Apenas había comenzado la Segunda Guerra Anglo-Boer con el ultimátum de la República de Transvaal el 9 de octubre de 1899, el Sr. Schreiner se vio llamado a ocuparse de la conducta de los rebeldes del Cabo. Los rebeldes se unieron a las fuerzas invasoras del presidente Steyn , cuyas falsas garantías Schreiner había ofrecido a una Cámara de la Asamblea indignada solo unas semanas antes. Evidentemente, la guerra por parte de las Repúblicas no iba a ser meramente de autodefensa. Fue uno de agresión y engrandecimiento. Schreiner finalmente dirigió, como primer ministro, una dura protesta al presidente Steyn por permitir que sus burgueses invadieran la colonia. También cooperó con Sir Alfred Milner y usó su influencia para refrenar al Vínculo.
El reconocimiento de la derrota de los bóers en el campo y la rendición de unos 10.000 rebeldes no debilitó los esfuerzos de los holandeses por obtener la supremacía política en la colonia. Además, en el otoño de 1902, Sir Gordon Sprigg, el primer ministro, nominalmente el líder de los progresistas, trató de mantener su posición asegurándose el apoyo del partido Bond en el parlamento. A principios de 1903, el Sr. Chamberlain incluyó Ciudad del Cabo en su visita a Sudáfrica y tuvo conferencias con los líderes políticos de todos los partidos. Sin embargo, la reconciliación entre el Bond y los elementos británicos en la colonia era todavía imposible, y los dos partidos concentraron sus esfuerzos en la lucha por la victoria en las próximas elecciones. Hofmeyr, que había elegido pasar la mayor parte del período de guerra en Europa,Regresó al Cabo para reorganizar el Bond. Por otro lado, el Dr. Jameson se presentó como líder de los progresistas. El parlamento se disolvió en septiembre de 1903. Había aprobado, desde la guerra, dos medidas de importancia: una (1902) que restringía la inmigración extranjera y la otra (1903) que ratificaba la primera convención aduanera entre todas las colonias sudafricanas. Este convenio se destacó por otorgar un trato preferencial (en general, una rebaja del 25% sobre las aduanas ya exigidas) a las importaciones procedentes del Reino Unido.Este convenio se destacó por otorgar un trato preferencial (en general, una rebaja del 25% sobre las aduanas ya exigidas) a las importaciones procedentes del Reino Unido.Este convenio se destacó por otorgar un trato preferencial (en general, una rebaja del 25% sobre las aduanas ya exigidas) a las importaciones procedentes del Reino Unido.
La elección giró en torno a la cuestión de la supremacía británica o Bond. Se luchó en un registro depurado de los votantes rebeldes, muchos de los cuales, además de privados de sus derechos, estaban en prisión. El tema era dudoso y cada lado buscó asegurar el apoyo de los votantes nativos, quienes en varios distritos tenían el equilibrio del poder. Los Bondsmen fueron más generosos que sus oponentes en sus promesas a los nativos e incluso invitaron a un periodista africano (que se negó) a presentarse para un escaño en la Asamblea. En vista de la agitación que entonces se estaba produciendo para la introducción de culíes chinos para trabajar en las minas del Rand, los progresistas declararon su intención, si regresaban, de excluirlos de la colonia, y esta declaración les valió algunos votos nativos.La votación (en enero y febrero de 1904) resultó en una mayoría progresista de cinco en una casa de 95 miembros. Los candidatos rechazados incluyeron a destacados partidarios de Bond como Merriman y Sauer, y también a Sir Gordon Sprigg y A. Douglass, otro miembro del gabinete. El Sr. WP Schreiner, el ex primer ministro, que se presentó como independiente, también fue rechazado.