partir de instrumentación de espectrometría de masas en tándem de alta resolución, todos los datos se derivan de estándares moleculares. METLIN ahora tiene más de 850.000 estándares moleculares con datos experimentales de espectrometría de masas en tándem. [10] METLIN es único con respecto a su tamaño, ya que otras bases de datos son más pequeñas en un orden de magnitud, [10] y también es único porque todos los datos de espectrometría de masas en tándem de METLIN se han generado sistemáticamente a múltiples energías de colisión y en positivo. y modos de ionización negativa.
En 2020, el laboratorio de Siuzdak, basado en su trabajo con Xavi Domingo [30] y METLIN , [9] [29] desarrolló Enhanced In-Source Fragmentation / Annotation (EISA) [18] para facilitar la fragmentación, identificación y cuantificación de moléculas. sin el uso de espectrometría de masas en tándem.
Referencias
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enlaces externos
- Laboratorio Siuzdak en Scripps Research