Después de una breve carrera en la caballería (que abandonó debido a un duelo ) y luego en la artillería naval en Brest , fue contratado por Antoine Choquet de Lindu como dibujante en 1777 gracias a sus calificaciones como arquitecto. En 1791 sucedió a Choquet de Lindu como director de las obras marítimas de Brest, cargo que ocupó hasta 1796.
En 1795, fue elegido diputado al Consejo de los Quinientos y allí se especializó en cuestiones relacionadas con la Armada francesa . En 1798 fue nombrado guardián del palacio de Versalles , que algunos querían demoler para reutilizar la piedra pero que, en cambio, Trouille propuso que albergara una serie de establecimientos artísticos o administrativos. Al final del período revolucionario, regresó a Brest, se reincorporó a las obras marítimas en 1800 y volvió a ser su director desde 1814 hasta 1821. Entre sus obras supervivientes se encuentran el Bâtiment aux Lions en el Brest Arsenal (1807-09) y la nivelación de Île des Morts para construir allí polvorines (1808).