El Laboratorio de Recursos y Herramientas de Neuroimagen ( NITRC ) es un entorno de conocimiento informático de neuroimagen para MR, PET / SPECT, CT, EEG / MEG, imágenes ópticas, neuroinformática clínica, genómica de imágenes y herramientas y recursos de neurociencia computacional.
Tipo de sitio | Colaborativo , sistema de gestión de desarrollo de software , conjuntos de datos , entorno computacional |
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URL | www |
Usuarios | Más de 300.000 |
Descripción
Iniciado en 2006 y actualmente financiado por el número de subvención del NIH: 1R24EB029173 , [1] [2] La misión del NITRC es proporcionar un entorno de conocimiento fácil de usar que permita la distribución, mejora y adopción de herramientas y recursos de neuroimagen y se ha expandido de MR a Genómica de imágenes, EEG / MEG, PET / SPECT, CT, imágenes ópticas, neuroinformática clínica y neurociencia computacional. Con un soporte de 143.000 páginas vistas por mes, las más de 1.000 herramientas y recursos de NITRC han sido descargados más de 11,4 millones de veces por 1,4 millones de usuarios.
El objetivo del NITRC es apoyar a los investigadores dedicados a mejorar, adoptar, distribuir y contribuir a la evolución de herramientas y recursos de análisis de neuroimagen previamente financiados para un uso más amplio de la comunidad. Al promover herramientas de software, flujos de trabajo, recursos, vocabularios, datos de prueba e imágenes preprocesadas y generadas por la comunidad a través de su repositorio de imágenes (NITRC-IR), NITRC brinda a los investigadores un acceso mayor y más eficiente a las herramientas y recursos que necesitan; categorizar y organizar mejor las herramientas y recursos existentes a través de un vocabulario controlado; facilitar interacciones entre investigadores y desarrolladores a través de foros, contacto directo por correo electrónico, calificaciones y reseñas; y promover un mejor uso a través de una mejor documentación.
Acercarse
Para satisfacer las necesidades dispares de los desarrolladores e investigadores de informática de neuroimagen, NITRC ofrece una funcionalidad colaborativa como la que se encuentra en plataformas como GitHub y SourceForge . Para proporcionar dicha funcionalidad, personalizamos el proyecto de código abierto GForge . Por lo tanto, dentro de NITRC, cada herramienta o recurso tiene la opción de ofrecer contenido descriptivo, así como utilizar MediaWiki, CVS / SVN, seguimiento de errores, noticias y foros para distribuir información y descargas. Alojado en servidores NITRC y vinculado a sitios web existentes, NITRC es la fuente de herramientas y recursos informáticos de neuroimagen.
Lanzado en 2007 con un cronograma de programación ágil, el equipo de NITRC continúa priorizando e implementando mejoras funcionales y de diseño para hacer que el sitio web sea aún más accesible. Si bien el alcance científico se expande, también lo hacen los servicios mejorados de NITRC, que incluyen su repositorio de imágenes para admitir el intercambio de datos de imágenes y su servicio de entorno computacional en Amazon Marketplace para respaldar la ejecución de análisis computacionales complejos de datos de imágenes.
Servicios
El conjunto de servicios del Centro de intercambio de información de recursos y herramientas informáticas de neuroimagen (NITRC) incluye:
NITRC Resource Repository (NITRC-R) es el entorno de colaboración "al que se accede" que permite la distribución, mejora y adopción en todo el mundo de herramientas y recursos de neuroinformática. El alcance científico del NITRC-R incluye MR, PET / SPECT, CT, EEG / MEG, imágenes ópticas, neuroinformática clínica, genómica de imágenes y, más recientemente, neurociencia computacional.
NITRC Image Repository (NITRC-IR) , construido sobre XNAT, es un repositorio curado de imágenes escaneadas DICOM y NIfTI que se pueden buscar por metadatos como diagnóstico, mano, género o grupo. Los conjuntos de datos NITRC-IR incluyen: conectomas funcionales, intercambio de datos de imágenes cerebrales de autismo (ABIDE), muestra, ADHD-200, Beijing Eyes Open Eyes Shut.
NITRC Computational Environment (NITRC-CE) es un servicio de computación virtual de big data preconfigurado con populares herramientas de análisis de software de neuroimagen que permiten un tiempo de computación de pago por uso. El uso de AWS EC2 y el aprovechamiento de NeuroDebian, NITRC-CE [3] y NITRC-CE para Cluster Compute Instances [4] están disponibles a través de AWS Marketplace. También está disponible una instancia de máquina de Amazon (AMI) pública.
Resultados
La tríada de servicios del NITRC atiende a la comunidad global de investigación en neuroinformática, con un 64% de sus usuarios provenientes de Estados Unidos, China, Alemania, Reino Unido y Canadá. Con más de 3,2 millones de páginas vistas y 747.000 visitas de 335.200 visitantes únicos, NITRC-R facilita el acceso a un número cada vez mayor de herramientas y recursos de neuroinformática (630). NITRC-IR ofrece 4800 temas que se pueden buscar en 9 proyectos para promover la reutilización e integración de estos valiosos datos compartidos. Con un promedio de 20,900 visitas y 76,200 páginas vistas por mes, el software y los datos de NITRC-R y NITRC-IR se han descargado más de 1.3 millones de veces. NITRC-CE proporciona una implementación simplificada de computación basada en la nube que admite FreeSurfer, FSL, AFNI y muchos otros recursos de software. En las pruebas de procesamiento del mundo real, un cálculo representativo que habría tomado 24 horas en una computadora de escritorio de alta potencia tomó el 25% del tiempo (8 horas) a un costo de solo $ 4. La prueba fue un cálculo de morfometría FSL basada en voxel (VBM) en 64 sujetos de CANDIShare ejecutados en un escritorio Intel Xeon Mac de 2,8 GHz frente a una instancia AWS Large (m1.large) utilizando la paralelización SGE en 4 núcleos.
Participantes
El NITRC está dirigido por la Facultad de Medicina de la Universidad de Massachusetts en Worcester, MA; y está construido y operado en colaboración con TCG, Inc. de Washington, DC; Preuss Enterprises, Inc., FL; y The Paulson Venture, CA. NITRC-R y NITRC-IR están alojados en el Centro de Investigación en Sistemas Biológicos de la Universidad de California, San Diego. Los miembros actuales del equipo incluyen: David Kennedy y Christian Haselgrove, UMMS; Nina Preuss, PMP, Preuss Enterprises Inc .; Matthew Travers y Al Crowley, TCG, Inc .; y Abby Paulson, The Paulson Venture.
Ver también
Referencias
- ^ NIH para construir herramientas informáticas de neuroimagen y centro de intercambio de información de recursos
- ^ NIH contrata con TCG para construir la cámara de compensación de recursos y herramientas de neuroinformática
- ^ Entorno computacional NITRC
- ^ Entorno computacional NITRC para instancias de computación en clúster