Esta lista de software de predicción de la estructura del ARN es una compilación de herramientas de software y portales web utilizados para la predicción de la estructura del ARN .
Predicción de estructura secundaria de secuencia única.
Nombre | Descripción | Nudos [Nota 1] | Enlaces | Referencias |
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CentroideFold | Predicción de estructura secundaria basada en estimador de centroide generalizado | No | servidor web de código fuente | [1] |
Centroide | Predicción de la estructura secundaria mediante el uso de información de secuencia homóloga | No | servidor web de código fuente | [2] |
Pliegue de contexto | Un software de predicción de estructura secundaria de ARN basado en modelos de puntuación entrenados ricos en características. | No | servidor web de código fuente | [3] |
CONTRAfold | Método de predicción de estructura secundaria basado en modelos log-lineales condicionales (CLLM), una clase flexible de modelos probabilísticos que se generalizan sobre SCFG mediante el uso de entrenamiento discriminativo y puntuación rica en características . | No | servidor web de código fuente | [4] |
Arruga | Software simple y claramente escrito para producir el conjunto completo de posibles estructuras secundarias para una secuencia, dadas las restricciones opcionales. | No | código fuente | [5] |
CyloFold | Método de predicción de estructuras secundarias basado en la colocación de hélices que permiten pseudonudos complejos. | sí | Servidor web | [6] |
E2Efold | Un método basado en el aprendizaje profundo para predecir de manera eficiente la estructura secundaria mediante la diferenciación a través de un solucionador de optimización restringido, sin utilizar programación dinámica. | sí | código fuente | [7] [8] |
GTFold | Código multinúcleo rápido y escalable para predecir la estructura secundaria del ARN. | No | código fuente del enlace | [9] |
IPknot | Predicción rápida y precisa de estructuras secundarias de ARN con pseudonudos utilizando programación de enteros. | sí | servidor web de código fuente | [10] |
KineFold | Cinética de plegado de secuencias de ARN que incluyen pseudonudos al incluir una implementación de la función de partición para nudos. | sí | servidor web , linuxbinary | [11] [12] |
Molde | Algoritmo de predicción de la estructura del ARN MFE (Energía libre mínima). | No | código fuente , servidor web | [13] |
beso | Un algoritmo de programación dinámica para la predicción de una clase restringida (tipo H y horquillas de beso) de pseudonudos de ARN. | sí | código fuente , servidor web | [14] |
Nudos | Un algoritmo de programación dinámica para la predicción óptima de pseudonudos de ARN utilizando el modelo de energía del vecino más cercano. | sí | código fuente | [15] |
PknotsRG | Un algoritmo de programación dinámica para la predicción de una clase restringida (tipo H) de pseudonudos de ARN. | sí | código fuente , servidor web | [dieciséis] |
ARN123 | Predicción de estructuras secundarias a través de algoritmos de plegamiento basados en termodinámicos y alineación de secuencias basada en estructuras novedosas específicas para ARN. | sí | Servidor web | |
RNAfold | Algoritmo de predicción de la estructura del ARN MFE. Incluye una implementación de la función de partición para calcular probabilidades de pares de bases y plegamiento circular de ARN. | No | código fuente , servidor web | [13] [17] [18] [19] [20] |
Formas de ARN | Predicción de la estructura del ARN MFE basada en formas abstractas. La abstracción de formas conserva la adyacencia y el anidamiento de las características estructurales, pero ignora las longitudes de la hélice, por lo que reduce el número de soluciones subóptimas sin perder información significativa. Además, las formas representan clases de estructuras para las que se pueden calcular probabilidades basadas en energías ponderadas de Boltzmann. | No | fuente y binarios , servidor web | [21] [22] |
Estructura de ARN | Un programa para predecir estructuras de energía libre más bajas y probabilidades de pares de bases para secuencias de ARN o ADN. También hay programas disponibles para predecir estructuras de máxima precisión esperada y estos pueden incluir pseudonudos. La predicción de la estructura se puede restringir utilizando datos experimentales, incluida la forma, la escisión enzimática y la accesibilidad a la modificación química. Las interfaces gráficas de usuario están disponibles para Windows, Mac OS X, Linux. Los programas también están disponibles para su uso con interfaces de texto de estilo Unix. Además, está disponible una biblioteca de clases de C ++. | sí | fuente y binarios , servidor web | [23] [24] |
SARNA-Predicción | Método de predicción de estructura secundaria de ARN basado en recocido simulado. También puede predecir la estructura con pseudonudos. | sí | Enlace | [25] |
Pliegue | Muestreo estadístico de todas las estructuras posibles. El muestreo se pondera por las probabilidades de la función de partición. | No | Servidor web | [26] [27] [28] [29] |
Ventanas corredizas y ensamblaje | Las ventanas correderas y el ensamblaje son una cadena de herramientas para doblar series largas de horquillas similares. | No | código fuente | [5] |
SPOT-ARN | SPOT-RNA es el primer predictor de estructura secundaria de RNA que puede predecir todo tipo de pares de bases (canónicos, no canónicos, pseudonudos y tripletes de bases). | sí | código fuente Servidor web | [30] |
SwiSpot | Utilidad de línea de comandos para predecir configuraciones alternativas (secundarias) de riboswitches . Se basa en la predicción de la denominada secuencia de conmutación, para restringir posteriormente el plegamiento de las dos estructuras funcionales. | No | código fuente | [31] |
UNAFold | El paquete de software UNAFold es una colección integrada de programas que simulan rutas de plegado, hibridación y fusión para una o dos secuencias de ácido nucleico monocatenarias. | No | código fuente | [32] |
vsfold / vs subopt | Pliega y predice la estructura secundaria del ARN y los pseudonudos utilizando un modelo de entropía derivado de la física de polímeros. El programa vs_subopt calcula estructuras subóptimas basadas en el panorama de energía libre derivado de vsfold5. | sí | Servidor web | [33] [34] |
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Predicción de estructura terciaria de secuencia única
Nombre | Descripción | Nudos [Nota 1] | Enlaces | Referencias |
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PERCEBE | Una biblioteca de Python para el muestreo probabilístico de estructuras de ARN que son compatibles con una secuencia de nucleótidos dada y que son similares al ARN en una escala de longitud local. | sí | código fuente | [35] |
FARNA | Predicción automatizada de novo de estructuras terciarias de ARN de tipo nativo. | sí | [36] | |
iFoldRNA | predicción y plegamiento de la estructura tridimensional del ARN | sí | Servidor web | [37] |
Canalización MC-Fold MC-Sym | Termodinámica y motivos cíclicos de nucleótidos para el algoritmo de predicción de la estructura del ARN. Estructuras 2D y 3D. | sí | código fuente , servidor web | [38] |
NAST | Modelado de grano grueso de grandes moléculas de ARN con potenciales basados en el conocimiento y filtros estructurales | Desconocido | ejecutables | [39] |
MMB | Convertir información experimental limitada en modelos 3D de ARN | Desconocido | código fuente | [40] |
ARN123 | Plataforma integrada para el modelado de novo y homología de estructuras de ARN 3D, donde se accede a la entrada de archivos de coordenadas, edición de secuencias, alineación de secuencias, predicción de estructuras y funciones de análisis desde una interfaz gráfica de usuario intuitiva. | sí | ||
RNAComposer | Predicción totalmente automatizada de grandes estructuras 3D de ARN. | sí | servidor web servidor web | [41] |
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Métodos comparativos
Los métodos de secuencia única mencionados anteriormente tienen un trabajo difícil para detectar una pequeña muestra de estructuras secundarias razonables de un gran espacio de posibles estructuras. Una buena forma de reducir el tamaño del espacio es utilizar enfoques evolutivos. Es mucho más probable que las estructuras que se han conservado por la evolución sean la forma funcional. Los métodos siguientes utilizan este enfoque.
Nombre | Descripción | Número de secuencias [Nota 1] | Alineación [Nota 2] | Estructura [Nota 3] | Nudos [Nota 4] | Enlace | Referencias |
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Carnac | Análisis comparativo combinado con plegado MFE. | alguna | No | sí | No | código fuente , servidor web | [42] [43] |
Centroide Alifold | Predicción de estructura secundaria común basada en estimador de centroide generalizado | alguna | No | sí | No | código fuente | [44] |
CentroidAlign | Alineador múltiple rápido y preciso para secuencias de ARN | alguna | sí | No | No | código fuente | [45] |
CMfinder | un algoritmo de maximización de expectativas que utiliza modelos de covarianza para la descripción de motivos. Utiliza heurísticas para una búsqueda de motivos eficaz y un marco bayesiano para la predicción de estructuras que combina la energía de plegamiento y la covariación de secuencias. | sí | sí | No | código fuente , servidor web , sitio web | [46] | |
CONSAN | implementa un algoritmo de Sankoff fijo para la alineación simultánea de ARN por pares y la predicción de la estructura de consenso. | 2 | sí | sí | No | código fuente | [47] |
DAFS | Alineación y plegamiento simultáneos de secuencias de ARN mediante descomposición dual. | alguna | sí | sí | sí | código fuente | [48] |
Dynalign | un algoritmo que mejora la precisión de la predicción de la estructura al combinar la minimización de energía libre y el análisis de secuencia comparativo para encontrar una estructura de baja energía libre común a dos secuencias sin requerir ninguna identidad de secuencia. | 2 | sí | sí | No | código fuente | [49] [50] [51] |
FoldalignM | Un método de alineación de ARN estructural de ARN múltiple, en gran medida basado en el programa PMcomp. | alguna | sí | sí | No | código fuente | [52] |
FRUTAS | Una herramienta de alineación estructural de ARN por pares basada en la comparación de árboles de ARN. Considera alineaciones en las que los árboles comparados pueden enraizarse de manera diferente (con respecto a las raíces correspondientes del "bucle externo" estándar) y / o permutarse con respecto al orden de ramificación. | alguna | sí | aporte | No | código fuente , servidor web | [53] [54] |
GraphClust | Método rápido de agrupamiento estructural de ARN de estructuras secundarias de ARN local. Los clústeres predichos se refinan utilizando LocARNA y CMsearch. Debido a la complejidad del tiempo lineal para la agrupación, es posible analizar grandes conjuntos de datos de ARN. | alguna | sí | sí | No | código fuente | [55] |
KNetFold | Calcula una estructura secundaria de ARN de consenso a partir de una alineación de secuencia de ARN basada en el aprendizaje automático. | alguna | aporte | sí | sí | servidor web , linuxbinary | [56] |
LARA | Produzca un pliegue global y una alineación de familias de ncRNA utilizando programación lineal entera y relajación lagrangiana. | alguna | sí | sí | No | código fuente | [57] |
LocaRNA | LocaRNA es el sucesor de PMcomp con una complejidad de tiempo mejorada. Es una variante del algoritmo de Sankoff para plegamiento y alineación simultáneos, que toma como entrada matrices de probabilidad de pares de bases precalculadas del algoritmo de McCaskill producidas por RNAfold -p. Por lo tanto, el método también puede verse como una forma de comparar matrices de probabilidad de pares de bases. | alguna | sí | sí | No | código fuente , servidor web | [58] |
MASTR | Un enfoque de muestreo que utiliza la cadena de Markov Monte Carlo en un marco de recocido simulado , donde tanto la estructura como la alineación se optimizan mediante la realización de pequeños cambios locales. La puntuación combina la probabilidad logarítmica de la alineación, un término de covariación y las probabilidades del par de bases. | alguna | sí | sí | No | código fuente | [59] [60] |
Multilínea | Este método utiliza múltiples cálculos de Dynalign para encontrar una estructura de baja energía libre común a cualquier número de secuencias. No requiere ninguna identidad de secuencia. | alguna | sí | sí | No | código fuente | [61] |
Murlet | una herramienta de alineación múltiple para secuencias de ARN que utiliza una alineación iterativa basada en el algoritmo de Sankoff con un tiempo de cálculo y una memoria muy reducidos. | alguna | sí | sí | No | Servidor web | [62] |
MXSCARNA | una herramienta de alineación múltiple para secuencias de ARN que utiliza alineación progresiva basada en el algoritmo de alineación estructural por pares de SCARNA. | alguna | sí | sí | No | código fuente del servidor web | [63] |
pAliKiss | pAliKiss predice estructuras secundarias de ARN para alineaciones de secuencias múltiples de ARN fijo, con especial atención a las estructuras pseudoanudadas. Este programa es fruto de la hibridación de RNAalishapes y pKiss. | alguna | aporte | sí | sí | código fuente del servidor web | [14] |
PARTES | Un método para la predicción conjunta de alineación y estructuras secundarias comunes de dos secuencias de ARN utilizando un modelo probabilístico basado en pseudo energías libres obtenidas a partir de probabilidades de alineación y emparejamiento de bases precalculadas. | 2 | sí | sí | No | código fuente | [64] |
Pfold | Pliega las alineaciones usando un SCFG entrenado en alineaciones de ARNr. | aporte | sí | No | Servidor web | [65] [66] | |
PETfold | Integra formalmente los enfoques basados en energía y basados en la evolución en un modelo para predecir el plegamiento de múltiples secuencias de ARN alineadas mediante una puntuación de precisión máxima esperada. Las probabilidades estructurales se calculan mediante RNAfold y Pfold. | alguna | aporte | sí | No | código fuente | [67] |
PhyloQFold | Método que aprovecha la historia evolutiva de un grupo de secuencias de ARN alineadas para muestrear estructuras secundarias de consenso, incluidos los pseudonudos, según su probabilidad posterior aproximada. | alguna | aporte | sí | sí | código fuente | [68] |
PMcomp / PMmulti | PMcomp es una variante del algoritmo de Sankoff para plegado y alineación simultáneos, que toma como entrada matrices de probabilidad de pares de bases precalculadas del algoritmo de McCaskill producidas por RNAfold -p. Por lo tanto, el método también puede verse como una forma de comparar matrices de probabilidad de pares de bases. PMmulti es un programa contenedor que realiza múltiples alineaciones progresivas llamando repetidamente a pmcomp | sí | sí | No | código fuente , servidor web | [69] | |
RNAG | Un método de muestreo de Gibbs para determinar una estructura conservada y la alineación estructural. | alguna | sí | sí | No | código fuente | [70] |
CAFÉ R | utiliza RNAlpfold para calcular la estructura secundaria de las secuencias proporcionadas. A continuación, se utiliza una versión modificada de T-Coffee para calcular la alineación de múltiples secuencias que tiene la mejor concordancia con las secuencias y las estructuras. R-Coffee se puede combinar con cualquier método de alineación de secuencia existente. | alguna | sí | sí | No | código fuente , servidor web | [71] [72] |
TurboFold | Este algoritmo predice estructuras conservadas en cualquier número de secuencias. Utiliza funciones de partición y alineación probabilística para mapear pares conservados entre secuencias, y luego itera las funciones de partición para mejorar la precisión de la predicción de la estructura. | alguna | No | sí | sí | código fuente | [73] [74] |
R-scape | Verifique la estructura secundaria conservada midiendo pares de bases covariantes y su significación estadística en comparación con la filogenia pura. Propondrá uno más conservado ("optimizado") si no se da una estructura secundaria. | alguna | aporte | sí | sí | pagina de inicio | [75] |
ARN123 | El algoritmo de alineación de secuencia basada en estructura incluida (SBSA) utiliza una nueva versión subóptima del método de alineación de secuencia global de Needleman-Wunsch que tiene en cuenta completamente la estructura secundaria en la plantilla y la consulta. También utiliza dos matrices de sustitución separadas optimizadas para hélices de ARN y regiones monocatenarias. El algoritmo SBSA proporciona alineaciones de secuencia precisas> 90% incluso para estructuras tan grandes como ARNr 23S bacteriano: ~ 2.800 nts. | alguna | sí | sí | sí | Servidor web | |
RNAalifold | Pliega alineaciones precalculadas utilizando una combinación de medidas de covariación y de energía libre. Se envía con el paquete ViennaRNA . | alguna | aporte | sí | No | página principal | [17] [76] |
RNAalishapes | Herramienta para la predicción de estructuras secundarias para alineaciones precalculadas utilizando una combinación de energía libre y medidas de covariación. El resultado puede ser tamizado por el concepto de formas abstractas para enfocarse en la diferencia principal en los resultados subóptimos. | alguna | aporte | sí | No | código fuente , servidor web | [77] |
RNAcast | enumera el espacio de forma abstracta casi óptima y predice como consenso una forma abstracta común a todas las secuencias, y para cada secuencia, la mejor estructura termodinámicamente que tiene esta forma abstracta. | alguna | No | sí | No | código fuente , servidor web | [78] |
RNAforester | Compare y alinee las estructuras secundarias de ARN mediante un enfoque de "alineación forestal". | alguna | sí | aporte | No | código fuente , servidor web | [79] [80] |
ARNmina | El minero de patrones de tallo frecuente a partir de secuencias de ARN no alineadas es una herramienta de software para extraer los motivos estructurales de un conjunto de secuencias de ARN. | alguna | No | sí | No | Servidor web | [81] |
RNASampler | Un enfoque de muestreo probabilístico que combina probabilidades de emparejamiento de bases intrasecuencia con probabilidades de alineamiento de bases de intersecuencia. Esto se utiliza para muestrear posibles tallos para cada secuencia y comparar estos tallos entre todos los pares de secuencias para predecir una estructura de consenso para dos secuencias. El método se amplía para predecir la estructura común conservada entre múltiples secuencias mediante el uso de una puntuación basada en la coherencia que incorpora información de todas las alineaciones estructurales por pares. | alguna | sí | sí | sí | código fuente | [82] |
SCARNA | Stem Candidate Aligner for RNA (Scarna) es una herramienta rápida y conveniente para la alineación estructural de un par de secuencias de RNA. Alinea dos secuencias de ARN y calcula las similitudes de ellas, basándose en las estructuras secundarias comunes estimadas. Funciona incluso para estructuras secundarias pseudoanudadas. | 2 | sí | sí | No | Servidor web | [83] |
SimulFold | inferir simultáneamente estructuras de ARN que incluyen pseudonudos, alineaciones y árboles utilizando un marco MCMC bayesiano. | alguna | sí | sí | sí | código fuente | [84] |
Stemloc | un programa para el alineamiento estructural de ARN por pares basado en modelos probabilísticos de estructura de ARN conocido como gramáticas libres de contexto estocásticas de pares . | alguna | sí | sí | No | código fuente | [85] |
StrAl | una herramienta de alineación diseñada para proporcionar múltiples alineaciones de ARN no codificantes siguiendo una estrategia de progresión rápida. Combina la información de emparejamiento de bases termodinámico derivada de los cálculos de pliegues de ARN en forma de vectores de probabilidad de emparejamiento de bases con la información de la secuencia primaria. | sí | No | No | código fuente , servidor web | [86] | |
TFold | Una herramienta para predecir estructuras secundarias de ARN no codificantes, incluidos los pseudonudos. Toma como entrada una alineación de secuencias de ARN y devuelve la estructura o estructuras secundarias predichas. Combina criterios de estabilidad, conservación y covariación para la búsqueda de tallos y pseudonudos. Los usuarios pueden cambiar los valores de los diferentes parámetros, establecer (o no) algunos tallos conocidos (si los hay) que son tomados en cuenta por el sistema, optar por obtener varias estructuras posibles o solo una, buscar pseudonudos o no, etc. | alguna | sí | sí | sí | Servidor web | [87] |
GUERRA | un servidor web que hace posible utilizar simultáneamente varios métodos del estado de la técnica para realizar predicciones de alineación múltiple y estructura secundaria para secuencias de ARN no codificantes. | sí | sí | No | Servidor web | [88] | |
Xrate | un programa para el análisis de alineamientos de secuencias múltiples usando gramáticas filogenéticas , que puede verse como una generalización flexible del programa "Pfold". | alguna | sí | sí | No | código fuente | [89] |
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Predicción de accesibilidad a solventes de ARN
Nombre (Año) | Descripción | Enlace | Referencias |
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RNAsnap2 (2020) | RNAsnap2 utiliza una red neuronal convolucional dilatada con características evolutivas generadas a partir de BLAST + INFERNAL (igual que RNAsol) y probabilidades de emparejamiento de bases predichas de LinearPartition como entrada para la predicción de la accesibilidad al disolvente de ARN. Además, la versión de secuencia única de RNAsnap2 puede predecir la accesibilidad al disolvente de una determinada secuencia de entrada de ARN sin utilizar información evolutiva. | código fuente Servidor web | [90] |
ARNsol (2019) | El predictor RNAsol utiliza un algoritmo de aprendizaje profundo LSTM unidireccional con información evolutiva generada a partir de BLASTN + INFERNAL y una estructura secundaria predicha de RNAfold como entrada para la predicción de la accesibilidad del solvente de ARN. | código fuente Servidor web | [91] |
RNAsnap (2017) | El predictor RNAsnap utiliza un algoritmo de aprendizaje automático de SVM e información evolutiva generada a partir de BLASTN como entrada para la predicción de la accesibilidad al disolvente de ARN. | código fuente | [92] |
Interacciones intermoleculares: ARN-ARN
Muchos ncRNA funcionan uniéndose a otros RNA . Por ejemplo, los miARN regulan la expresión génica que codifica proteínas al unirse a 3 'UTR , los ARN nucleolares pequeños guían las modificaciones postranscripcionales al unirse al ARNr , el ARN espliceosómico de U4 y el ARN espliceosómico de U6 se unen entre sí formando parte del espliceosoma y muchos ARN bacterianos pequeños regular la expresión génica por la interacción antisentido Ej GcvB , OxyS y RyhB .
Nombre | Descripción | Estructura intramolecular | Comparativo | Enlace | Referencias |
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Depredador de ARN | RNApredator utiliza un enfoque de programación dinámica para calcular los sitios de interacción ARN-ARN. | sí | No | Servidor web | [93] |
GUUGle | Una utilidad para la determinación rápida de coincidencias de ARN-ARN con hibridación perfecta a través del emparejamiento de bases AU, CG y GU. | No | No | Servidor web | [94] |
IntaARN | Predicción de objetivos eficiente que incorpora la accesibilidad de los sitios de destino. | sí | No | servidor web de código fuente | [95] [96] [97] [98] [99] |
CopraARN | Herramienta para la predicción de objetivos de ARNs. Calcula las predicciones del genoma completo mediante la combinación de distintas predicciones de IntaRNA del genoma completo. | sí | sí | servidor web de código fuente | [100] [96] |
MENTA | Herramienta automática para analizar estructuras tridimensionales de moléculas de ARN y ADN, sus trayectorias de dinámica molecular de átomo completo u otros conjuntos de conformación (por ejemplo, estructuras derivadas de rayos X o RMN). Para cada conformación de ARN o ADN, MINT determina la red de enlaces de hidrógeno que resuelve los patrones de emparejamiento de bases, identifica motivos de estructura secundaria (hélices, uniones, bucles, etc.) y pseudonudos. También estima la energía de apilamiento y las interacciones anión-base fosfato. | sí | No | servidor web de código fuente | [101] |
NUPACK | Calcula la función de partición completa no anudada de las hebras que interactúan en solución diluida. Calcula las concentraciones, mfes y probabilidades de emparejamiento de bases de los complejos ordenados por debajo de una cierta complejidad. También calcula la función de partición y el emparejamiento de bases de hebras individuales, incluida una clase de estructuras pseudoanudadas. También permite el diseño de complejos ordenados. | sí | No | NUPACK | [102] |
OligoWalk / estructura de ARN | Predice estructuras secundarias bimoleculares con y sin estructura intramolecular. También predice la afinidad de hibridación de un ácido nucleico corto a una diana de ARN. | sí | No | [1] | [103] |
piRNA | Calcula la función de partición y la termodinámica de las interacciones ARN-ARN. Considera toda la posible estructura secundaria conjunta de dos ácidos nucleicos que interactúan y que no contienen pseudonudos, pseudonudos de interacción o zigzags. | sí | No | linuxbinary | [104] |
ARNripalign | Calcula la función de partición y la termodinámica de las interacciones ARN-ARN basadas en alineaciones estructurales. También es compatible con la predicción de la interacción ARN-ARN para secuencias únicas. Genera estructuras subóptimas basadas en la distribución de Boltzmann. Considera toda la posible estructura secundaria conjunta de dos ácidos nucleicos que interactúan y que no contienen pseudonudos, pseudonudos de interacción o zigzags. | sí | No | [2] | [105] |
RactIP | Predicción rápida y precisa de la interacción ARN-ARN mediante programación de enteros. | sí | No | servidor web de código fuente | [106] |
ARNalidúplex | Basado en RNAduplex con bonificaciones por covariar sitios | No | sí | código fuente | [17] |
RNAcofold | Funciona de manera muy similar a RNAfold, pero permite especificar dos secuencias de ARN que luego se les permite formar una estructura dímera. | sí | No | código fuente | [17] [107] |
RNAduplex | Calcula estructuras secundarias óptimas y subóptimas para la hibridación. El cálculo se simplifica al permitir solo pares de bases intermoleculares. | No | No | código fuente | [17] |
Híbrido de ARN | Herramienta para encontrar la hibridación mínima de energía libre de un ARN largo y uno corto (≤ 30 nt). | No | No | código fuente , servidor web | [108] [109] |
ARNup | Calcula la termodinámica de las interacciones ARN-ARN. La unión de ARN-ARN se descompone en dos etapas. (1) Primero se calcula la probabilidad de que un intervalo de secuencia (por ejemplo, un sitio de unión) permanezca sin aparear. (2) Luego, la energía de enlace dado que el sitio de enlace no está emparejado se calcula como el óptimo para todos los tipos posibles de enlaces. | sí | No | código fuente | [17] [110] |
Interacciones intermoleculares: MicroARN: cualquier ARN
La siguiente tabla incluye interacciones que no se limitan a UTR.
Nombre | Descripción | Especies cruzadas | Estructura intramolecular | Comparativo | Enlace | Referencias |
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comTAR | Una herramienta web para la predicción de objetivos de miARN que se basa principalmente en la conservación de la regulación potencial en especies vegetales. | sí | No | No | Herramienta web | [111] |
ARN22 | El primer enlace (predicciones precalculadas) proporciona predicciones de ARN22 para todas las transcripciones que codifican proteínas en humanos, ratones, lombrices intestinales y moscas de la fruta. Permite visualizar las predicciones dentro de un mapa de ADNc y también encontrar transcripciones donde se dirigen múltiples miR de interés. El segundo enlace del sitio web (secuencias interactivas / personalizadas) primero encuentra sitios de unión de microARN putativos en la secuencia de interés, luego identifica el microARN objetivo. Ambas herramientas son proporcionados por el Centro de Medicina Computacional en la Universidad Thomas Jefferson . | sí | No | No | predicciones precalculadas secuencias interactivas / personalizadas | [112] |
Híbrido de ARN | Herramienta para encontrar la hibridación mínima de energía libre de un ARN largo y uno corto (≤ 30 nt). | sí | No | No | código fuente , servidor web | [108] [109] |
miRBooking | Simula el modo de acción estequiométrico de los microARN utilizando un derivado del algoritmo de Gale-Shapley para encontrar un conjunto estable de dúplex. Utiliza cuantificaciones para atravesar el conjunto de pares de ARNm y microARN y complementariedad de semillas para clasificar y asignar sitios. | sí | No | No | código fuente , servidor web | [113] |
Interacciones intermoleculares: MicroARN: UTR
Los microARN regulan la expresión de genes que codifican proteínas al unirse a 3 'UTR , existen herramientas diseñadas específicamente para predecir estas interacciones. Para una evaluación de los métodos de predicción de objetivos en datos experimentales de alto rendimiento, consulte (Baek et al. , Nature 2008), [114] (Alexiou et al. , Bioinformatics 2009), [115] o (Ritchie et al., Nature Methods 2009 ) [116]
Nombre | Descripción | Especies cruzadas | Estructura intramolecular | Comparativo | Enlace | Referencias |
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Cupido | Método para la predicción simultánea de interacciones miRNA-objetivo y sus interacciones mediadas por ARN endógeno competitivo (ceRNA) . Es un enfoque integrador que mejora significativamente la precisión de la predicción de miARN-objetivo según lo evaluado por las mediciones del nivel de proteína y ARNm en líneas celulares de cáncer de mama. Cupido se implementa en 3 pasos: Paso 1: reevaluar los sitios de unión de miARN candidatos en 3 'UTR. Paso 2: las interacciones se predicen integrando información sobre sitios seleccionados y la dependencia estadística entre los perfiles de expresión de miARN y objetivos putativos. Paso 3: Cupido evalúa si los objetivos inferidos compiten por los reguladores de miARN predichos. | humano | No | sí | software (MATLAB) | [117] |
Diana-microT | La versión 3.0 es un algoritmo basado en varios parámetros calculados individualmente para cada microARN y combina elementos de reconocimiento de microARN conservados y no conservados en una puntuación de predicción final. | humano, ratón | No | sí | Servidor web | [118] |
MicroTar | Una herramienta de predicción de diana de miARN animal basada en complementariedad de miARN-diana y datos termodinámicos. | sí | No | No | código fuente | [119] |
miTarget | predicción de genes diana de microARN usando una máquina de vectores de soporte | sí | No | No | Servidor web | [120] |
espejo | Basado en la noción de una regulación combinatoria por un conjunto de miARN o genes. miRror integra predicciones de una docena de recursos de miARN que se basan en algoritmos complementarios en un marco estadístico unificado | sí | No | No | Servidor web | [121] [122] |
PicTar | Predicciones de diana de microARN combinatorios. | 8 vertebrados | No | sí | predicciones | [123] |
AGAVE | Incorpora el papel de la accesibilidad al sitio objetivo, según lo determinado por las interacciones de emparejamiento de bases dentro del ARNm, en el reconocimiento del objetivo de microARN. | sí | sí | No | ejecutable , servidor web , predicciones | [124] |
ARN22 | El primer enlace (predicciones precalculadas) proporciona predicciones de ARN22 para todas las transcripciones que codifican proteínas en humanos, ratones, lombrices intestinales y moscas de la fruta. Permite visualizar las predicciones dentro de un mapa de ADNc y también encontrar transcripciones donde se dirigen múltiples miR de interés. El segundo enlace del sitio web (secuencias interactivas / personalizadas) primero encuentra sitios de unión de microARN putativos en la secuencia de interés, luego identifica el microARN objetivo. Ambas herramientas son proporcionados por el Centro de Medicina Computacional en la Universidad Thomas Jefferson . | sí | No | No | predicciones precalculadas secuencias interactivas / personalizadas | [112] |
Híbrido de ARN | Herramienta para encontrar la hibridación mínima de energía libre de un ARN largo y uno corto (≤ 30 nt). | sí | No | No | código fuente , servidor web | [108] [109] |
Sylamer | Método para encontrar palabras significativamente sobre o subrepresentadas en secuencias de acuerdo con una lista de genes ordenada. Usualmente se usa para encontrar un enriquecimiento o agotamiento significativo de secuencias de semillas de microARN o ARNip a partir de datos de expresión de microarrays. | sí | No | No | servidor web de código fuente | [125] [126] |
TAREF | TARget REFiner (TAREF) predice objetivos de microARN sobre la base de información de características múltiples derivada de las regiones flanqueantes de los sitios objetivo predichos donde el enfoque de predicción de estructura tradicional puede no tener éxito para evaluar la apertura. También proporciona una opción para usar un patrón codificado para refinar el filtrado. | sí | No | No | servidor / código fuente | [127] |
p-TAREF | Plant TARget REFiner (p-TAREF) identifica objetivos de microARN de plantas sobre la base de información de características múltiples derivada de las regiones flanqueantes de los sitios objetivo predichos donde el enfoque de predicción de estructura tradicional puede no tener éxito para evaluar la apertura. También proporciona una opción para usar un patrón codificado para refinar el filtrado. Empleó por primera vez el poder del enfoque de aprendizaje automático con un esquema de puntuación a través de la regresión de vectores de soporte (SVR) mientras consideraba los aspectos estructurales y de alineación de la orientación en plantas con modelos específicos de plantas. p-TAREF se ha implementado en una arquitectura concurrente en forma de servidor y autónoma, lo que la convierte en una de las pocas herramientas de identificación de objetivos disponibles que puede ejecutarse simultáneamente en computadoras de escritorio simples mientras realiza un gran análisis de nivel de transcriptoma de manera precisa y rápida. También ofrece la opción de validar experimentalmente los objetivos predichos, en el lugar, utilizando datos de expresión, que se han integrado en su back-end, para generar confianza en la predicción junto con la puntuación de SVR. La evaluación comparativa de rendimiento de p-TAREF se ha realizado ampliamente a través de diferentes pruebas y en comparación con otras herramientas de identificación de objetivos de miARN de plantas. Se encontró que p-TAREF funciona mejor. | sí | No | No | servidor / independiente | |
TargetScan | Predice los objetivos biológicos de los miARN mediante la búsqueda de la presencia de sitios que coincidan con la región semilla de cada miARN. En moscas y nematodos, las predicciones se clasifican en función de la probabilidad de su conservación evolutiva. En el pez cebra, las predicciones se clasifican según el número de sitio, el tipo de sitio y el contexto del sitio, que incluye factores que influyen en la accesibilidad del sitio de destino. En mamíferos, el usuario puede elegir si las predicciones deben clasificarse en función de la probabilidad de su conservación o en el número, tipo y contexto del sitio. En mamíferos y nematodos, el usuario puede optar por ampliar las predicciones más allá de los sitios conservados y considerar todos los sitios. | vertebrados, moscas, nematodos | evaluado indirectamente | sí | código fuente , servidor web | [128] [129] [130] [131] [132] [133] |
software de predicción de genes ncRNA
Nombre | Descripción | Número de secuencias [Nota 1] | Alineación [Nota 2] | Estructura [Nota 3] | Enlace | Referencias |
---|---|---|---|---|---|---|
Alifoldz | Evaluación de una alineación de secuencia múltiple para la existencia de una estructura secundaria de ARN conservada y estable inusual. | alguna | aporte | sí | código fuente | [134] |
EvoFold | un método comparativo para identificar estructuras de ARN funcionales en alineaciones de múltiples secuencias. Se basa en un modelo de construcción probabilístico llamado phylo-SCFG y explota las diferencias características del proceso de sustitución en las regiones de emparejamiento de tallos y no emparejados para hacer sus predicciones. | alguna | aporte | sí | linuxbinary | [135] |
GraphClust | Método rápido de agrupación estructural de ARN para identificar estructuras secundarias de ARN (locales) comunes. Los conglomerados estructurales predichos se presentan como alineación. Debido a la complejidad del tiempo lineal para la agrupación, es posible analizar grandes conjuntos de datos de ARN. | alguna | sí | sí | código fuente | [55] |
MSARi | búsqueda heurística para la conservación estadísticamente significativa de la estructura secundaria del ARN en alineamientos profundos de múltiples secuencias. | alguna | aporte | sí | código fuente | [136] |
QRNA | Este es el código de Elena Rivas que acompaña al manuscrito enviado " Detección de genes de ARN no codificante mediante análisis de secuencia comparativo ". QRNA utiliza un análisis comparativo de la secuencia del genoma para detectar estructuras secundarias de ARN conservadas, incluidos genes de ncRNA y estructuras de ARN reguladoras en cis. | 2 | aporte | sí | código fuente | [137] [138] |
ARNz | programa para predecir estructuras secundarias de ARN estructuralmente conservadas y termodinámicas estables en múltiples alineamientos de secuencia. Se puede utilizar en pantallas de genoma amplio para detectar estructuras de ARN funcionales, como se encuentra en ARN no codificantes y elementos reguladores de ARNm que actúan en cis. | alguna | aporte | sí | código fuente , servidor web RNAz 2 | [139] [140] [141] |
ScanFold | Un programa para predecir estructuras de ARN locales únicas en grandes secuencias con un plegamiento inusualmente estable. | 1 | Ninguno | sí | servidor web de código fuente | [142] |
Xrate | un programa para el análisis de alineamientos de secuencias múltiples usando gramáticas filogenéticas , que puede verse como una generalización flexible del programa "Evofold". | alguna | sí | sí | código fuente | [89] |
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Software de predicción de genes específicos de la familia
Nombre | Descripción | Familia | Enlace | Referencias |
---|---|---|---|---|
ARAGORN | ARAGORN detecta tRNA y tmRNA en secuencias de nucleótidos. | tRNA tmRNA | fuente del servidor web | [143] |
miReader | miReader es el primero de su tipo en detectar miARN maduros sin dependencia de secuencias genómicas o de referencia. Hasta ahora, el descubrimiento de miARN solo era posible con especies para las que se disponía de secuencias genómicas o de referencia, ya que la mayoría de las herramientas de descubrimiento de miARN dependían de la elaboración de candidatos pre-miARN. Debido a esto, la biología de los miARN se limitó principalmente a organismos modelo. miReader permite discernir directamente miARN maduros a partir de datos de secuenciación de ARN pequeños, sin necesidad de secuencias de referencia genómica. Se ha desarrollado para muchos Phyla y especies, desde modelos de vertebrados hasta plantas. Se ha encontrado que su precisión es consistentemente> 90% en pruebas de validación rigurosas. | miARN maduro | servidor web / fuente servidor web / fuente | [144] |
miRNAminer | Dada una consulta de búsqueda, los homólogos candidatos se identifican mediante la búsqueda BLAST y luego se prueban sus propiedades conocidas de miARN, como estructura secundaria, energía, alineación y conservación, con el fin de evaluar su fidelidad. | MicroARN | Servidor web | [145] |
RISCbinder | Predicción de la hebra guía de microARN. | MiARN maduro | Servidor web | [146] |
ARNmicro | Un enfoque basado en SVM que, junto con un filtro no estricto para estructuras secundarias de consenso, es capaz de reconocer precursores de microARN en múltiples alineaciones de secuencia. | MicroARN | página principal | [147] |
ARNmmer | RNAmmer utiliza HMMER para anotar genes de rRNA en secuencias del genoma. Los perfiles se construyeron utilizando alineaciones de la base de datos europea de ARN ribosómico [148] y la base de datos de ARN ribosómico 5S. [149] | ARNr | fuente del servidor web | [150] |
SnoReport | Utiliza una combinación de predicción de estructura secundaria de ARN y aprendizaje automático que está diseñada para reconocer las dos clases principales de snoRNA, box C / D y box H / ACA snoRNA, entre las secuencias candidatas de ncRNA. | snoRNA | código fuente | [151] |
SnoScan | Busque genes snoRNA de guía de metilación de caja C / D en una secuencia genómica. | SnoRNA de caja C / D | código fuente , servidor web | [152] [153] |
tRNAscan-SE | un programa para la detección de genes de ARN de transferencia en secuencia genómica. | ARNt | código fuente , servidor web | [153] [154] |
miRNAFold | Un software rápido ab initio para buscar precursores de microARN en genomas. | microARN | Servidor web | [155] |
Software de búsqueda de homología de ARN
Nombre | Descripción | Enlace | Referencias |
---|---|---|---|
ERPIN | "Easy RNA Profile IdentificatioN" es un programa de búsqueda de motivos de ARN que lee una alineación de secuencia y una estructura secundaria, y automáticamente infiere un "perfil de estructura secundaria" estadístico (SSP). Luego, un algoritmo de programación dinámica original hace coincidir este SSP con cualquier base de datos de destino, encontrando soluciones y sus puntajes asociados. | servidor web de código fuente | [156] [157] [158] |
Infernal | "INFERence of RNA ALignment" es para buscar en las bases de datos de secuencias de ADN similitudes de estructura y secuencia de ARN. Es una implementación de un caso especial de gramáticas libres de contexto estocásticas de perfil llamadas modelos de covarianza (CM). | código fuente | [159] [160] [161] |
GraphClust | Método rápido de agrupación estructural de ARN para identificar estructuras secundarias de ARN (locales) comunes. Los conglomerados estructurales predichos se presentan como alineación. Debido a la complejidad del tiempo lineal para la agrupación, es posible analizar grandes conjuntos de datos de ARN. | código fuente | [55] |
PHMMTS | "pares de modelos de Markov ocultos en estructuras de árboles" es una extensión de los modelos de pares ocultos de Markov definidos en alineaciones de árboles. | código fuente , servidor web | [162] |
RaveNnA | Un filtro basado en secuencias lento y riguroso o rápido y heurístico para modelos de covarianza. | código fuente | [163] [164] |
RSEARCH | Toma una secuencia de ARN con su estructura secundaria y usa un algoritmo de alineación local para buscar ARN homólogos en una base de datos. | código fuente | [165] |
Estructador | Software ultrarrápido para la búsqueda de motivos estructurales de ARN que emplea un innovador algoritmo de coincidencia bidireccional basado en índices combinado con una nueva estrategia de encadenamiento rápido de fragmentos. | código fuente | [166] |
RaligNAtor | Algoritmos rápidos en línea y basados en índices para la búsqueda aproximada de patrones de estructura de secuencia de ARN | código fuente | [167] |
Benchmarks
Nombre | Descripción | Estructura [Nota 1] | Alineación [Nota 2] | Filogenia | Enlaces | Referencias |
---|---|---|---|---|---|---|
BRalibase I | Una comparación completa de enfoques comparativos de predicción de estructuras de ARN | sí | No | No | datos | [168] |
BRalibase II | Un punto de referencia de múltiples programas de alineación de secuencias sobre ARN estructurales | No | sí | No | datos | [169] |
BRalibase 2.1 | Un punto de referencia de múltiples programas de alineación de secuencias sobre ARN estructurales | No | sí | No | datos | [170] |
BRalibase III | Una evaluación crítica del desempeño de los métodos de búsqueda de homología en ARN no codificante | No | sí | No | datos | [171] |
CompaRNA | Una comparación independiente de métodos comparativos y de secuencia única para la predicción de estructuras secundarias de ARN | sí | No | No | Espejo AMU o espejo IIMCB | [172] |
Prueba de ARN | Una prueba de alineamientos de secuencias múltiples de ARN basada completamente en estructuras de ARN tridimensionales conocidas | sí | sí | No | datos | [173] |
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Visores de alineación, editores
Nombre | Descripción | Alineación [Nota 1] | Estructura [Nota 2] | Enlace | Referencias |
---|---|---|---|---|---|
4venta | Una herramienta para la secuencia de ARN síncrona y la alineación y edición de estructuras secundarias | sí | sí | código fuente | [174] |
Colorestock , SScolor , Raton | Colorstock, un script de línea de comandos que usa el color de terminal ANSI; SScolor, un script en Perl que genera páginas HTML estáticas; y Raton, una aplicación web Ajax que genera HTML dinámico. Cada herramienta se puede utilizar para colorear las alineaciones de ARN por estructura secundaria y para resaltar visualmente las mutaciones compensatorias en los tallos. | sí | sí | código fuente | [175] |
Navegador de genoma integrado (IGB) | Visor de alineación múltiple escrito en Java . | sí | No | código fuente | [176] |
Jalview | Editor de alineación múltiple escrito en Java . | sí | No | código fuente | [177] [178] |
RALEE | un modo principal para el editor de texto de Emacs . Proporciona funcionalidad para ayudar a ver y editar múltiples alineaciones de secuencias de ARN estructurados. | sí | sí | código fuente | [179] |
SARSE | Un editor de secuencias gráficas para trabajar con alineaciones estructurales de ARN. | sí | sí | código fuente | [180] |
|
Plegado inverso, diseño de ARN
Nombre | Descripción | Enlace | Referencias |
---|---|---|---|
Diseño de estado único | |||
EteRNA / EteRNABot | Un juego de plegado de ARN que desafía a los jugadores a crear secuencias que se pliegan en una estructura de ARN objetivo. Las mejores secuencias para un rompecabezas dado se sintetizan y sus estructuras se prueban mediante mapeo químico. A continuación, las secuencias se puntúan según la concordancia de los datos con la estructura objetivo y se proporciona información a los jugadores. EteRNABot es una implementación de software basada en reglas de diseño enviadas por los jugadores de EteRNA. | Servidor web EteRNA Game EteRNABot | [181] |
ARN inverso | El paquete ViennaRNA proporciona RNAinverse, un algoritmo para el diseño de secuencias con la estructura deseada. | Servidor web | [17] |
RNAiFold | Un enfoque completo de plegado inverso de ARN basado en la programación de restricciones e implementado utilizando herramientas OR que permite la especificación de una amplia gama de restricciones de diseño. El software RNAiFold proporciona dos algoritmos para resolver el problema de plegado inverso: i) RNA-CPdesign explora el espacio de búsqueda completo y ii) RNA-LNSdesign basado en la metaheurística de búsqueda de vecindad grande es adecuado para diseñar grandes estructuras. El software también puede diseñar moléculas de ARN que interactúan utilizando RNAcofold del ViennaRNA Package . Está disponible una implementación anterior completamente funcional usando COMET. | Código fuente del servidor web | [182] [183] [184] |
Diseñador de ARN-SSD / ARN | El enfoque RNA-SSD (RNA Secondary Structure Designer) primero asigna bases probabilísticamente a cada modelo probabilístico basado en la posición. Posteriormente, se utiliza una búsqueda local estocástica para optimizar esta secuencia. RNA-SSD está disponible públicamente bajo el nombre de RNA Designer en la página web de RNASoft | Servidor web | [185] |
INFO-ARN | INFO-RNA utiliza un enfoque de programación dinámica para generar una secuencia de inicio optimizada en energía que posteriormente se mejora aún más mediante una búsqueda local estocástica que utiliza un método de selección de vecinos eficaz. | Código fuente del servidor web | [186] [187] |
ARNexinv | RNAexinv es una extensión de RNAinverse para generar secuencias que no solo se pliegan en una estructura deseada, sino que también deben exhibir atributos seleccionados como estabilidad termodinámica y robustez mutacional. Este enfoque no genera necesariamente una secuencia que se ajuste perfectamente a la estructura de entrada, sino una abstracción de la forma, es decir, mantiene la adyacencia y el anidamiento de los elementos estructurales, pero ignora las longitudes de la hélice y el número exacto de posiciones no apareadas de la misma. | Código fuente | [188] |
Insignia de ARN | Este enfoque aplica un algoritmo de muestreo global eficiente para examinar el paisaje mutacional bajo restricciones estructurales y termodinámicas. Los autores muestran que el enfoque de muestreo global es más robusto, tiene más éxito y genera más secuencias termodinámicamente estables que los enfoques locales. | Código fuente | [189] |
Encarnación | Sucesor de RNA-ensign que puede diseñar específicamente secuencias con un contenido GC específico utilizando un conjunto de Boltzmann ponderado GC y retroceso estocástico | Código fuente | [190] |
DSS-Opt | Dynamics in Sequence Space Optimization (DSS-Opt) utiliza dinámica newtoniana en el espacio de secuencia, con un término de diseño negativo y recocido simulado para optimizar una secuencia de modo que se pliegue en la estructura secundaria deseada. | Código fuente | [191] |
MODENA | Este enfoque interpreta el plegamiento inverso del ARN como un problema de optimización multiobjetivo y lo resuelve mediante un algoritmo genético. En su versión extendida, MODENA es capaz de diseñar estructuras de ARN pseudoanudadas con la ayuda de IPknot. | Código fuente | [192] [193] |
ERD | El diseño evolutivo de ARN ( ERD ) se puede utilizar para diseñar secuencias de ARN que se pliegan en una estructura objetivo determinada. Cualquier estructura secundaria de ARN contiene diferentes componentes estructurales, cada uno con una longitud diferente. Por lo tanto, en el primer paso, se reconstruyen las subsecuencias de ARN (grupos) correspondientes a diferentes componentes con diferentes longitudes. Usando estos grupos, ERD reconstruye una secuencia de ARN inicial que es compatible con la estructura objetivo dada. Luego, ERD utiliza un algoritmo evolutivo para mejorar la calidad de las subsecuencias correspondientes a los componentes. Las principales contribuciones de ERD son el uso de secuencias de ARN natural, un método diferente para evaluar las secuencias en cada población y una descomposición jerárquica diferente de la estructura objetivo en subestructuras más pequeñas. | Código fuente del servidor web | [194] |
antaRNA | Utiliza un modelo de terreno heurístico de búsqueda de hormigas subyacente para resolver el problema del plegado inverso. Las secuencias de ARN diseñadas muestran un alto cumplimiento de las restricciones estructurales y de secuencia de entrada. Lo más destacado es que también el valor GC de la secuencia diseñada se puede regular con alta precisión. El muestreo de distribución de valores de GC de conjuntos de soluciones es posible y la definición específica del dominio de secuencia de múltiples valores de GC dentro de una entidad. Debido a la evaluación flexible de las secuencias intermedias utilizando programas subyacentes como RNAfold, pKiss o también HotKnots e IPKnot, las estructuras anidadas secundarias de ARN y también las estructuras de pseudonudo de tipo H y K son factibles de resolver con este enfoque. | Código fuente del servidor web | [195] [196] |
Diseño de estado dual | |||
switch.pl | El paquete ViennaRNA proporciona un Perl script para las secuencias de ARN de diseño que puede adoptar dos estados. Por ejemplo, los termómetros de ARN , que cambian su estado estructural en función de la temperatura ambiental, se han diseñado con éxito utilizando este programa. | Código fuente de la página de manual | [197] |
RiboMaker | Destinado a diseñar ARN pequeños (ARNs) y su ARNm objetivo 5'UTR. El sRNA está diseñado para activar o reprimir la expresión proteica del mRNA. También es posible diseñar solo uno de los dos componentes de ARN siempre que la otra secuencia sea fija. | Código fuente del servidor web | [198] |
Diseño multiestado | |||
Anteproyecto de ARN | Esta biblioteca de C ++ se basa en el algoritmo de muestreo de múltiples objetivos de RNAdesign . Trae una interfaz SWIG para Perl y Python que permite una integración sin esfuerzo en varias herramientas. Por lo tanto, el muestreo de secuencias de múltiples objetivos se puede combinar con muchas técnicas de optimización y funciones objetivas. | Código fuente | [199] |
Diseño de ARN | El algoritmo subyacente se basa en una combinación de colores de gráficos y optimización local heurística para encontrar secuencias que puedan adaptar múltiples conformaciones prescritas. El software también puede utilizar RNAcofold para diseñar pares de secuencias de ARN que interactúan. | Código fuente [ enlace muerto permanente ] | [200] |
Frnakenstein | Frnakenstein aplica un algoritmo genético para resolver el problema de plegamiento inverso del ARN. | Código fuente | [201] |
ARDesigner | El diseñador de ARN alostérico (ARDesigner) es una herramienta basada en la web que resuelve el problema de plegado inverso incorporando robustez mutacional. Además de una búsqueda local, el software ha sido equipado con un enfoque de recocido simulado para buscar de forma eficaz buenas soluciones. La herramienta se ha utilizado para diseñar termómetros de ARN . | [3] [ enlace muerto ] | [202] |
- Notas
Visores, editores de estructuras secundarias
Nombre | Descripción | Enlace | Referencias |
---|---|---|---|
PseudoViewer | Visualización automática de estructuras de pseudonudo de ARN como gráficos planos. | webapp / binario | [203] [204] [205] [206] |
Películas de ARN | navegar por caminos secuenciales a través de paisajes de estructura secundaria de ARN | código fuente | [207] [208] |
ARN-DV | RNA-DV tiene como objetivo proporcionar una GUI fácil de usar para visualizar y diseñar estructuras secundarias de ARN. Permite a los usuarios interactuar directamente con la estructura del ARN y realizar operaciones como cambiar el contenido de la secuencia primaria y conectar / desconectar enlaces de nucleótidos. También integra cálculos de energía termodinámica que incluyen cuatro modelos de energía principales. RNA-DV reconoce tres formatos de entrada, incluidos CT, RNAML y corchete de puntos (dp). | código fuente | [209] |
ARN2D3D | Programa para generar, ver y comparar modelos tridimensionales de ARN | binario | [210] |
Estructura de ARN | RNAstructure tiene un visor de estructuras en archivos ct. También puede comparar estructuras predichas usando el programa circleplot. Las estructuras se pueden generar como archivos postscript. | código fuente | [211] |
RNAView / RnamlView | Utilice RNAView para identificar y clasificar automáticamente los tipos de pares de bases que se forman en las estructuras de ácidos nucleicos. Utilice RnamlView para organizar las estructuras de ARN. | código fuente | [212] |
RILogo | Visualiza el emparejamiento de bases intra / intermolecular de dos ARN que interactúan con logotipos de secuencia en un gráfico plano. | servidor web / código fuente | [213] |
VARNA | Una herramienta para el dibujo, visualización y anotación automatizados de la estructura secundaria del ARN, inicialmente diseñada como un software complementario para servidores web y bases de datos. | webapp / código fuente | [214] |
forna | Un visor basado en web para mostrar estructuras secundarias de ARN utilizando el diseño de gráfico dirigido por la fuerza proporcionado por la biblioteca de visualización d3.js. Está basado en fornac , un contenedor javascript para simplemente dibujar una estructura secundaria en una página web. | webapp fuente fornac fuente forna | [215] |
R2R | Programa para la elaboración de diagramas de consenso estéticos de ARN con reconocimiento automático de covarianza de pares. Rfam utiliza este programa tanto para dibujar la SS anotada por humanos como la estructura optimizada por covarianza de R-scape. | fuente | [216] |
Ver también
- ARN
- ARN no codificante
- Estructura del ARN
- Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos
- Comparación de software para modelado de mecánica molecular
Referencias
- ^ Michiaki Hamada; Hisanori Kiryu; Kengo Sato; Toutai Mituyama; Kiyoshi Asai (2009). "Predicciones de estructura secundaria de ARN utilizando estimadores de centroides generalizados" . Bioinformática . 25 (4): 465–473. doi : 10.1093 / bioinformatics / btn601 . PMID 19095700 .
- ^ Michiaki Hamada; Hisanori Kiryu; Kengo Sato; Toutai Mituyama; Kiyoshi Asai (2009). "Predicciones de la estructura secundaria del ARN mediante la combinación de información de secuencia homóloga" . Bioinformática . 25 (12): i330–8. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp228 . PMC 2687982 . PMID 19478007 .
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