Nació en Miserden , Gloucestershire, el hijo mayor del reverendo William Warneford, profesor titular de St Michael, Cornhill , [1] y Susannah Paynter (bisnieta de Edward Reynolds , obispo de Norwich ). Un año antes de su nacimiento, su padre, entonces un estudiante de dieciocho años en New College, Oxford , causó sensación al fugarse con Susannah, la hija de 34 años de William Paynter , vicerrector de la Universidad de Oxford . .
John Warneford asistió a la escuela en Winchester y se matriculó en Corpus Christi College, Oxford el 8 de julio de 1735, a los 14 años. Se graduó de maestría en 1742/3 y de bachiller en teología en 1752. De 1743 a 1748 fue coadjutor de su padre en All Hallows . Bread Street , Londres, pero luego regresó a Oxford. En junio de 1761 fue elegido por unanimidad Profesor de Historia Antigua de Camden , Oxford, y permaneció así hasta su muerte en 1773. Durante parte de este período también fue rector de Bassingham , Lincolnshire y en el momento de su muerte fue coadjutor en Helmdon , Northamptonshire. , donde hay una lápida conmemorativa de él.
Se casó con Lucy Southby de South Marston el 7 de diciembre de 1761 y tuvieron dos hijas. Después de su muerte, se publicaron dos volúmenes de sus sermones en 1776, con una larga lista de suscriptores.