Genetypes es un concepto taxonómico propuesto en 2010 para describir cualquier secuencia genética de especímenes tipo . [1] [2] Esta nomenclatura integra la sistemática molecular y los términos utilizados en la taxonomía biológica . Esta nomenclatura está diseñada para etiquetar, o marcar, secuencias genéticas que fueron muestreadas de especímenes tipo. La nomenclatura de los tipos genéticos propone que las secuencias genéticas de un holotipo deben denominarse "hologenotipo" (de "holotipo" y "tipo genético"), las secuencias de un topotipo deben ser un "tipo topogénico", y así sucesivamente. Además, los marcadores genéticos utilizados deben incorporarse en la nomenclatura (p. Ej. Paragenetype ND2).
El sistema de nomenclatura de tipos genéticos podría utilizarse para marcar secuencias de "patrón oro" que, debido a su vínculo directo con los especímenes tipo, serán más creíbles que las secuencias estándar cuya identificación de especies puede ser problemática. Las identificaciones erróneas plagan muchas secuencias en GenBank [ cita requerida ] y tener algunas secuencias que están vinculadas a especímenes tipo ayudará a localizar y gestionar las identificaciones erróneas y crear secuencias "estándar de oro" identificadas positivamente disponibles para la comparación. Se sugiere que esta nomenclatura se utilice en publicaciones y bases de datos que muestren o discutan secuencias de especímenes tipo. [3] [2]
Los ejemplos de tipos genéticos incluyen:
- Mitogenoma de tipo hologénico de Leptoderma macrophthalmum - AP011500 [4]
- Milyeringa brooksi paragenetype COI - HM590595 [5]
- Milyeringa brooksi paragenetype NDI - HM590607 [5]
El concepto de tipos genéticos fue reemplazado por el concepto GenSeq , propuesto en 2013 debido a cierta confusión entre los investigadores de que los tipos genéticos eran equivalentes a los tipos portanombre . [6] [ aclaración necesaria ]
Ver también
Referencias
- ^ Chakrabarty, Prosanta (2010). "Tipos genéticos: un concepto para ayudar a integrar la sistemática molecular y la taxonomía tradicional" (PDF) . Zootaxa . 2632 : 67–68. doi : 10.11646 / zootaxa.2632.1.4 .
- ^ a b Harrison, IJ; Chakrabarty, P .; Freyhof, J .; Craig, JF (mayo de 2011). "Correcta nomenclatura y recomendaciones para la conservación y catalogación de material de voucher y secuencias genéticas". Revista de biología de peces . 78 (5): 1283-1290. doi : 10.1111 / j.1095-8649.2011.02979.x . PMID 21539541 .
- ^ "Instrucción JFB a los autores" . Revista de biología de peces.[ enlace muerto permanente ]
- ^ Byrkjedal, Ingvar; Jan Yde Poulsen; John Galbraith (2011). " Leptoderma macrophthalmum n. Sp., Una nueva especie de cabeza lisa (Otocephala: Alepocephalidae) de la Cordillera del Atlántico Medio" (PDF) . Zootaxa . 2876 : 49–56. doi : 10.11646 / zootaxa.2876.1.5 .
- ^ a b Chakrabarty, Prosanta (2010). "Estado y filogenia de Milyeringidae (Teleostei: Gobiiformes), con la descripción de un nuevo pez cueva ciego de Australia, Milyeringa brooksi , n. Sp" (PDF) . Zootaxa . 2557 : 19-28. doi : 10.11646 / zootaxa.2557.1.2 .
- ^ Chakrabarty, Prosanta; Warren, Melanie; Page, Lawrence; Baldwin, Carole (2013). "GenSeq: una nomenclatura actualizada y clasificación de secuencias genéticas de fuentes de tipo y no tipo" . ZooKeys (346): 29–41. doi : 10.3897 / zookeys.346.5753 . PMC 3821064 . PMID 24223486 .