Gruffudd ap Cynan ab Owain Gwynedd era nieto de Owain Gwynedd, un famoso rey de Gwynedd y gobernante de la mayor parte de Gales en el siglo XII. La forma patronímica más larga de su nombre se usa generalmente para distinguirlo del anterior y más conocido Gruffudd ap Cynan , rey de Gwynedd.
Nació c.1150 y murió en Aberconwy Abbey en 1200. Se sabe que luchó junto a su hermano Maredudd contra su tío Hywel en 1170 y más tarde luchó del lado de su primo Llywelyn ab Iorwerth entre 1194-1197 en una campaña para deponer a otro tío Dafydd . Se sabe que Gruffudd tuvo un solo hijo, Hywel ap Gruffudd ap Cynan ab Owain Gwynedd , quien no se sabe que haya tenido hijos propios y murió en 1216.