La base de datos de entidades químicas y metabolitos METLIN [1] [2] [3] es el depósito más grande de datos experimentales de espectrometría de masas en tándem adquiridos a partir de estándares. Los datos de espectrometría de masas en tándem sobre más de 850.000 patrones moleculares (al 24 de agosto de 2020 [actualizar]) [4] se proporcionan para facilitar la identificación de entidades químicas a partir de experimentos de espectrometría de masas en tándem. Además de la identificación de moléculas conocidas, también es útil para identificar incógnitas [3] utilizando su tecnología de búsqueda de similitudes. [5] Todos los datos de espectrometría de masas en tándem provienen del análisis experimental de estándares a múltiples energías de colisión y en modos de ionización tanto positivos como negativos.
Contenido | |
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Descripción | repositorio de información de entidades químicas, así como datos de espectrometría de masas en tándem |
Contacto | |
Centro de Investigación | El Instituto de Investigación Scripps |
Laboratorio | Laboratorio Siuzdak en el Instituto de Investigación Scripps |
Fecha de lanzamiento | 2005 |
Acceso | |
Sitio web | metlin |
METLIN [6] sirve como un sistema de gestión de datos para ayudar en la identificación de entidades químicas y metabolitos proporcionando acceso público a su depósito de datos completos de metabolitos de EM / EM. [4] [3] La lista anotada de estándares moleculares de METLIN incluye metabolitos y otras entidades químicas, la búsqueda de METLIN se puede realizar en base a los datos de espectrometría de masas en tándem de una molécula, masa, fórmula química y estructura dentro del sitio web de METLIN. Cada molécula está vinculada a recursos externos como la Enciclopedia de genes y genomas de Kioto ( KEGG ) para mayor referencia e investigación. La base de datos METLIN fue desarrollada y es mantenida únicamente por el laboratorio Siuzdak en The Scripps Research Institute .
Constantemente evolucionando
Desde su implementación inicial a principios de la década de 2000, [2] el sitio web de METLIN, disponible gratuitamente, ha recopilado comentarios y sugerencias para mejoras de los usuarios en las comunidades biotecnológica, farmacéutica y académica, lo que finalmente ha dado como resultado una tecnología funcionalmente útil para la metabolómica y cientos de miles de otras entidades moleculares. [4] La interfaz METLIN permite a los investigadores buscar fácilmente en la base de datos y caracterizar metabolitos y otros compuestos a través de características tales como masa precisa, búsqueda de fragmentos únicos y múltiples, pérdida neutra y capacidades de búsqueda de espectro completo. La función de búsqueda de similitudes introducida en 2008 [5] fue diseñada para acelerar el proceso de identificación de moléculas desconocidas.
METLIN también se ha utilizado para crear una nueva biblioteca de monitorización de reacciones múltiples (MRM) de transiciones de precursores a iones fragmentados. [7] El repositorio de transición METLIN-MRM para espectrometría de masas en tándem cuantitativa de moléculas pequeñas se diseñó para facilitar el intercambio de datos entre diferentes instrumentos y laboratorios. [7]
La base de datos METLIN se implementa en la nube para permitir a los usuarios de todo el mundo. [4] [6] Además de ampliar la base de datos de espectrometría de masas en tándem, METLIN está diseñado para buscar datos de espectrometría de masas en tándem, masa de precursores, fórmulas químicas, nombres de compuestos, entre otras capacidades de búsqueda. METLIN también se ha implementado con aplicaciones de computación cognitiva. [8] Los datos ESI-QTOF MS / MS de alta resolución de MS en tándem en más de 850.000 entidades químicas distintas, incluyen datos de disociación inducida por colisión espectral de masas a cuatro energías de colisión diferentes, en modos de ionización tanto positivos como negativos. [4]
Referencias
- ^ Xue, Jingchuan; Guijas, Carlos; Benton, H. Paul; Warth, Benedikt; Siuzdak, Gary (octubre de 2020). "Base de datos de estándares moleculares METLIN MS 2: un amplio recurso químico y biológico" . Métodos de la naturaleza . 17 (10): 953–954. doi : 10.1038 / s41592-020-0942-5 . ISSN 1548-7105 .
- ^ a b Smith CA, O'Maille G, Want EJ, Qin C, Trauger SA, Brandon TR, et al. (Diciembre de 2005). "METLIN: una base de datos espectral de masas de metabolitos". Monitoreo de fármacos terapéuticos . 27 (6): 747–51. doi : 10.1097 / 01.ftd.0000179845.53213.39 . PMID 16404815 . S2CID 14774455 .
- ^ a b c Guijas C, Montenegro-Burke JR, Domingo-Almenara X, Palermo A, Warth B, Hermann G, et al. (Marzo de 2018). "METLIN: una plataforma tecnológica para identificar lo conocido y lo desconocido" . Química analítica . 90 (5): 3156–3164. doi : 10.1021 / acs.analchem.7b04424 . PMC 5933435 . PMID 29381867 .
- ^ a b c d e Xue J, Guijas C, Benton HP, Warth B, Siuzdak G (agosto de 2020). "Base de datos de 2 estándares moleculares: un amplio recurso químico y biológico". Métodos de la naturaleza : 1–2. doi : 10.1038 / s41592-020-0942-5 . PMID 32839599 .
- ^ a b Benton HP, Wong DM, Trauger SA, Siuzdak G (agosto de 2008). "XCMS2: procesamiento de datos de espectrometría de masas en tándem para identificación de metabolitos y caracterización estructural" . Química analítica . 80 (16): 6382–9. doi : 10.1021 / ac800795f . PMC 2728033 . PMID 18627180 .
- ^ a b Tautenhahn R, Cho K, Uritboonthai W, Zhu Z, Patti GJ, Siuzdak G (septiembre de 2012). "Un flujo de trabajo acelerado para metabolómica no dirigida utilizando la base de datos METLIN" . Biotecnología de la naturaleza . 30 (9): 826–8. doi : 10.1038 / nbt.2348 . PMC 3666346 . PMID 22965049 .
- ^ a b Domingo-Almenara, Xavier; Montenegro-Burke, J. Rafael; Ivanisevic, Julijana; Thomas, Aurelien; Sidibé, Jonathan; Teav, Tony; Guijas, Carlos; Aisporna, Aries E .; Rinehart, Duane; Hoang, Linh; Nordström, Anders (septiembre de 2018). "XCMS-MRM y METLIN-MRM: una biblioteca en la nube y un recurso público para el análisis dirigido de moléculas pequeñas" . Métodos de la naturaleza . 15 (9): 681–684. doi : 10.1038 / s41592-018-0110-3 . ISSN 1548-7105 . PMC 6629029 .
- ^ Majumder, Erica L.-W .; Billings, Elizabeth M .; Benton, H. Paul; Martin, Richard L .; Palermo, Amelia; Guijas, Carlos; Rinschen, Markus M .; Domingo-Almenara, Xavier; Montenegro-Burke, J. Rafael; Tagtow, Bradley A .; Plumb, Robert S. (22 de enero de 2021). "Análisis cognitivo de datos metabolómicos para biología de sistemas" . Protocolos de la naturaleza . doi : 10.1038 / s41596-020-00455-4 . ISSN 1754-2189 .
enlaces externos
- Página web oficial