El 25 de mayo de 1969 , varios oficiales jóvenes que se hacían llamar Movimiento de Oficiales Libres (en honor a los oficiales egipcios que instigaron la revolución egipcia de 1952 ) tomaron el poder en Sudán y comenzaron la era Nimeiri en la historia de Sudán . En el núcleo de la conspiración había nueve oficiales dirigidos por el coronel Jaafar an Nimeiri , que habían estado implicados en complots contra el régimen de Abboud . El golpe de Nimeiri se adelantó a los complots de otros grupos, la mayoría de los cuales involucraban facciones del ejército apoyadas por el Partido Comunista de Sudán (SCP), nacionalistas árabes ogrupos religiosos conservadores . Justificó el golpe con el argumento de que los políticos civiles habían paralizado el proceso de toma de decisiones, no habían abordado los problemas económicos y regionales del país y habían dejado a Sudán sin una constitución permanente.
Los líderes del golpe, junto con Babiker Awadallah , el ex presidente del Tribunal Supremo que había estado al tanto del golpe, se constituyeron en el Consejo de Comando Revolucionario (RCC) de diez miembros, que poseía autoridad ejecutiva colectiva bajo la presidencia de Nimeiri. Al asumir el control, la RCC proclamó el establecimiento de una "república democrática" dedicada a promover el "socialismo sudanés" independiente. Los primeros actos de la RCC incluyeron la suspensión de la Constitución de Transición, la abolición de todas las instituciones gubernamentales y la prohibición de los partidos políticos. La RCC también nacionalizó muchas industrias, empresas y bancos. Además, Nimeiri ordenó el arresto de sesenta y tres políticos civiles y retiró por la fuerza a altos oficiales del ejército.
Awadallah, designado primer ministro para formar un nuevo gobierno para implementar las directivas políticas de la RCC, quería disipar la noción de que el golpe había instalado una dictadura militar. Presidió un gabinete de veintiún miembros que incluía solo tres oficiales de la RCC, entre ellos su presidente, Nimeiri, quien también era ministro de Defensa. Los demás miembros militares del gabinete ocuparon las carteras de seguridad interior y comunicaciones. Nueve miembros del régimen de Awadallah eran supuestamente comunistas, incluido uno de los dos sureños en el gabinete, John Garang ., ministro de Abastecimiento y luego ministro de Asuntos del Sur. Otros se identificaron como marxistas. Dado que la RCC carecía de experiencia política y administrativa, los comunistas desempeñaron un papel importante en la configuración de las políticas y programas gubernamentales. A pesar de la influencia de miembros individuales del SCP, la RCC afirmó que su cooperación con el partido era una cuestión de conveniencia.
En noviembre de 1969, después de afirmar que el régimen no podía sobrevivir sin la ayuda comunista, Awadallah perdió el cargo de primer ministro. Nimeiri, quien se convirtió en jefe de un gobierno mayoritariamente civil además de ser jefe de estado, lo sucedió. Awadallah retuvo su puesto como vicepresidente de la RCC y permaneció en el gobierno como ministro de Relaciones Exteriores y como un enlace importante con los elementos de izquierda.
Las fuerzas conservadoras, dirigidas por los Ansar , representaban la mayor amenaza para la RCC. Imam al-Hadi al-Mahdi se había retirado a su isla Ababastión en el Nilo, cerca de Jartum, en la creencia de que el gobierno había decidido atacar al movimiento Ansar. El imán había exigido el regreso al gobierno democrático, la exclusión de los comunistas del poder y el fin del gobierno de la RCC. En marzo de 1970, multitudes hostiles de Ansar impidieron que Nimeiri visitara la isla para conversar con el imán. Posteriormente estallaron combates entre las fuerzas gubernamentales y hasta 30.000 Ansar. Cuando Ansar ignoró un ultimátum para rendirse, las unidades del ejército con apoyo aéreo asaltaron la isla de Aba. Unas 3.000 personas murieron durante la batalla. El imán escapó solo para ser asesinado mientras intentaba cruzar la frontera hacia Etiopía. El gobierno exilió a Sadiq al Mahdia Egipto, donde Nasser prometió mantenerlo bajo vigilancia para evitar que sucediera a su tío al frente del movimiento Ansar.