APBS (anteriormente también Advanced Poisson-Boltzmann Solver ) es un software gratuito y de código abierto para resolver las ecuaciones de la electrostática continua destinado principalmente a los grandes sistemas biomoleculares. [1] [2] Está disponible bajo la Licencia MIT .
PDB2PQR prepara los archivos de estructura de proteínas de Protein Data Bank para su uso con APBS. Los pasos de preparación incluyen, entre otros, agregar átomos pesados faltantes a las estructuras y asignar cargas de varios campos de fuerza . [3] [4] El formato del archivo de salida es PQR [5] y de ahí proviene el nombre del software.