InterMine es un sistema de almacenamiento de datos de código abierto , con licencia LGPL 2.1 . InterMine se utiliza para crear bases de datos de datos biológicos a los que se accede mediante sofisticadas herramientas de consulta web. InterMine se puede utilizar para crear bases de datos a partir de un solo conjunto de datos o puede integrar múltiples fuentes de datos. Se proporciona soporte para varios formatos biológicos comunes y existe un marco para agregar otros datos. InterMine incluye una interfaz web fácil de usar que funciona "lista para usar" y se puede personalizar fácilmente. [1] [2]
Contenido | |
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Descripción | Sistema de almacenamiento de datos de código abierto para la integración y análisis de datos biológicos. |
Organismos | variado |
Acceso | |
Sitio web | http://www.intermine.org/ |
URL de descarga | https://github.com/intermine/intermine |
URL del servicio web | http://iodocs.apps.intermine.org/ |
Diverso | |
Licencia | LGPL 2.1 |
Frecuencia de publicación de datos | Trimestral |
Versión | 1.6.6 |
Entidades que se pueden marcar | sí |
InterMine facilita la integración de múltiples fuentes de datos en un único almacén de datos. Tiene un modelo de datos central basado en la ontología de secuencia y admite varios formatos de datos biológicos, lo que permite a los administradores de sistemas configurar qué organismos o archivos de datos se requieren. Es fácil ampliar el modelo de datos e integrar otros datos, con una API de servicio web, clientes en siete idiomas diferentes y un formato XML para ayudar a importar datos personalizados.
Como proyecto activo de código abierto, InterMine mantiene una lista de correo para desarrolladores y documentación completa para desarrolladores y usuarios .
Formatos de datos admitidos
Clientela
Los clientes Web permiten a los usuarios acceder a los datos mediante programación con el mínimo esfuerzo, y están disponibles para Perl , Python , Ruby , Javascript , Java , y R . Los datos también se pueden consultar a través de una aplicación nativa de Android .
Aplicación web
La aplicación web InterMine permite la creación de consultas bioinformáticas personalizadas, incluye consultas de plantilla (formularios web para ejecutar consultas "enlatadas"). Los usuarios pueden cargar y operar en listas de datos. Es posible configurar / crear widgets para analizar listas con gráficos y estadísticas de enriquecimiento.
Un usuario administrador puede publicar nuevas consultas de plantilla, cambiar páginas de informes y crear listas públicas en cualquier momento sin necesidad de programación. Se pueden configurar y personalizar muchos aspectos de la aplicación web.
Proyectos actuales (lista no exhaustiva)
Se puede ver una lista actualizada de proyectos en el Registro de InterMine
- Base de datos genérica de organismos modelo
- MODENCODE
- FlyMine
- HumanMine
- RatMine
- Levadura
- TargetMine
- MitoMiner
- MouseMine
- Pez CebraLa Mina
- WormMine
- ÍNDIGO
- ThaleMine
- TargetMine
- PhytoMine
- MedicMine
- BovinoMina
- Himenópteros
- SoyMine
- BeanMine
- GarbanzoMina
- Leguminosas
- CacahueteMina
- Shaare
- Trigo3Bmine
- PlanMine
- GrapeMine
- RepetDB
- XenMine
- CHOMine
Referencias
- ^ http://www.intermine.org
- ^ Smith, Richard N .; Aleksic, Jelena; et al. (1 de diciembre de 2012). "InterMine: un sistema de almacenamiento de datos flexible para la integración y análisis de datos biológicos heterogéneos" . Bioinformática . 28 (23): 3163–3165. doi : 10.1093 / bioinformatics / bts577 . ISSN 1367-4803 . PMC 3516146 . PMID 23023984 .
enlaces externos
- InterMine
- Departamento de Genética, Universidad de Cambridge
- Bienvenida Confianza
- Documentación de la API de InterMine