La oligotipificación es el proceso de corrección de la secuencia de ADN medida durante el proceso de secuenciación de ADN en función de los datos de frecuencia de secuencias relacionadas en muestras relacionadas.
Las secuencias de ADN se leyeron originalmente a partir de geles de secuenciación a simple vista. Con el advenimiento de los llamadores de bases computarizados, los humanos ya no 'llamaron' las bases y en su lugar 'corregieron' las bases llamadas. El software llamó a las bases usando la intensidad relativa de cada señal putativa de par de bases y el espaciado local de las señales.
Con el advenimiento de la secuenciación de alto rendimiento , el volumen de secuencias a corregir excedió la capacidad humana para la corrección de secuencias.
Múltiples aplicaciones requieren precisión de un solo par de bases en poblaciones de secuencias estrechamente relacionadas. Un ejemplo es la secuenciación de amplicones para evaluar la contribución relativa del ADN de diversos organismos a una muestra.
El requisito de precisión de un solo par de bases condujo al desarrollo de métodos que se basaban en datos de frecuencia distribuidos en varias muestras para identificar secuencias variantes que compartían el mismo perfil de frecuencia y, por lo tanto, eran probablemente errores de la misma secuencia original. [1] [2] La capacidad de usar estadísticas de orden superior para corregir secuencias es un elemento importante para disminuir la carga de errores en los conjuntos de datos de secuencias de ADN.