Después de trabajar inicialmente como animador de personajes en Sullivan Bluth Studios bajo la dirección de Don Bluth , se unió al estudio de animación danés A. Film A / S en Copenhague, Dinamarca.
Después de un período como director creativo de Largometraje de animación, también actuando como director de secuencia en varias películas, pasó a codirigir (con Stefan Fjeldmark) la película de 2006 Asterix and the Vikings , basada en el cómic de René Goscinny y Albert Uderzo .
En marzo de 2008, Jesper Møller fundó la compañía cinematográfica independiente con sede en Copenhague Parka Pictures ApS. En enero de 2012, la veterana productora de animación alemana Lilian Klages se incorporó a Parka Pictures como directora ejecutiva y productora ejecutiva.
En 2011, Jesper Møller fue nominado "Director del año" en la Cartoon Movie 2011 en Lyon - Francia, por Sandman and the Lost Sand of Dreams.