Después de 1823, los liberales ganaron el poder reprimiendo violentamente a los conservadores, sin embargo, la Iglesia continuó su alianza con los conservadores. Durante las décadas de 1840 y 1850, los liberales y conservadores compitieron por el poder supremo sobre el estado; los conservadores consolidaron su poder en 1856. Durante toda la lucha por el poder la Iglesia mantuvo cálidas relaciones con los conservadores, a cambio, en 1862 el Concordato fue firmado por el gobierno conservador y el Vaticano. El Concrodato otorgó al gobierno el derecho de nombrar a los funcionarios de la Iglesia; pero a cambio, el Estado debía apoyar económicamente a la Iglesia Católica.
En las elecciones de 1893, los conservadores perdieron ante los liberales y un nuevo líder llegó al poder: José Santos Zelaya . Zelaya instituyó una nueva constitución que pedía la separación de la Iglesia y el estado y la nacionalización de la propiedad de la Iglesia, además de la terminación del concordato, la educación secular y los matrimonios civiles. En 1909 Zeyala fue expulsado del poder y los conservadores volvieron a consolidar su poder e instituyeron una nueva constitución en 1912 que reafirmó los privilegios de la Iglesia. A mediados de la década de 1920, un revolucionario, Augusto César Sandino , intentó arrasar Nicaragua con ideales bolcheviques . La Iglesia se opuso a Sandino debido a sus vínculos con el gobierno mexicano de 1926–29, que participó en el anticlericalismo .
Cuando el líder liberal Anastasio Somoza García tomó el poder en 1936, la Iglesia abandonó sus lealtades a los conservadores y se dedicó al régimen de Somoza. Sus nuevas lealtades surgieron del hecho de que Somoza se declaró antimarxista y no continuó la persecución de la Iglesia como lo habían hecho los liberales antes que él, sino también de que Somoza fue responsable de la muerte de Sandino. Una nueva constitución nació bajo el régimen de Somoza en 1950; fue una negociación entre las medidas anticlericales anteriores y los privilegios tradicionales de la iglesia.
La Iglesia Católica fue reconocida como la religión oficial y, a pesar de la separación legal entre la iglesia y el estado, las escuelas administradas por la iglesia continuaron floreciendo. Después del primer Somoza, hubo 2 sucesores más en el régimen de Somoza que mantuvieron a esta familia en el poder durante más de 40 años. Durante todo este tiempo, los Somoza y la Iglesia mantuvieron buenas relaciones. Los Somoza controlaron y promovieron la Iglesia mientras la Iglesia no criticara su estado; al apoyar a la Iglesia, los Somoza ganaron popularidad entre la gente de Nicaragua.
No fue hasta finales de la década de 1970 que la Iglesia comenzó a dividir sus lealtades con los Somoza; Fue en ese momento que comenzaron a reconocer la represión y los abusos contra los derechos humanos que no coincidían con la Biblia. La Iglesia ya no podía apoyar a este gobierno, pero seguía estando a favor de las ideologías estatales de jerarquías y sistemas capitalistas; esto provocó una división dentro del clero. Finalmente, la Iglesia se unió en su oposición a Somoza; el problema fue que la Iglesia no pudo decidir dónde hacer su próxima alianza.
El Concilio Vaticano II alentó a los católicos a involucrarse más profundamente en temas de justicia social, la Iglesia trabajó como activista contra la represión de Somoza y por más servicios sociales. La Iglesia luchó por el agua y por conseguir un cementerio, pero esto fue reprimido por el gobierno, y tal, la iglesia también fue reprimida.