La gobernación fue creada como una de las concesiones del rey Carlos V de 1534, estableciendo al adelantado Pedro de Mendoza como su primer gobernador , capitán general y presidente del Tribunal Supremo . Se describió que el territorio se extendía 200 leguas por la costa del Pacífico desde la concesión de Diego de Almagro a Nuevo Toledo , pero se entendía que involucraba la exploración, pacificación y asentamiento del Río de la Plata a lo largo del Atlántico.
Si bien en teoría la Gobernación de Nueva Andalucía incluía todo el actual Uruguay y Paraguay y grandes segmentos de Chile , Argentina y Brasil , los adelantados solo pudieron colonizar de manera efectiva el río Paraná , perdiendo otros territorios por concesiones posteriores.
Tras el establecimiento del Virreinato del Perú en 1542, la Gobernación de Nueva Andalucía fue sustituida por la Gobernación del Río de la Plata , bajo la supervisión de la Real Audiencia de Lima .
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