Gregorio VI de Cilicia ( en armenio : Գրիգոր Զ. Ապիրատ ; también Gregorio VI Apiratsi o Grigor VI Apirat ) fue el Catholicos de la Iglesia armenia de 1194 a 1203, ubicada en Sis . En 1198 proclamó la unión entre Roma y la Iglesia armenia.
Gregorio VI era sobrino de Gregorio III de Cilicia y Nerses IV el Clemente . Era favorable a los latinos y había sido nominado por el príncipe Levon I de Armenia (el futuro rey Levon I), debido a la necesidad de una alianza. Sin embargo, esta elección creó un cisma en la Iglesia armenia, y un antipatriarca rival fue elegido en la Gran Armenia .
Sin embargo, el anuncio de unión de Gregorio no se siguió en los hechos, ya que el clero y la población locales se oponían firmemente a él.
Cuando Levon, señor de Cilicia, pidió al Papa y al Emperador que lo reconocieran como rey, la condición era que la Iglesia armenia se uniera al rito romano. Aceptó formalmente la unión, pero esto nuevamente no tuvo efecto ya que el clero armenio se opuso fuertemente a ella y nunca aceptó la doctrina de la doble naturaleza de Cristo. Gregorio VI lo coronó rey de Armenia en 1198/1199 y comenzó el reino armenio de Cilicia.