El Centro de Coordinación Internacional de Neuroinformática ( INCF ) es una organización internacional sin fines de lucro con la misión [4] de desarrollar, evaluar y respaldar estándares y mejores prácticas que adopten los principios de neurociencia Open, FAIR, [5] y Citable. El INCF también brinda capacitación sobre cómo los estándares y las mejores prácticas facilitan la reproducibilidad y permiten la publicación de la totalidad de los resultados de la investigación, incluidos los datos y el código. El INCF fue establecido en 2005 por recomendaciones del grupo de trabajo del Foro Global de Ciencia de la OCDE . [6] El INCF está alojado en el Karolinska Institutet en Estocolmo , Suecia.. [7] La red INCF comprende instituciones, organizaciones, empresas e individuos activos en neuroinformática, neurociencia, ciencia de datos, tecnología y políticas y publicaciones científicas. La Red está organizada en órganos de gobierno y grupos de trabajo que coordinan varias categorías de actividades de neuroinformática global que guían y supervisan el desarrollo y respaldo de estándares y mejores prácticas, además de brindar capacitación sobre cómo los estándares y las mejores prácticas facilitan la reproducibilidad y permiten la publicación de la totalidad del resultado de la investigación, incluidos los datos y el código. [8] Los directores actuales son Mathew Abrams y Helena Ledmyr, [9] y la presidenta de la junta directiva es Maryann Martone
Abreviatura | INCF |
---|---|
Formación | 2005 [1] |
Sede | Secretaría del INCF |
Localización | |
Coordenadas | 59 ° 20′54.46 ″ N 18 ° 1′25.78 ″ E / 59.3484611 ° N 18.0238278 ° E |
Presidente de la Junta de Gobierno | Maryann Martone [2] |
Sitio web | incf |
La red INCF tiene como objetivo [10] promover la aplicación de enfoques computacionales para comprender el cerebro y desarrollar la infraestructura necesaria para utilizar métodos computacionales para integrar y analizar diversos datos a través de escalas, técnicas y especies para comprender el cerebro y tener un impacto positivo en la salud. y bienestar de la sociedad.
Fondo
Un elemento clave para comprender con éxito el sistema nervioso es la integración de la neurociencia con las ciencias de la información . El campo que estudia el sistema nervioso, la neurociencia, ha respondido al fantástico desafío de comprender cómo funciona nuestro cerebro con el uso de las tecnologías más sofisticadas, desde estudios sobre el genoma hasta estudios sobre imágenes cerebrales del comportamiento en humanos y otras especies, bajo diferentes estados funcionales, y en todos los niveles analíticos intermedios. Este esfuerzo ha dado como resultado grandes cantidades de datos, que aumentan cada vez más a niveles más altos de complejidad. Los datos producidos son heterogéneos, provenientes de diferentes niveles de estudio y modalidades de análisis. Para hacer frente a este desafío de integración y garantizar un uso eficiente y máximo de estos datos, ahora es necesario desarrollar y crear estos recursos compartidos:
- bases de datos de neurociencia y conocimientos;
- herramientas analíticas y de modelado; y
- modelos computacionales.
Este desafío se está cumpliendo mediante la fusión de las neurociencias con la ciencia de la información, el campo de la neuroinformática.
Historia
Génesis
La recomendación de coordinar los esfuerzos internacionales en el nuevo campo de la neuroinformática se hizo por primera vez en el informe sobre bioinformática elaborado bajo los auspicios del entonces Foro de Megasciencia de la OCDE en 1998. [11] Tras extensas discusiones en el Grupo de Trabajo de Neuroinformática del Foro de Ciencia Global presidido por el Dr. Stephen H. Koslow, la propuesta de crear un Consejo Coordinador Internacional de Neuroinformática y un sistema de subvenciones para la investigación en neuroinformática se presentó en 2002. [12] Este proyecto fue respaldado por los ministros de ciencia de la OCDE en su reunión de enero de 2004. Dieciséis países (Australia, Canadá, China, República Checa, Dinamarca, Finlandia, Francia, Alemania, India, Italia, Japón, Países Bajos, Noruega, Suecia, Suiza, Reino Unido, Estados Unidos y Victoria, Australia), como así como la Comisión Europea, luego elaboró los documentos de trabajo que forman la base legal para el INCF y el Programa en Neuroinformática Internacional (ALFILER). [13]
Establecimiento
Las condiciones establecidas para la creación del INCF [14] se cumplieron en julio de 2005, siete países (la República Checa, Finlandia, Alemania, Noruega, Suecia, Suiza y los Estados Unidos) firmaron el documento de entendimiento y prometieron sus contribución. Se lanzó una candidatura para albergar la Secretaría del INCF. Se recibieron dos propuestas y, según las instrucciones del Consejo de Administración, el 3 de noviembre la OCDE [15] convocó a un panel de expertos para revisar y clasificar las propuestas. El panel asignó la clasificación más alta a la propuesta sueca, y esta recomendación fue respaldada por la Junta de Gobierno del INCF cuando se reunió en la sede de la OCDE el 28 de noviembre. Tras extensas discusiones internacionales, el INCF fue oficialmente inaugurado en febrero de 2007, con sede en Karolinska. Instituto en Estocolmo.
INCF promueve la colaboración en neuroinformática y reproducibilidad en la investigación del cerebro por
- proporcionar coordinación de la infraestructura de neurociencia global a través del desarrollo y aprobación de estándares y mejores prácticas en apoyo de la neurociencia abierta y FAIR (Findable Accessible Interoperable Reusable) ( datos FAIR ) [16]
- capacitar a investigadores, administradores y estudiantes sobre cómo la neuroinformática promueve el rigor y la reproducibilidad, la ciencia abierta y FAIR y la publicación de la totalidad de sus resultados de investigación: narrativa, datos y código [17]
- Fomentar la neurociencia como disciplina para avanzar hacia FORCE (FAIR, Open, Research-object based y Citable Ecosystem)
- promover el avance y el desarrollo continuo de la neuroinformática como disciplina científica
Entregables clave del programa
incluir
- Waxholm Space (WHS), [18] un espacio de referencia basado en coordenadas del cerebro de los roedores
- Scalable Brain Atlas, [19] un motor de visualización basado en la web para atlas cerebrales, datos de imágenes y topologías
- NineML, [20] un lenguaje de descripción de modelo general
- El Coordinador de simulación múltiple (MUSIC), [21] que permite que los simuladores de neuronas a gran escala y otras aplicaciones se comuniquen durante el tiempo de ejecución.
- El modelo de datos informáticos de neuroimagen (NI-DM), [22] un marco para la generación, almacenamiento y consulta de metadatos, incluida la información de procedencia.
- KnowledgeSpace, [23] una enciclopedia comunitaria que vincula los conceptos de investigación del cerebro con datos, modelos y literatura de todo el mundo.
- TrainingSpace, [24] un repositorio en línea que vincula los recursos de capacitación en neuroinformática desarrollados por el INCF, nuestros socios y los recursos comunitarios existentes.
Ver también
Referencias
- ^ "Historia" . KI.se . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
- ^ a b "Contacto" . INCF . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
- ^ "Sobre nosotros" . INCF . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
- ^ "Misión | INCF" . www.incf.org . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
- ^ Hagstrom, Stephanie (3 de septiembre de 2014). "Los principios de datos FAIR" . FUERZA 11 . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
- ^ "Acerca de" . Consorcio de revisión por pares de neurociencia . Consultado el 19 de septiembre de 2017 .
- ^ "Ubicación | INCF" . www.incf.org . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
- ^ "Red INCF | INCF" . www.incf.org . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
- ^ "Personal clave | INCF" . www.incf.org . Consultado el 8 de octubre de 2019 .
- ^ "Qué hacemos | INCF" . www.incf.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
- ^ Grupo de Trabajo del Foro de Megasciencia sobre Informática Biológica (enero de 1999). Informe final (Informe). Organización para la cooperación económica y el desarrollo. págs. 3–4, 49–50, 70–72 . Consultado el 19 de septiembre de 2017 , a través de INCF ownCloud.
- ^ Grupo de Trabajo de Neuroinformática del Global Science Forum (junio de 2002). Informe sobre Neuroinformática (Informe). Organización para la cooperación económica y el desarrollo. págs. 5, 11-15, 46 . Consultado el 19 de septiembre de 2017 , a través de ICNF ownCloud.
- ^ "Luanch del proyecto | INCF" . www.OECD.org . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
- ^ "Incf | INCF" . www.incf.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
- ^ "OECD.org - OCDE" . www.oecd.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
- ^ Wilkinson M, Dumontier M, Aalbersberg I y col. (Marzo de 2016). "Los principios rectores FAIR para la gestión y la administración de datos científicos" . Datos científicos . 3 (160018). doi : 10.1038 / sdata.2016.18 . PMC 4792175 . PMID 26978244 .
- ^ Breeze JL, Poline JB, Kennedy DN (julio de 2012). "Intercambio y publicación de datos en el campo de la neuroimagen" . GigaScience . 1 (9). doi : 10.1186 / 2047-217x-1-9 . PMC 3626511 . PMID 23587272 .
- ^ Johnson GA, Badea A, Brandenburg J, Cofer G, Fubara B, Liu S, Nissanov J (noviembre de 2010). "Espacio de Waxholm: una referencia basada en imágenes para coordinar la investigación del cerebro de ratón" . Neuroimagen . 53 (2). doi : 10.1016 / j.neuroimage.2010.06.067 . PMC 2930145 . PMID 20600960 .
- ^ "Atlas cerebral escalable - Neuroanatomía a su alcance" . scalablebrainatlas.incf.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
- ^ "NineML" . NineML . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
- ^ MUSIC, the MUltiSimulation Coordinator , Centro de coordinación internacional de neuroinformática (INCF), 2017-11-14 , consultado el 2017-12-04
- ^ "- Modelo de datos de neuroimagen" . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
- ^ "KnowledgeSpace - Inicio" . knowledge-space.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
- ^ "TrainingSpace - Inicio" . training.incf.org . Consultado el 24 de abril de 2018 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Congreso de Neuroinformática - 2019 (Varsovia, Polonia); 2018 (Montreal, Canadá); 2017 ; 2016 ; 2015 ; 2014 ; 2013 ; 2012 ; 2011 ; 2010 ; 2009 ; 2008
- Consorcio de revisión por pares de neurociencia
- Van Essen, David (primavera de 2007). "Un mensaje del presidente de SfN, David Van Essen" . Neuroscience Quarterly . Archivado desde el original el 13 de julio de 2007.