La ciencia del cuaderno abierto es la práctica de hacer que todo el registro primario de un proyecto de investigación esté disponible públicamente en línea a medida que se registra. Esto implica colocar en línea el cuaderno personal o de laboratorio del investigador junto con todos los datos en bruto y procesados, y cualquier material asociado, a medida que se genera este material. El enfoque puede resumirse con el lema "sin información privilegiada". Es el extremo lógico de los enfoques transparentes de la investigación e incluye explícitamente la puesta a disposición de experimentos fallidos, menos significativos y por lo demás inéditos; los llamados 'datos oscuros'. [1] La práctica de la ciencia del cuaderno abierto, aunque no es la norma en el ámbito académicocomunidad, ha ganado una atención significativa en los medios de investigación [2] [3] y en general [1] [4] como parte de una tendencia general hacia enfoques más abiertos en la práctica de la investigación y la publicación. Por lo tanto, la ciencia del cuaderno abierto puede describirse como parte de un movimiento de ciencia abierta más amplio que incluye la promoción y adopción de publicaciones de acceso abierto , datos abiertos , datos de crowdsourcing y ciencia ciudadana . Está inspirado en parte por el éxito del software de código abierto [5] y se basa en muchas de sus ideas.
Historia
El término "ciencia del cuaderno abierto" [6] se utilizó por primera vez en 2006 en una publicación de blog de Jean-Claude Bradley , profesor asociado de química en la Universidad de Drexel en ese momento. Bradley describió la ciencia del cuaderno abierto de la siguiente manera: [7]
... hay una URL a un cuaderno de laboratorio que está disponible de forma gratuita e indexada en los motores de búsqueda habituales. No tiene que verse necesariamente como un cuaderno de papel, pero es fundamental que toda la información disponible para que los investigadores saquen sus conclusiones esté igualmente disponible para el resto del mundo.
- Jean-Claude Bradley
Practicantes
Activo
Experimental (alfabéticamente por apellido)
- Aled Edwards y colegas, Universidad de Toronto. [8]
- Rachel Harding, [9] [10] becaria postdoctoral del Consorcio de Genómica Estructural de la Universidad de Toronto (SGC) .
"Un equipo de científicos pioneros en SGC ahora está compartiendo sus cuadernos de laboratorio en línea" . [11] [12] [13]
- Nickolas J. LaSorte, [14] Becario Postdoctoral de la FDA en el área de Coexistencia Inalámbrica.
- Tamara Maiuri [15]
- Peter Murray-Rust , [16] Cambridge, Reino Unido.
- Anthony Salvagno, [17] Ph.D., Director de Educación de #SciFund Challenge.
- Matthew H. Todd, Malaria de código abierto, [18] [19] [20] University College London (Todd Group).
- Open Notebook Science Challenge [21]
Teórico
- Tobias J. Osborne [22]
- Carl Boettiger, Teoría y modelado computacional en ecología y evolución. [23] [24]
- Dror Bar-Natan [25]
- Andrés G. Saravia, [26] Ph.D. en física. estudiante en Cinvestav-Mérida .
- Daniel Himmelstein, quien dirigió el Proyecto Rephetio, un estudio de reutilización de medicamentos que usó GitHub y Thinklab para la ciencia y la colaboración de libretas abiertas en tiempo real. [27]
Archivado (alfabéticamente por apellido)
- Brigette Black [28] ), Ph.D. en física. estudiante en el laboratorio Koch de la Universidad de Nuevo México.
- Jean-Claude Bradley [29]
- Jeremiah Faith [30]
- Nadiezda Fernandez-Oropeza, [31] Doctora en Ingeniería Biomédica. estudiante en el laboratorio Koch de la Universidad de Nuevo México.
- Mike Lawrence
- Linh Le, [32] licenciado en física y ex alumno del laboratorio Koch de la Universidad de Nuevo México.
- Andy Maloney, [33] investigador postdoctoral en el laboratorio Smyth de la Universidad de Texas. Doctor. en el laboratorio Koch de la Universidad de Nuevo México (2011) [34] [35]
- Cameron Neylon [36]
- Alejandro Tamayo [37]
- Orígenes y evolución de la influenza [38]
Recurrente (educativo)
- Laboratorio de Física Junior (307L) en la Universidad de Nuevo México [39]
Cuadernos parcialmente abiertos / pseudo-abiertos
Se trata de iniciativas más abiertas que los tradicionales cuadernos de laboratorio, pero que carecen de un componente clave para la ciencia completa de Open Notebook. Por lo general, el cuaderno se comparte solo parcialmente o con un retraso significativo. [40]
- Open Notebook Science Network [41] es una red de blogs de WordPress diseñada para crear y mantener cuadernos individuales / de laboratorio. A enero de 2018, actualmente hay 126 miembros activos de este grupo. [42]
- Protocolpedia permite compartir y almacenar protocolos de laboratorio.
- Sci-Mate permite a los usuarios definir permisos de acceso, pero se puede utilizar como una herramienta de libreta abierta.
- Vinod Scaria [43]
- OpenWetWare (alberga muchos laboratorios y permite el intercambio selectivo de información relacionada con cada grupo de investigación)
- Caleb Morse [44]
- Gus Rosania [45]
- Antony Garrett Lisi [46]
- Rosie Redfield, [47] microbióloga de la Universidad de Columbia Británica; Se discuten todos los resultados, pero no se expone el cuaderno experimental en bruto.
- Martin Johnson, [48] químico marino de la Universidad de East Anglia . [49]
- Greg Lang, [50] postdoctorado en el laboratorio de David Botstein en la Universidad de Princeton. [51] - compartido aproximadamente una vez por semana
Beneficios
Un cuaderno de laboratorio público hace que sea conveniente citar los casos exactos de experimentos utilizados para respaldar los argumentos en los artículos. Por ejemplo, en un artículo sobre la optimización de una reacción de Ugi , [52] [53] se utilizan tres lotes diferentes de producto en la caracterización y cada espectro hace referencia al experimento específico en el que se utilizó cada lote: EXP099, [54] EXP203 [ 55] y EXP206. [56] Este trabajo se publicó posteriormente en el Journal of Visualized Experiments , [57] demostrando que la procedencia de los datos de integridad se puede mantener desde el cuaderno de laboratorio hasta la publicación final en una revista revisada por pares.
Sin más calificaciones, Open Notebook Science implica que la investigación se informa de manera continua sin demoras ni filtros irrazonables. Esto permite que otros comprendan exactamente cómo ocurre realmente la investigación dentro de un campo o grupo de investigación específico. Dicha información podría ser valiosa para colaboradores, futuros estudiantes o futuros empleadores. Proporcionar acceso a páginas de blocs de notas selectivas o insertar un período de embargo sería incompatible con el significado del término "Abierto" en este contexto. A menos que se informen correcciones de errores, experimentos fallidos y resultados ambiguos, un observador externo no podrá comprender exactamente cómo se está haciendo la ciencia. Términos como Pseudo [58] o Parcial [40] se han utilizado como calificativos para compartir información de los cuadernos de laboratorio de forma selectiva o con un retraso significativo.
Inconvenientes
Los argumentos en contra de la adopción de la ciencia del cuaderno abierto se dividen principalmente en tres categorías que tienen diferente importancia en diferentes campos de la ciencia. La principal preocupación, expresada en particular por los científicos biológicos y médicos, es la del " robo de datos " o "la recogida". Si bien el grado en que los grupos de investigación roban o adaptan los resultados de otros sigue siendo un tema de debate, es cierto que el miedo a no ser los primeros en publicar impulsa muchos comportamientos, particularmente en algunos campos. Esto está relacionado con el enfoque en estos campos en el artículo revisado por pares publicado como la principal métrica del éxito profesional.
El segundo argumento presentado contra la ciencia del cuaderno abierto es que constituye una publicación previa, por lo que es imposible patentar y difícil publicar los resultados en la literatura tradicional revisada por pares . Con respecto a las patentes, la publicación en la web se clasifica claramente como divulgación . Por lo tanto, si bien puede haber argumentos sobre el valor de las patentes y enfoques que eluden este problema, está claro que la ciencia de los portátiles abiertos no es apropiada para la investigación para la que la protección de patentes es un resultado esperado y deseado. Con respecto a la publicación en la literatura revisada por pares, el caso es menos claro. La mayoría de los editores de revistas científicas aceptan material que se haya presentado previamente en una conferencia o en forma de preimpresión. Los editores que aceptan material que se ha publicado previamente en estos formularios generalmente han indicado informalmente que la publicación web de datos, incluida la ciencia de libreta abierta, cae en esta categoría. Los proyectos de libretas abiertas se han publicado con éxito en revistas revisadas por pares de alto factor de impacto [59] [60], pero esto no se ha probado con una amplia gama de editoriales. Es de esperar que aquellos editores que excluyan explícitamente estas formas de prepublicación no acepten material previamente divulgado en un cuaderno abierto.
El argumento final se relaciona con el problema del "diluvio de datos". Si el volumen actual de literatura revisada por pares es demasiado grande para que la maneje una sola persona, entonces, ¿cómo se puede esperar que alguien haga frente a la enorme cantidad de material no revisado por pares que podría estar disponible, especialmente cuando algunos, quizás la mayoría? , sería de mala calidad? Un argumento relacionado es que 'mi cuaderno es demasiado específico' para que sea de interés para cualquier otra persona. La cuestión de cómo descubrir material relevante y de alta calidad es un tema relacionado. El tema de la curación y validación de datos y la calidad metodológica es un tema serio y posiblemente tiene relevancia más allá de la ciencia de los cuadernos abiertos, pero es un desafío particular aquí.
Financiamiento y patrocinio
El Open Notebook Science Challenge , [61] ahora dirigido a informar de las mediciones de solubilidad en solventes no acuosos, ha recibido el patrocinio de Submeta , [62] Nature [63] y Sigma-Aldrich . [64] La primera de las diez ganadoras del concurso de diciembre de 2008 fue Jenny Hale. [sesenta y cinco]
Logotipos
Los logotipos se pueden utilizar en los cuadernos para indicar las condiciones de uso compartido. Los cuadernos completamente abiertos se marcan como "todo el contenido" y acceso "inmediato". Los cuadernos parcialmente abiertos se pueden marcar como "contenido seleccionado" y / o "retrasado". [66]
Ver también
- Acceso abierto (publicación)
- Información abierta
- Investigación abierta
- Contenido abierto
- Ciencia abierta
- Fuente abierta
Referencias
- ^ a b Liberar los datos oscuros de experimentos científicos fallidos , Goetz, T., Wired Magazine, 25 de septiembre de 2007
- ^ Sanderson, K; Neylon, C (septiembre de 2008). "Datos en pantalla". Naturaleza . 455 (7211): 273. doi : 10.1038 / 455273a . PMID 18800097 .
- ^ Singh, S. (abril de 2008). "Datos en pantalla". Celular . 133 (2): 201–3. doi : 10.1016 / j.cell.2008.04.003 . PMID 18423188 .
- ^ Williams, A. (2008). "Herramientas basadas en Internet para la comunicación y la colaboración en química". Descubrimiento de drogas hoy . 13 (11-12): 502-506. doi : 10.1016 / j.drudis.2008.03.015 . PMID 18549976 .
- ^ "Noticias de química e ingeniería: al servicio de los mundos de la química, las ciencias de la vida y los laboratorios" .
- ^ Bradley, JC (2007). "Open Notebook Science usando blogs y wikis" . Precedencias de la naturaleza . doi : 10.1038 / npre.2007.39.1 .
- ^ Bradley, Jean-Claude (26 de septiembre de 2006). "Ciencia del cuaderno abierto" . E-Learning de Drexel CoAS .
- ^ "Ciencia abierta: investigadores de la Universidad de Toronto para publicar notas de laboratorio en tiempo real" . Noticias de la Universidad de Toronto . Consultado el 21 de enero de 2018 .
- ^ "El investigador es un libro abierto: el primero en compartir notas de laboratorio en tiempo real" . 26 de febrero de 2016. Archivado desde el original el 6 de marzo de 2016 . Consultado el 6 de marzo de 2016 .
- ^ Resnick, Brian (3 de marzo de 2016). "La ciencia es demasiado reservada y lenta. Así que esta investigadora está blogueando en vivo su trabajo" . Vox.com . Archivado desde el original el 4 de marzo de 2016 . Consultado el 6 de marzo de 2016 .
- ^ "Extreme Open Science en SGC: un equipo de científicos pioneros en SGC ahora está compartiendo sus cuadernos de laboratorio en línea" . opennotebook.thesgc.org . Consultado el 26 de enero de 2018 .
- ^ SGC Channel (2018-01-24), Webcast: Open Lab Notebooks: An Extreme Open Science Initiative 19 de enero de 2018 , consultado el 26 de enero de 2018
- ^ "Acerca de - Extreme Open Science en SGC" . opennotebook.thesgc.org . Consultado el 26 de enero de 2018 .
- ^ "Cuaderno de ciencia abierta de Nickolas J. LaSorte" .
- ^ "Tamara Maiuri" . fhs.mcmaster.ca . Consultado el 22 de enero de 2018 .
- ^ ContentMine (2015-11-03), 2014 Lecture: Open Notebook Science por Peter Murray-Rust , consultado el 21 de enero de 2018
- ^ "Investigación de IheartAnthony" .
- ^ "Malaria de código abierto" . Archivado desde el original el 13 de marzo de 2016 . Consultado el 7 de mayo de 2016 .
- ^ "Nuestro experimento - Malaria de código abierto" . Archivado desde el original el 14 de marzo de 2016 . Consultado el 7 de mayo de 2016 .
- ^ Todd, Matthew (7 de mayo de 2016). "El código abierto elimina el secreto en la investigación de drogas" . The Science Show (entrevista). Entrevistado por Alice Williamson. Corporación Australiana de Radiodifusión . Archivado desde el original el 7 de mayo de 2016.
- ^ "ONSchallenge - lista de experimentos" .
- ^ "Notas de investigación de Tobias J. Osborne" .
- ^ Carl Boettiger. "Cuaderno de laboratorio" .
- ^ "introducción al cuaderno" .
- ^ "Dror Bar-Natan: AcademicPensieve" .
- ^ "Motor de investigación - Andrés" .
- ^ Himmelstein, Daniel; Lizee, Antoine; Khankhanian, Pouya; Brueggeman, Leo; Chen, Sabrina; Hadley, Dexter; Hessler, Chrissy; Baranzini, Sergio; Green, Ari (2015). "Rephetio: reutilización de fármacos en un [proyecto] hetnet" . Thinklab . doi : 10.15363 / thinklab.4 .
- ^ "Usuario: Brigette D. Black / Cuaderno / Cuaderno Brigettes" .
- ^ "UsefulChem - Todas las reacciones" .
- ^ cuaderno archivado el 15 de abril de 2008
- ^ "Usuario: Nadiezda Fernandez-Oropeza / Notebook / Notebook" .
- ^ "Usuario: Linh N Le / Notebook" .
- ^ "Andy Maloney" .
- ^ "Usuario: Andy Maloney / Cuaderno / Cuaderno de laboratorio de Andy Maloney / Tabla de contenido / Tabla de contenido" .
- ^ "Usuario: Andy Maloney / Prefacio a la disertación" .
- ^ cuaderno
- ^ Cuaderno de laboratorio informático de frutas , blog
- ^ "Evolución molecular, filogenética y epidemiología" .
- ^ "Physics307L" .
- ^ a b Bradley, Jean-Claude ¿Comentario sobre la ciencia del cuaderno pseudo abierto? de Quantum Pontiff 27 de junio de 2008
- ^ "Open Notebook Science Network" .
- ^ "Miembros" . Abra Notebook Science Network . 2014-07-18 . Consultado el 26 de enero de 2018 .
- ^ "cuaderno, necesita iniciar sesión" . Archivado desde el original el 1 de noviembre de 2008 . Consultado el 25 de abril de 2020 .
- ^ "Usuario: Cmorse / Notebook / MediaWiki for Open Science" .
- ^ cuaderno
- ^ "Geometría deferente -" .
- ^ "RRResearch" .
- ^ cuaderno)
- ^ "Contenido selectivo, intercambio inmediato" . Archivado desde el original el 28 de mayo de 2012 . Consultado el 26 de febrero de 2009 .
- ^ "Sitio web de Lang Lab" .
- ^ "Todo el contenido, uso compartido diferido" . Archivado desde el original el 28 de mayo de 2012 . Consultado el 26 de febrero de 2009 .
- ^ Bradley, Jean-Claude; Mirza, Khalid; Owens, Kevin; Osborne, Tom & Williams, Antony (agosto de 2008). "Optimización de la reacción de Ugi mediante síntesis paralela y manipulación automática de líquidos" . Precedencias de la naturaleza . doi : 10.1038 / npre.2008.2237.1 . hdl : 10101 / npre.2008.2237.1 .
- ^ "UsefulChem - paper03" .
- ^ "UsefulChem - EXP099" .
- ^ "UsefulChem - EXP203" .
- ^ "UsefulChem - EXP206" .
- ^ Bradley, Jean-Claude; Mirza, Khalid; Owens, Kevin; Osborne, Tom & Williams, Antony (noviembre de 2008). "Optimización de la reacción de Ugi mediante síntesis paralela y manipulación automática de líquidos" . Revista de experimentos visualizados (21): 942. doi : 10.3791 / 942 . PMC 2762777 . PMID 19066532 .
- ^ Bacon, David Pseudo Open Notebook Science? de Quantum Pontiff 26 de junio de 2008
- ^ Woelfle, Michael; Seerden, Jean-Paul; de Gooijer, Jesse; Pouwer, Kees; Olliaro, Piero; Todd, Matthew H. (19 de septiembre de 2011). Geary, Timothy G. (ed.). "Resolución de Praziquantel" . PLOS Enfermedades tropicales desatendidas . 5 (9): e1260. doi : 10.1371 / journal.pntd.0001260 . PMC 3176743 . PMID 21949890 .
- ^ Woelfle, Michael; Olliaro, Piero; Todd, Matthew H. (22 de septiembre de 2011). "La ciencia abierta es un acelerador de la investigación" . Química de la naturaleza . 3 (10): 745–748. Código Bibliográfico : 2011NatCh ... 3..745W . doi : 10.1038 / nchem.1149 . PMID 21941234 .
- ^ Desafío científico del cuaderno abierto
- ^ "Química útil" .
- ^ "Química útil" .
- ^ "Química útil" .
- ^ "Química útil" .
- ^ La página de afirmaciones científicas de Open Notebook