Herman IX, margrave de Baden-Eberstein (fallecido el 13 de abril de 1353) fue un margrave titular de Baden y un señor gobernante de Eberstein.
Era hijo del margrave Federico II y su primera esposa Inés de Weinsberg (m. 3 de mayo de 1320). Cuando su padre murió en 1333, lo sucedió como margrave de Baden-Eberstein.
En 1344, entregó el castillo de Yburg al margrave Rodolfo IV (m. 1348). En 1350, después de la muerte de Rodolfo IV, el emperador Carlos IV enfeudó nuevamente el castillo de Yburg a Herman IX. En el mismo año, compró el pueblo de Mörsch de Herrenalb Abbey . Rodolfo IV había vendido el pueblo a la abadía, con opción a recompra.
El 3 de junio de 1341 o antes, se casó con Mathilda de Vaihingen (m. 13 de abril de 1381). Tuvieron un hijo, Federico IV.
Herman IX murió en 1353. Como Federico IV había muerto antes que él, Eberstein cayó ante su primo hermano una vez que eliminó a Rodolfo VI de la línea principal de Baden-Baden.